More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5089 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5089  branched-chain amino acid ABC transporter membrane protein  100 
 
 
311 aa  602  1.0000000000000001e-171  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.242511  normal  0.40775 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.82 
 
 
311 aa  523  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.893749  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1866  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.17 
 
 
311 aa  497  1e-140  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.153142  normal  0.0602666 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.54 
 
 
313 aa  377  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.69 
 
 
313 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.22 
 
 
313 aa  370  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18831  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5121  putative ABC transporter permease protein  60.74 
 
 
298 aa  364  1e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31259  normal  0.407731 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.69 
 
 
313 aa  362  6e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.62 
 
 
313 aa  362  6e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  58.33 
 
 
313 aa  358  8e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  54.81 
 
 
313 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  56.77 
 
 
313 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.81 
 
 
314 aa  346  3e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.09 
 
 
313 aa  346  4e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.11 
 
 
313 aa  345  6e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.03 
 
 
313 aa  340  2e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1836  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.48 
 
 
313 aa  340  2e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.589529  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.92 
 
 
315 aa  323  2e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1498  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.62 
 
 
308 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.241637  normal  0.263961 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.35 
 
 
313 aa  280  3e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.03 
 
 
313 aa  276  4e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5088  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  49.04 
 
 
313 aa  273  2.0000000000000002e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.32 
 
 
313 aa  271  7e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.18227  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.71 
 
 
313 aa  270  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.39 
 
 
313 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3891  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  45.63 
 
 
317 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.23 
 
 
306 aa  258  6e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.48 
 
 
313 aa  259  6e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.63 
 
 
317 aa  258  7e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.627017 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  45.63 
 
 
314 aa  257  1e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.6 
 
 
313 aa  257  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.48 
 
 
317 aa  257  2e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.650589  normal  0.092891 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
334 aa  247  2e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.42 
 
 
334 aa  245  4.9999999999999997e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1299  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.78 
 
 
307 aa  245  6e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10735  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0323  ABC transporter permease protein  42.95 
 
 
306 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1114  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  42.95 
 
 
327 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1766  putative glutathione ABC transporter, permease protein  42.95 
 
 
306 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
306 aa  243  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1851  ABC transport permease  42.95 
 
 
306 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
306 aa  243  3e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.99 
 
 
306 aa  243  3e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  41.99 
 
 
306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.99 
 
 
306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  41.99 
 
 
306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.99 
 
 
306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.99 
 
 
306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.99 
 
 
306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.99 
 
 
306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
307 aa  242  5e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
307 aa  242  6e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0976  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  42.63 
 
 
306 aa  242  7e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00545821  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1357  putative glutathione ABC transporter, permease protein  42.63 
 
 
306 aa  242  7e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0240  putative glutathione ABC transporter, permease protein  42.63 
 
 
306 aa  242  7e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0400  putative glutathione ABC transporter, permease protein  42.63 
 
 
306 aa  242  7e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
306 aa  241  9e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
311 aa  241  9e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  42.95 
 
 
306 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.7 
 
 
334 aa  241  1e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  42.44 
 
 
306 aa  241  1e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  42.95 
 
 
306 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  42.95 
 
 
306 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.38 
 
 
313 aa  240  2e-62  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
306 aa  241  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.27 
 
 
335 aa  241  2e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.99 
 
 
306 aa  240  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.913097  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.95 
 
 
306 aa  239  2.9999999999999997e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.63 
 
 
306 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.67 
 
 
306 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  42.63 
 
 
306 aa  239  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  42.63 
 
 
306 aa  239  4e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.84 
 
 
313 aa  239  5e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
306 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.221048  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  40.06 
 
 
307 aa  238  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0837  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.97 
 
 
306 aa  237  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039737  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
306 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.137292 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.99 
 
 
306 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191651  hitchhiker  0.00741174 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.99 
 
 
306 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17239  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1866  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  42.31 
 
 
306 aa  237  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555152  normal  0.486498 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.58 
 
 
306 aa  236  3e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.856308  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.06 
 
 
306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428379  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
306 aa  235  7e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.39 
 
 
334 aa  235  7e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.55 
 
 
308 aa  233  3e-60  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
306 aa  233  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.09 
 
 
333 aa  232  8.000000000000001e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  40.45 
 
 
313 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.22 
 
 
320 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.766968 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.28 
 
 
313 aa  231  1e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00112579 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.22 
 
 
320 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1931  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.72 
 
 
340 aa  230  2e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.284622  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  40.06 
 
 
339 aa  230  2e-59  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.46 
 
 
334 aa  230  2e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
306 aa  231  2e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2185  ABC transporter, inner membrane subunit  47.12 
 
 
309 aa  229  5e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  38.97 
 
 
335 aa  228  7e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.56 
 
 
320 aa  228  8e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0617346  normal  0.17443 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  38.67 
 
 
335 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 
308 aa  227  2e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>