More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4455 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4455  opine ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  100 
 
 
313 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000539356 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.39 
 
 
313 aa  526  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.951896 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8180  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  58.15 
 
 
313 aa  352  5e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.119694  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.55 
 
 
313 aa  344  1e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  43.95 
 
 
306 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  43.95 
 
 
306 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  43.63 
 
 
306 aa  276  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
311 aa  275  5e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  43.31 
 
 
306 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0238  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.01 
 
 
311 aa  273  3e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  43.31 
 
 
306 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 
306 aa  267  1e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  41.21 
 
 
306 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.21 
 
 
306 aa  267  2e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  41.21 
 
 
306 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.21 
 
 
306 aa  267  2e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.21 
 
 
306 aa  267  2e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.21 
 
 
306 aa  266  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.21 
 
 
306 aa  267  2e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.21 
 
 
306 aa  267  2e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.17 
 
 
306 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.26 
 
 
306 aa  264  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40.89 
 
 
306 aa  264  2e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
306 aa  263  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.58 
 
 
306 aa  263  3e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  40.54 
 
 
336 aa  261  8.999999999999999e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  40.51 
 
 
307 aa  259  6e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.72 
 
 
306 aa  258  8e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0837  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.58 
 
 
306 aa  258  1e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039737  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1114  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  42.17 
 
 
327 aa  257  2e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
306 aa  257  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.913097  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1866  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  41.21 
 
 
306 aa  256  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555152  normal  0.486498 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.02 
 
 
306 aa  256  3e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.08 
 
 
306 aa  255  6e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428379  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.12 
 
 
334 aa  254  1.0000000000000001e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0323  ABC transporter permease protein  41.21 
 
 
306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.26 
 
 
307 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1851  ABC transport permease  41.21 
 
 
306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1766  putative glutathione ABC transporter, permease protein  41.21 
 
 
306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
307 aa  253  3e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0976  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40.89 
 
 
306 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00545821  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1357  putative glutathione ABC transporter, permease protein  40.89 
 
 
306 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0400  putative glutathione ABC transporter, permease protein  40.89 
 
 
306 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0240  putative glutathione ABC transporter, permease protein  40.89 
 
 
306 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.21 
 
 
314 aa  252  7e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.69 
 
 
347 aa  251  1e-65  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.699223  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  40.24 
 
 
336 aa  251  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.66 
 
 
306 aa  251  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1925  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.94 
 
 
306 aa  250  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.730701  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  39.82 
 
 
337 aa  250  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.94 
 
 
336 aa  250  2e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.98 
 
 
306 aa  250  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  40.24 
 
 
336 aa  250  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.63 
 
 
313 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.87 
 
 
332 aa  249  3e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.62 
 
 
306 aa  249  4e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.856308  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
313 aa  249  4e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
315 aa  249  5e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.58 
 
 
306 aa  249  5e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.137292 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  40.24 
 
 
336 aa  248  7e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.26 
 
 
306 aa  248  7e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.221048  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.44 
 
 
336 aa  248  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  40.24 
 
 
336 aa  247  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  39.94 
 
 
336 aa  247  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.31 
 
 
313 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  39.94 
 
 
336 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
336 aa  247  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  39.34 
 
 
336 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
306 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191651  hitchhiker  0.00741174 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
306 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17239  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  38.02 
 
 
306 aa  245  6e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.62 
 
 
308 aa  245  6.999999999999999e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  39.34 
 
 
335 aa  245  8e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.34 
 
 
336 aa  245  9e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.34 
 
 
336 aa  245  9e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  41.53 
 
 
306 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  41.53 
 
 
306 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.04 
 
 
335 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.04 
 
 
335 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  40.84 
 
 
336 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.53 
 
 
306 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.24 
 
 
336 aa  243  3e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  40.84 
 
 
336 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  41.53 
 
 
306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  41.53 
 
 
306 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  40.84 
 
 
336 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  36.34 
 
 
333 aa  242  5e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.54 
 
 
336 aa  242  5e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.98 
 
 
306 aa  242  5e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  37.28 
 
 
339 aa  242  7e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  40.54 
 
 
336 aa  242  7e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4562  dipeptide ABC transporter, permease protein  40.24 
 
 
336 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
313 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.35 
 
 
333 aa  241  9e-63  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3841  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.04 
 
 
316 aa  241  9e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00994535  normal  0.14386 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  37.28 
 
 
339 aa  241  1e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  37.57 
 
 
339 aa  240  2e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  37.57 
 
 
339 aa  240  2e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  37.57 
 
 
381 aa  240  2e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  37.57 
 
 
339 aa  240  2e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>