More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3436 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
315 aa  618  1e-176  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.24032  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0779  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.61 
 
 
313 aa  436  1e-121  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.44 
 
 
318 aa  401  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.33 
 
 
312 aa  392  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.882657  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1289  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.49 
 
 
335 aa  356  1.9999999999999998e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6476  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  56.63 
 
 
316 aa  347  1e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.348696  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5642  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  56.41 
 
 
316 aa  346  3e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0251003  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1011  peptide ABC transporter, permease protein  60.45 
 
 
317 aa  343  2e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0953  peptide ABC transporter, permease protein  60.45 
 
 
317 aa  343  2e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.65 
 
 
355 aa  340  2e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3614  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.55 
 
 
333 aa  338  8e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.581434  normal  0.900579 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.7 
 
 
315 aa  329  5.0000000000000004e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.7 
 
 
315 aa  315  6e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.13 
 
 
316 aa  314  9.999999999999999e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.16 
 
 
320 aa  294  1e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.742019  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.7 
 
 
320 aa  272  7e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.7 
 
 
336 aa  271  9e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.5903  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26330  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  46.95 
 
 
315 aa  258  1e-67  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.133391 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0388  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
315 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0122947  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 
314 aa  254  1.0000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
313 aa  251  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.59 
 
 
313 aa  250  2e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5088  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  41.99 
 
 
313 aa  250  2e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.72 
 
 
315 aa  250  3e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.63 
 
 
306 aa  249  4e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.022065  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  41.99 
 
 
313 aa  249  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.1 
 
 
313 aa  249  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
313 aa  246  4e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  39.42 
 
 
313 aa  245  6.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.21 
 
 
308 aa  244  9.999999999999999e-64  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 
315 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000049983  normal  0.670386 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
313 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
313 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16520  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  41.29 
 
 
321 aa  241  1e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.488375  normal  0.713064 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
320 aa  240  2e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.74 
 
 
313 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  41.83 
 
 
314 aa  239  5e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.38 
 
 
306 aa  238  6.999999999999999e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.38 
 
 
311 aa  238  8e-62  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
306 aa  238  1e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
313 aa  237  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0432  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.23 
 
 
313 aa  237  2e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
320 aa  236  3e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.663455  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.26 
 
 
314 aa  236  3e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0845824 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
306 aa  236  3e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
306 aa  235  9e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
313 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.36 
 
 
316 aa  233  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 
320 aa  232  5e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0617346  normal  0.17443 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
322 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.414511 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
322 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
306 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
322 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0476049  normal  0.20897 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  38.78 
 
 
306 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
324 aa  231  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  38.78 
 
 
306 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
313 aa  230  2e-59  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.1 
 
 
311 aa  230  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05930  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  42.59 
 
 
325 aa  229  3e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.146174 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.62 
 
 
315 aa  230  3e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  38.78 
 
 
306 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.46 
 
 
306 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
306 aa  229  4e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
306 aa  229  4e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.46 
 
 
306 aa  229  4e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.46 
 
 
306 aa  229  4e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.46 
 
 
306 aa  229  4e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
306 aa  229  4e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
313 aa  229  4e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18831  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.05 
 
 
313 aa  229  4e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  38.46 
 
 
306 aa  229  4e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.46 
 
 
306 aa  229  4e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  38.78 
 
 
306 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  38.78 
 
 
306 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.26 
 
 
317 aa  229  5e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.650589  normal  0.092891 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
313 aa  229  6e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
306 aa  229  7e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
314 aa  228  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.965219  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
313 aa  228  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
306 aa  228  1e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.35 
 
 
333 aa  227  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.1 
 
 
306 aa  227  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4455  opine ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  39.1 
 
 
313 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000539356 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.1 
 
 
306 aa  226  3e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  37.82 
 
 
306 aa  226  3e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  37.82 
 
 
306 aa  226  3e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.82 
 
 
306 aa  226  3e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.96 
 
 
334 aa  226  5.0000000000000005e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
319 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0078  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.58 
 
 
315 aa  225  7e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
306 aa  225  8e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.583843  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
313 aa  225  9e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3891  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  39.3 
 
 
317 aa  225  9e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
317 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.627017 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  37.82 
 
 
306 aa  224  1e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2679  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.06 
 
 
314 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0387434  normal  0.596801 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4399  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
306 aa  224  1e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0219662  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  37.82 
 
 
306 aa  224  1e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.85 
 
 
319 aa  224  1e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>