More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1498 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1498  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
308 aa  596  1e-169  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.241637  normal  0.263961 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.72 
 
 
313 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  51.62 
 
 
313 aa  317  2e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.09 
 
 
315 aa  317  2e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57 
 
 
313 aa  316  3e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1836  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.68 
 
 
313 aa  315  8e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.589529  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.95 
 
 
313 aa  312  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5121  putative ABC transporter permease protein  53.04 
 
 
298 aa  312  4.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31259  normal  0.407731 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.09 
 
 
313 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18831  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.88 
 
 
313 aa  311  6.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.62 
 
 
313 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.27 
 
 
313 aa  305  8.000000000000001e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.5 
 
 
314 aa  300  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.35 
 
 
313 aa  300  3e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.95 
 
 
313 aa  298  8e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.62 
 
 
313 aa  297  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5089  branched-chain amino acid ABC transporter membrane protein  51.62 
 
 
311 aa  282  5.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.242511  normal  0.40775 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.3 
 
 
311 aa  280  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.893749  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1866  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.03 
 
 
311 aa  269  5e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.153142  normal  0.0602666 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.51 
 
 
313 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  43.83 
 
 
314 aa  253  3e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.21 
 
 
313 aa  253  3e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.08 
 
 
315 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.53 
 
 
313 aa  248  8e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 
333 aa  248  1e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.21 
 
 
313 aa  247  2e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.83 
 
 
313 aa  246  3e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.18227  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5088  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  42.35 
 
 
313 aa  241  7.999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.31 
 
 
306 aa  241  1e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.26 
 
 
306 aa  238  6.999999999999999e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.06 
 
 
334 aa  238  6.999999999999999e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
306 aa  237  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  40.91 
 
 
306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.21 
 
 
311 aa  233  3e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
319 aa  233  4.0000000000000004e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5642  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  41.37 
 
 
316 aa  232  7.000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0251003  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.56 
 
 
317 aa  231  9e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.650589  normal  0.092891 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
306 aa  230  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1001  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.09 
 
 
316 aa  230  2e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2185  ABC transporter, inner membrane subunit  44.63 
 
 
309 aa  230  2e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.68 
 
 
318 aa  230  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.67 
 
 
334 aa  230  3e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0808  oligopeptide ABC transporter, permease  38.76 
 
 
316 aa  229  5e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.282065  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.19 
 
 
315 aa  229  5e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.56 
 
 
313 aa  228  7e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.09 
 
 
316 aa  228  8e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00583871  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.88 
 
 
306 aa  228  9e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.32 
 
 
319 aa  228  9e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  40.58 
 
 
307 aa  228  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1187  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.95 
 
 
317 aa  228  1e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0823  oligopeptide ABC transporter, permease  38.44 
 
 
316 aa  227  2e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.164685  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0388  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
315 aa  227  2e-58  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0122947  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.23 
 
 
306 aa  227  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.56 
 
 
306 aa  227  2e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.63 
 
 
332 aa  227  2e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.07 
 
 
312 aa  226  3e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.96 
 
 
306 aa  226  4e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40.91 
 
 
306 aa  225  7e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  40.91 
 
 
306 aa  225  9e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
306 aa  225  9e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40.91 
 
 
306 aa  225  9e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
306 aa  225  9e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40.91 
 
 
306 aa  225  9e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40.91 
 
 
306 aa  225  9e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  40.91 
 
 
306 aa  225  9e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0997  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.44 
 
 
316 aa  224  1e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.28482e-62 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2679  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43 
 
 
314 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0387434  normal  0.596801 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1299  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.3 
 
 
307 aa  224  1e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10735  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  40.2 
 
 
313 aa  224  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  38.24 
 
 
315 aa  224  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4385  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.79 
 
 
316 aa  224  1e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.02052e-22 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3026  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.53 
 
 
334 aa  224  1e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0946  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.79 
 
 
316 aa  224  1e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.52 
 
 
315 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.39 
 
 
313 aa  224  2e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
314 aa  224  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0845824 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0859  oligopeptide ABC transporter permease  38.44 
 
 
316 aa  223  3e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0909  oligopeptide ABC transporter permease protein  38.44 
 
 
316 aa  223  3e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0836804  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
305 aa  223  3e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.587247  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
306 aa  223  3e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.61 
 
 
333 aa  223  4e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.61 
 
 
307 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.14 
 
 
315 aa  222  7e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40.58 
 
 
306 aa  222  7e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  40.91 
 
 
306 aa  222  7e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.61 
 
 
307 aa  221  8e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  40.91 
 
 
306 aa  222  8e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  40.91 
 
 
306 aa  222  8e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  40.91 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1925  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.61 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.730701  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  40.91 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3654  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
304 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276261  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.76 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.913097  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 
321 aa  221  9.999999999999999e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  39.33 
 
 
339 aa  221  9.999999999999999e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.26 
 
 
306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.32 
 
 
316 aa  220  3e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
307 aa  219  3e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00227736  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
306 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17239  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
306 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191651  hitchhiker  0.00741174 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>