More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4576 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4576  peptide ABC transporter permease  100 
 
 		 318 aa  627  1e-178  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752948  hitchhiker  0.00438876 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.55 
 
 		 318 aa  468  1.0000000000000001e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.142025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  43.85 
 
 		 313 aa  263  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  43.35 
 
 		 315 aa  263  4e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3841  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.77 
 
 		 316 aa  261  1e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00994535  normal  0.14386 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.09 
 
 		 315 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.01 
 
 		 306 aa  260  2e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0163  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.02 
 
 		 316 aa  256  3e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.585262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2679  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.52 
 
 		 314 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0387434  normal  0.596801 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.99 
 
 		 308 aa  254  2.0000000000000002e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.48 
 
 		 316 aa  251  1e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  41.64 
 
 		 339 aa  248  9e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  41.76 
 
 		 339 aa  248  9e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  41.47 
 
 		 339 aa  247  2e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  41.47 
 
 		 339 aa  247  2e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  43.64 
 
 		 326 aa  247  2e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.49 
 
 		 321 aa  247  2e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  41.47 
 
 		 339 aa  247  2e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  41.47 
 
 		 381 aa  247  2e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  41.47 
 
 		 339 aa  247  2e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  41.47 
 
 		 339 aa  247  2e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  41.47 
 
 		 339 aa  247  2e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  41.47 
 
 		 339 aa  247  2e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  41.47 
 
 		 339 aa  247  2e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  41.06 
 
 		 339 aa  246  3e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  41.06 
 
 		 339 aa  246  3e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  41.18 
 
 		 339 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  41.18 
 
 		 339 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  41.18 
 
 		 339 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  41.18 
 
 		 339 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.33 
 
 		 319 aa  245  6.999999999999999e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 		 316 aa  244  9.999999999999999e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0880861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  39.53 
 
 		 336 aa  243  1.9999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  40.76 
 
 		 339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.04 
 
 		 319 aa  243  3e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  41.35 
 
 		 339 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3891  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  42.54 
 
 		 317 aa  242  5e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.77 
 
 		 314 aa  242  5e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  40.76 
 
 		 351 aa  242  7e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.54 
 
 		 317 aa  242  7.999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.627017 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  39.88 
 
 		 339 aa  241  9e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  39.88 
 
 		 339 aa  241  1e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 		 336 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.19 
 
 		 321 aa  239  4e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000414077  hitchhiker  0.00173265 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.87 
 
 		 335 aa  239  5.999999999999999e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.94 
 
 		 336 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  39.64 
 
 		 336 aa  238  8e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.59 
 
 		 336 aa  238  9e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  39.64 
 
 		 336 aa  238  9e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  39.76 
 
 		 336 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  40.06 
 
 		 336 aa  238  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  40.12 
 
 		 337 aa  236  3e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.72 
 
 		 334 aa  237  3e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  40.71 
 
 		 333 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  39.94 
 
 		 336 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  39.76 
 
 		 336 aa  235  6e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  39.76 
 
 		 336 aa  235  7e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  39.94 
 
 		 336 aa  235  9e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_931  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  41.51 
 
 		 305 aa  235  9e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.541229  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0942  nickel-transporting ATPase  41.82 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.541988  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1583  alkaline phosphatase  39.94 
 
 		 335 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.354079  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.28 
 
 		 326 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.75386 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.72 
 
 		 334 aa  234  2.0000000000000002e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.25 
 
 		 336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.59 
 
 		 326 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.28 
 
 		 336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.19 
 
 		 320 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.766968 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.19 
 
 		 320 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 		 336 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 		 336 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  39.76 
 
 		 336 aa  233  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.63 
 
 		 314 aa  233  3e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0845824 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  41.01 
 
 		 314 aa  233  4.0000000000000004e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.8 
 
 		 333 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.62 
 
 		 313 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 		 314 aa  233  4.0000000000000004e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.1 
 
 		 325 aa  232  5e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.14 
 
 		 312 aa  232  5e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.96 
 
 		 313 aa  232  8.000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.05 
 
 		 336 aa  231  9e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.43 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0546452  normal  0.293815 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.75 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2257  oligopeptide ABC transporter, permease component  39.88 
 
 		 321 aa  231  1e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.84 
 
 		 324 aa  231  1e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.47 
 
 		 334 aa  231  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.186843  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 		 334 aa  230  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 		 318 aa  230  2e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.96 
 
 		 313 aa  230  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1530  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.46 
 
 		 335 aa  229  3e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.755182  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2554  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  40.18 
 
 		 321 aa  230  3e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  39.94 
 
 		 336 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  39.94 
 
 		 336 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.89 
 
 		 334 aa  229  4e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0719  hypothetical protein  38.54 
 
 		 316 aa  229  4e-59  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.870853 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.96 
 
 		 313 aa  229  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3675  oligopeptide ABC transporter, permease  37.85 
 
 		 316 aa  229  7e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0490538 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.12 
 
 		 313 aa  228  8e-59  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1585  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.46 
 
 		 335 aa  228  8e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.280526  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1691  alkaline phosphatase  39.17 
 
 		 336 aa  228  8e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.218764 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  39.94 
 
 		 336 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>