More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0238 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0238  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
311 aa  605  9.999999999999999e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4455  opine ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  46.01 
 
 
313 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000539356 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.6 
 
 
313 aa  287  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.951896 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8180  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  49.2 
 
 
313 aa  281  1e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.119694  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.73 
 
 
313 aa  271  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.07 
 
 
334 aa  257  1e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.54 
 
 
335 aa  251  1e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.95 
 
 
313 aa  248  1e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.84 
 
 
311 aa  246  3e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  40.51 
 
 
306 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  40.51 
 
 
306 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
313 aa  246  3e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
313 aa  246  4e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  40.51 
 
 
306 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.9 
 
 
314 aa  246  4.9999999999999997e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  41.14 
 
 
336 aa  245  6e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
313 aa  245  6e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
313 aa  245  6.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  41.42 
 
 
307 aa  245  8e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
313 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
306 aa  243  3e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  40.19 
 
 
306 aa  242  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  40.19 
 
 
306 aa  242  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  39.87 
 
 
306 aa  241  9e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
306 aa  241  9e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.87 
 
 
306 aa  241  9e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.87 
 
 
306 aa  241  9e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
306 aa  241  9e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  39.87 
 
 
306 aa  241  9e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.87 
 
 
306 aa  241  9e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
306 aa  241  1e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 
306 aa  241  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  38.74 
 
 
336 aa  241  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 
315 aa  241  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_004310  BR1585  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.34 
 
 
335 aa  240  2e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.280526  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.87 
 
 
334 aa  240  2.9999999999999997e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.99 
 
 
313 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1583  alkaline phosphatase  39.34 
 
 
335 aa  239  4e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.354079  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.55 
 
 
306 aa  239  5e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
308 aa  239  5e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  36.64 
 
 
333 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.24 
 
 
336 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.24 
 
 
336 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
306 aa  238  8e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.55 
 
 
306 aa  238  8e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 
308 aa  238  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.87491 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 
306 aa  238  1e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.67 
 
 
313 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  40.24 
 
 
336 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.06 
 
 
313 aa  237  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.18227  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
306 aa  237  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1530  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.74 
 
 
335 aa  237  2e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.755182  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.58 
 
 
313 aa  236  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
334 aa  236  3e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4215  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.45 
 
 
315 aa  236  3e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40 
 
 
336 aa  236  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  39.34 
 
 
336 aa  236  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1299  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.55 
 
 
307 aa  236  3e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10735  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.64 
 
 
336 aa  236  3e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  39.94 
 
 
335 aa  236  3e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  39.74 
 
 
313 aa  236  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  38.86 
 
 
339 aa  236  3e-61  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  39.64 
 
 
336 aa  236  4e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  39.94 
 
 
336 aa  236  4e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
312 aa  236  4e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 
306 aa  236  4e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  39.22 
 
 
337 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
336 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.51 
 
 
314 aa  235  7e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.935308  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
335 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1925  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.16 
 
 
306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.730701  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.94 
 
 
335 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  39.64 
 
 
336 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.12 
 
 
306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  39.34 
 
 
336 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.19 
 
 
306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  40.06 
 
 
313 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.54 
 
 
334 aa  234  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
313 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.55 
 
 
307 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.84 
 
 
317 aa  234  2.0000000000000002e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.650589  normal  0.092891 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.55 
 
 
307 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
313 aa  233  3e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5290  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  40.39 
 
 
307 aa  233  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.728282  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5088  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  41.03 
 
 
313 aa  233  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4538  peptide ABC transporter, permease protein  40.13 
 
 
315 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.81 
 
 
336 aa  233  4.0000000000000004e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  38.69 
 
 
339 aa  232  5e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2185  ABC transporter, inner membrane subunit  45.81 
 
 
309 aa  232  6e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  38.69 
 
 
339 aa  231  8.000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
306 aa  231  9e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7517  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  39.94 
 
 
317 aa  231  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.636938  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4562  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.1 
 
 
336 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.1 
 
 
336 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.23 
 
 
308 aa  231  1e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.19 
 
 
306 aa  230  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428379  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.38 
 
 
313 aa  230  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
334 aa  230  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  39.17 
 
 
339 aa  230  2e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  39.7 
 
 
336 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>