More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3646 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 315 aa  615  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.21 
 
 		 315 aa  566  1e-160  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.06 
 
 		 315 aa  449  1e-125  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000049983  normal  0.670386 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5141  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.97 
 
 		 315 aa  379  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.103632  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.39 
 
 		 334 aa  280  2e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  47.77 
 
 		 306 aa  280  3e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  47.77 
 
 		 306 aa  280  3e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.08 
 
 		 334 aa  279  4e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  47.77 
 
 		 306 aa  279  4e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.22 
 
 		 308 aa  278  9e-74  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  47.45 
 
 		 306 aa  276  3e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  47.45 
 
 		 306 aa  276  3e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.59 
 
 		 306 aa  270  2e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  42.17 
 
 		 333 aa  269  5.9999999999999995e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.88 
 
 		 334 aa  263  3e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.06 
 
 		 333 aa  260  2e-68  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.85 
 
 		 321 aa  260  2e-68  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.63 
 
 		 309 aa  258  9e-68  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.95 
 
 		 313 aa  258  1e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.28 
 
 		 335 aa  257  2e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.948745  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 		 306 aa  257  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  41.07 
 
 		 339 aa  252  5.000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  43.11 
 
 		 336 aa  252  6e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.82 
 
 		 318 aa  251  9.000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1766  peptide ABC transporter, permease protein  44.16 
 
 		 321 aa  251  1e-65  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.147265  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 		 334 aa  251  1e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.24 
 
 		 335 aa  251  1e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1620  peptide ABC transporter, permease protein  43.12 
 
 		 321 aa  250  2e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.911317 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.38 
 
 		 321 aa  250  2e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.793124  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 		 308 aa  248  7e-65  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.59 
 
 		 313 aa  248  8e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0330  nickel-transporting ATPase  43.24 
 
 		 334 aa  248  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0802428 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.08 
 
 		 306 aa  247  2e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.08 
 
 		 306 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.72 
 
 		 313 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.59 
 
 		 321 aa  247  2e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0692911 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  41.08 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.08 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.08 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.08 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.08 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.08 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  41.08 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.08 
 
 		 306 aa  246  4e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 		 321 aa  245  6.999999999999999e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 		 313 aa  245  8e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  40.18 
 
 		 339 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  40.18 
 
 		 339 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.53 
 
 		 313 aa  244  9.999999999999999e-64  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  40.18 
 
 		 339 aa  244  9.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 		 306 aa  244  9.999999999999999e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  41.74 
 
 		 336 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  40.18 
 
 		 339 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  40.18 
 
 		 339 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  40.18 
 
 		 339 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.04 
 
 		 336 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  40.18 
 
 		 339 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  40.18 
 
 		 339 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  40.45 
 
 		 307 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40.76 
 
 		 306 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  40.77 
 
 		 339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  40.48 
 
 		 339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  41.37 
 
 		 339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  40.48 
 
 		 339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.4 
 
 		 306 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.022065  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  40.48 
 
 		 339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  40.48 
 
 		 339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  40.48 
 
 		 339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  40.18 
 
 		 381 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  43.11 
 
 		 336 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.72 
 
 		 314 aa  244  1.9999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  41.74 
 
 		 336 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.72 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  41.74 
 
 		 336 aa  242  5e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.72 
 
 		 306 aa  242  5e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.72 
 
 		 306 aa  242  5e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  41.74 
 
 		 336 aa  242  5e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 		 313 aa  242  6e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 		 307 aa  241  9e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  40.48 
 
 		 351 aa  241  1e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 		 307 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  41.14 
 
 		 336 aa  241  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.22 
 
 		 319 aa  240  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.72 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.36 
 
 		 334 aa  240  2e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.76 
 
 		 306 aa  239  4e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5350  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  41.18 
 
 		 359 aa  239  5e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 		 311 aa  239  5e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  41.14 
 
 		 335 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  40.77 
 
 		 339 aa  238  6.999999999999999e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  40.77 
 
 		 339 aa  238  6.999999999999999e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.56 
 
 		 321 aa  239  6.999999999999999e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.31 
 
 		 315 aa  238  8e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.44 
 
 		 335 aa  238  9e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.73 
 
 		 345 aa  238  9e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.16813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.44 
 
 		 335 aa  238  9e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.79 
 
 		 312 aa  238  1e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0232  oligopeptide ABC transporter permease protein  38.05 
 
 		 318 aa  237  1e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  41.9 
 
 		 313 aa  238  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>