More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3891 on replicon NC_009007
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009007  RSP_3891  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
317 aa  620  1e-177  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  99.68 
 
 
317 aa  619  1e-176  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.627017 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60 
 
 
313 aa  360  1e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  50.32 
 
 
314 aa  316  4e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.27 
 
 
313 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.87 
 
 
313 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.08 
 
 
334 aa  286  2e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.18 
 
 
314 aa  283  3.0000000000000004e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.91 
 
 
313 aa  281  9e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.48 
 
 
335 aa  280  2e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  47.76 
 
 
306 aa  280  3e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  47.76 
 
 
306 aa  280  3e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  47.91 
 
 
306 aa  279  6e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  47.76 
 
 
306 aa  278  1e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  47.76 
 
 
306 aa  278  1e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.16 
 
 
313 aa  276  2e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.69 
 
 
315 aa  276  2e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000049983  normal  0.670386 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.3 
 
 
313 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  44.66 
 
 
313 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.37 
 
 
313 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.59 
 
 
313 aa  271  9e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.91 
 
 
313 aa  270  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5089  branched-chain amino acid ABC transporter membrane protein  45.63 
 
 
311 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.242511  normal  0.40775 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.54 
 
 
315 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.37 
 
 
306 aa  269  4e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  41.57 
 
 
333 aa  268  7e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.55 
 
 
308 aa  268  1e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.73 
 
 
308 aa  266  2e-70  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.79 
 
 
313 aa  267  2e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  43.75 
 
 
336 aa  266  4e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.77 
 
 
309 aa  265  5.999999999999999e-70  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.94 
 
 
334 aa  265  5.999999999999999e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.78 
 
 
311 aa  264  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.893749  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  41.79 
 
 
336 aa  264  1e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.55 
 
 
306 aa  264  1e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.83 
 
 
313 aa  265  1e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  41.59 
 
 
351 aa  263  2e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  42.72 
 
 
313 aa  264  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5088  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  43.59 
 
 
313 aa  264  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  45.24 
 
 
336 aa  263  4e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  43.03 
 
 
337 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.33 
 
 
334 aa  261  1e-68  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4576  peptide ABC transporter permease  42.54 
 
 
318 aa  261  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752948  hitchhiker  0.00438876 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  41.3 
 
 
339 aa  260  2e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.24 
 
 
336 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.64 
 
 
336 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.64 
 
 
336 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  41.59 
 
 
339 aa  260  3e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.94 
 
 
336 aa  259  3e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  45.05 
 
 
336 aa  259  3e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 
315 aa  259  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.31 
 
 
334 aa  259  3e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  44.64 
 
 
336 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  44.35 
 
 
336 aa  259  4e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4562  dipeptide ABC transporter, permease protein  42.94 
 
 
336 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  42.86 
 
 
336 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.09 
 
 
313 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.54 
 
 
336 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.59 
 
 
315 aa  258  7e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  42.86 
 
 
336 aa  258  7e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  44.14 
 
 
336 aa  258  9e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  41 
 
 
339 aa  257  1e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  42.86 
 
 
336 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.15 
 
 
336 aa  258  1e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  41 
 
 
339 aa  257  1e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
313 aa  258  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18831  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
334 aa  258  1e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  40.71 
 
 
339 aa  258  1e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.4 
 
 
315 aa  258  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
334 aa  257  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0103751  normal  0.0395583 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  44.05 
 
 
336 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2266  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.72 
 
 
305 aa  257  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0437136  normal  0.510815 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.19 
 
 
335 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  43.75 
 
 
336 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  41.89 
 
 
339 aa  257  2e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  44.05 
 
 
336 aa  256  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  40.41 
 
 
339 aa  257  2e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  43.45 
 
 
336 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.19 
 
 
335 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.51 
 
 
305 aa  257  2e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.587247  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0391  Nickel-transporting ATPase  41.32 
 
 
334 aa  256  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.941274  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.63 
 
 
305 aa  256  4e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.507532  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2575  peptide ABC transporter, permease protein  42.72 
 
 
305 aa  256  4e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.52 
 
 
333 aa  256  5e-67  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.71 
 
 
336 aa  255  7e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.45 
 
 
313 aa  255  7e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.51 
 
 
332 aa  255  8e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.68 
 
 
315 aa  255  8e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0708639  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
311 aa  255  9e-67  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2679  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.45 
 
 
314 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0387434  normal  0.596801 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3841  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.3 
 
 
316 aa  254  1.0000000000000001e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00994535  normal  0.14386 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5350  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  41.74 
 
 
359 aa  254  1.0000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  41.79 
 
 
335 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1931  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.12 
 
 
340 aa  253  2.0000000000000002e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.284622  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.81 
 
 
312 aa  254  2.0000000000000002e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.72 
 
 
320 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  40.71 
 
 
339 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  40.71 
 
 
339 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 
313 aa  253  3e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  40.71 
 
 
339 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>