More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5358 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  100 
 
 
315 aa  628  1e-179  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  82.86 
 
 
315 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.69 
 
 
314 aa  413  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2679  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  65.59 
 
 
314 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0387434  normal  0.596801 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  63.26 
 
 
313 aa  409  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.9 
 
 
313 aa  394  1e-108  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0546452  normal  0.293815 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.94 
 
 
314 aa  388  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0845824 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2625  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.86 
 
 
313 aa  387  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.079138  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.97 
 
 
314 aa  373  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.965219  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.51 
 
 
315 aa  358  6e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0708639  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2798  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.82 
 
 
341 aa  297  2e-79  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0673833  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.16 
 
 
314 aa  290  1e-77  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.935308  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.18 
 
 
339 aa  288  9e-77  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.19 
 
 
306 aa  283  3.0000000000000004e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.47 
 
 
318 aa  279  4e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.472408  normal  0.510417 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.39 
 
 
334 aa  279  4e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
306 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.51 
 
 
306 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  44.87 
 
 
307 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.31 
 
 
319 aa  266  4e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.81 
 
 
334 aa  265  5e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3841  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.27 
 
 
316 aa  265  5.999999999999999e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00994535  normal  0.14386 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.27 
 
 
309 aa  265  1e-69  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.63 
 
 
316 aa  263  2e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0880861  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4576  peptide ABC transporter permease  43.35 
 
 
318 aa  263  4e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752948  hitchhiker  0.00438876 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.27 
 
 
306 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  43.37 
 
 
336 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.84 
 
 
336 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  44.05 
 
 
339 aa  261  8.999999999999999e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.23 
 
 
306 aa  261  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  44.05 
 
 
339 aa  261  1e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  41.74 
 
 
337 aa  261  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.23 
 
 
307 aa  261  1e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.09 
 
 
322 aa  259  3e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.414511 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  43.07 
 
 
336 aa  259  3e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.09 
 
 
322 aa  259  3e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.09 
 
 
322 aa  259  3e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0476049  normal  0.20897 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  44.64 
 
 
339 aa  259  3e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.59 
 
 
306 aa  259  4e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.23 
 
 
307 aa  259  4e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  42.47 
 
 
336 aa  258  7e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.49 
 
 
312 aa  258  8e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  43.59 
 
 
306 aa  258  1e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  41.57 
 
 
333 aa  258  1e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.24 
 
 
336 aa  258  1e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  42.95 
 
 
306 aa  257  2e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.95 
 
 
306 aa  257  2e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  42.95 
 
 
306 aa  257  2e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.27 
 
 
306 aa  256  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428379  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.99 
 
 
308 aa  257  2e-67  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.59 
 
 
311 aa  257  2e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.63 
 
 
313 aa  257  2e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  42.95 
 
 
306 aa  257  2e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.57 
 
 
336 aa  256  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  42.95 
 
 
306 aa  257  2e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.95 
 
 
306 aa  257  2e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.57 
 
 
336 aa  256  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  42.95 
 
 
306 aa  257  2e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  42.95 
 
 
306 aa  257  2e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  43.75 
 
 
339 aa  256  3e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  41.49 
 
 
336 aa  256  3e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  41.57 
 
 
336 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
313 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.18 
 
 
333 aa  256  3e-67  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.19 
 
 
336 aa  256  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.59 
 
 
306 aa  256  4e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.59 
 
 
306 aa  255  5e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  41.19 
 
 
336 aa  255  6e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.27 
 
 
308 aa  255  7e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.42 
 
 
313 aa  255  7e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  41.27 
 
 
336 aa  255  7e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  43.45 
 
 
339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  43.45 
 
 
339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  43.45 
 
 
339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0163  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.86 
 
 
316 aa  254  1.0000000000000001e-66  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.585262  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.12 
 
 
334 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  43.45 
 
 
339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  43.45 
 
 
339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  43.45 
 
 
339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  43.45 
 
 
339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  43.45 
 
 
339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0837  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  43.27 
 
 
306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039737  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  43.45 
 
 
339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  43.45 
 
 
339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  43.45 
 
 
339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  43.45 
 
 
339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  43.45 
 
 
339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  42.63 
 
 
306 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  43.15 
 
 
339 aa  253  2.0000000000000002e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  43.59 
 
 
306 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  43.59 
 
 
306 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1925  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.27 
 
 
306 aa  253  3e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.730701  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  43.45 
 
 
381 aa  253  3e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  41.49 
 
 
336 aa  253  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  43.59 
 
 
306 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.42 
 
 
315 aa  253  3e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.59 
 
 
321 aa  253  4.0000000000000004e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000414077  hitchhiker  0.00173265 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
320 aa  253  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.1 
 
 
313 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  43.27 
 
 
306 aa  252  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>