More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8180 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011982  Avi_8180  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  100 
 
 
313 aa  621  1e-177  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.119694  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.08 
 
 
313 aa  466  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4455  opine ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  58.15 
 
 
313 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000539356 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.15 
 
 
313 aa  359  4e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.951896 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0238  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.2 
 
 
311 aa  277  2e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
334 aa  258  1e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
311 aa  255  8e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  40.45 
 
 
306 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  40.45 
 
 
306 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.62 
 
 
306 aa  250  2e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
334 aa  250  2e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  40.13 
 
 
306 aa  249  3e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
306 aa  249  3e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40.13 
 
 
306 aa  249  3e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40.13 
 
 
306 aa  249  3e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40.13 
 
 
306 aa  249  3e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  40.45 
 
 
306 aa  249  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
306 aa  249  3e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  40.13 
 
 
306 aa  249  3e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  37.61 
 
 
336 aa  249  4e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  38.74 
 
 
339 aa  249  6e-65  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5642  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  43.63 
 
 
316 aa  248  7e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0251003  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.81 
 
 
306 aa  247  2e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.81 
 
 
306 aa  246  3e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  40.13 
 
 
306 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  40.13 
 
 
306 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.95 
 
 
306 aa  243  3e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.99 
 
 
313 aa  243  3.9999999999999997e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.87 
 
 
332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.02 
 
 
334 aa  242  5e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3533  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.8 
 
 
305 aa  242  6e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.37 
 
 
314 aa  241  9e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.98 
 
 
306 aa  241  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.39 
 
 
306 aa  240  2e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.23 
 
 
315 aa  240  2e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.62 
 
 
306 aa  241  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.63 
 
 
306 aa  239  4e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
312 aa  238  6.999999999999999e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.8 
 
 
317 aa  238  6.999999999999999e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.650589  normal  0.092891 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
338 aa  238  9e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.51 
 
 
336 aa  238  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
333 aa  238  1e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.58 
 
 
313 aa  237  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
306 aa  236  3e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  38.02 
 
 
336 aa  236  4e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.05 
 
 
333 aa  236  4e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.02 
 
 
306 aa  236  4e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.21 
 
 
335 aa  236  4e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.85 
 
 
306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.221048  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
318 aa  236  5.0000000000000005e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 
306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.137292 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
313 aa  235  6e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
313 aa  235  6e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
334 aa  235  6e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
336 aa  235  7e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  38.21 
 
 
337 aa  235  8e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 
306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.17 
 
 
308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5290  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  39.05 
 
 
307 aa  234  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.728282  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  37.5 
 
 
307 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
306 aa  233  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.53 
 
 
313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.18227  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2626  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
318 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.98 
 
 
306 aa  233  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 
313 aa  233  3e-60  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.66 
 
 
313 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
313 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1691  alkaline phosphatase  38.62 
 
 
336 aa  233  5e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.218764 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.62 
 
 
313 aa  232  6e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
308 aa  232  6e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.02 
 
 
306 aa  232  6e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0330  nickel-transporting ATPase  37.13 
 
 
334 aa  232  7.000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0802428 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
313 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18831  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1766  putative glutathione ABC transporter, permease protein  38.22 
 
 
306 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0323  ABC transporter permease protein  38.22 
 
 
306 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1851  ABC transport permease  38.22 
 
 
306 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  38.32 
 
 
336 aa  231  9e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1357  putative glutathione ABC transporter, permease protein  38.22 
 
 
306 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
315 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0976  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  38.22 
 
 
306 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00545821  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1866  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  38.22 
 
 
306 aa  231  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555152  normal  0.486498 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0837  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  38.54 
 
 
306 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039737  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0240  putative glutathione ABC transporter, permease protein  38.22 
 
 
306 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.38 
 
 
307 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0400  putative glutathione ABC transporter, permease protein  38.22 
 
 
306 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1114  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  37.58 
 
 
327 aa  230  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.06 
 
 
307 aa  230  2e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  40.58 
 
 
313 aa  230  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5088  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  39.94 
 
 
313 aa  230  3e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
306 aa  230  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.856308  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  36.83 
 
 
336 aa  230  3e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  41.03 
 
 
306 aa  229  4e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  41.03 
 
 
306 aa  229  4e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.21 
 
 
313 aa  229  4e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  38.51 
 
 
335 aa  229  4e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  38.92 
 
 
336 aa  229  4e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  38.32 
 
 
336 aa  229  4e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.03 
 
 
306 aa  229  4e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.26 
 
 
315 aa  229  4e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000049983  normal  0.670386 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
306 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191651  hitchhiker  0.00741174 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>