More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2685 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
315 aa  622  1e-177  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000049983  normal  0.670386 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.79 
 
 
315 aa  456  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.06 
 
 
315 aa  439  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5141  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.3 
 
 
315 aa  342  4e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.103632  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.48 
 
 
334 aa  284  1.0000000000000001e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.98 
 
 
334 aa  280  2e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.48 
 
 
308 aa  280  3e-74  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.86 
 
 
313 aa  276  3e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  46.5 
 
 
306 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  46.5 
 
 
306 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.5 
 
 
306 aa  273  3e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.27 
 
 
309 aa  272  7e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  46.18 
 
 
306 aa  271  2e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  46.18 
 
 
306 aa  271  2e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.76 
 
 
333 aa  269  5e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.23 
 
 
314 aa  263  3e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.77 
 
 
334 aa  260  2e-68  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.08 
 
 
313 aa  256  3e-67  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 
306 aa  255  6e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.76 
 
 
308 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3891  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  44.69 
 
 
317 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.62 
 
 
321 aa  252  6e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
313 aa  252  7e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.37 
 
 
317 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.627017 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.82 
 
 
318 aa  251  1e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.72 
 
 
313 aa  249  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.25 
 
 
333 aa  249  4e-65  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.04 
 
 
313 aa  249  6e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.9 
 
 
306 aa  248  9e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.47 
 
 
335 aa  247  1e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.948745  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.4 
 
 
313 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 
306 aa  245  6e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  42.99 
 
 
314 aa  244  9.999999999999999e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.9 
 
 
306 aa  244  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 
315 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.24032  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  40.66 
 
 
339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.34 
 
 
335 aa  243  3e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  39.17 
 
 
306 aa  242  6e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.17 
 
 
306 aa  242  6e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.17 
 
 
306 aa  242  6e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.17 
 
 
306 aa  242  6e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.17 
 
 
306 aa  242  6e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.17 
 
 
306 aa  242  6e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  39.17 
 
 
306 aa  242  6e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.17 
 
 
306 aa  242  6e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.81 
 
 
313 aa  242  7e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.09 
 
 
313 aa  241  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5088  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  42.09 
 
 
313 aa  241  1e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.23 
 
 
313 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.17 
 
 
319 aa  240  2e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.43 
 
 
306 aa  240  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.48 
 
 
346 aa  240  2e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.17 
 
 
311 aa  240  2e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  38.41 
 
 
313 aa  239  4e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  39.82 
 
 
336 aa  239  4e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.85 
 
 
306 aa  239  6.999999999999999e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  39.52 
 
 
336 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0330  nickel-transporting ATPase  38.14 
 
 
334 aa  238  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0802428 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.95 
 
 
320 aa  238  1e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.663455  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3614  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.01 
 
 
333 aa  238  1e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.581434  normal  0.900579 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1766  peptide ABC transporter, permease protein  41.51 
 
 
321 aa  238  1e-61  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.147265  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.43 
 
 
306 aa  238  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  38.54 
 
 
313 aa  237  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
306 aa  237  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
355 aa  236  3e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.74 
 
 
336 aa  236  3e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  39.58 
 
 
351 aa  236  3e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
320 aa  236  3e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.37 
 
 
319 aa  236  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
320 aa  236  3e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.766968 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  39.43 
 
 
307 aa  236  4e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.82 
 
 
332 aa  236  5.0000000000000005e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.19 
 
 
313 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  38.21 
 
 
336 aa  235  6e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
334 aa  235  6e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.49 
 
 
313 aa  236  6e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5350  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  38.66 
 
 
359 aa  235  7e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  38.99 
 
 
339 aa  235  7e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.74 
 
 
334 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0103751  normal  0.0395583 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0391  Nickel-transporting ATPase  38.44 
 
 
334 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.941274  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.65 
 
 
345 aa  234  2.0000000000000002e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.16813  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  39.04 
 
 
336 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5642  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  39.81 
 
 
316 aa  233  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0251003  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
313 aa  233  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.951896 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
321 aa  233  4.0000000000000004e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  39.88 
 
 
339 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  39.04 
 
 
336 aa  232  5e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  37.91 
 
 
336 aa  232  6e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  37.16 
 
 
337 aa  232  6e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.19 
 
 
313 aa  232  6e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.18227  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.14 
 
 
306 aa  232  6e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.67 
 
 
331 aa  232  7.000000000000001e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.88 
 
 
321 aa  232  8.000000000000001e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.793124  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.74 
 
 
336 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.17 
 
 
313 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  38.14 
 
 
336 aa  231  8.000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
307 aa  231  9e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  39.05 
 
 
306 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.44 
 
 
334 aa  231  1e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  38.74 
 
 
336 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>