More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0802 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
312 aa  599  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.882657  normal  0.847152 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.33 
 
 
315 aa  437  1e-121  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.24032  normal  0.535319 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0779  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.03 
 
 
313 aa  409  1e-113  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.13 
 
 
318 aa  402  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5642  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  58.01 
 
 
316 aa  348  6e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0251003  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1289  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.52 
 
 
335 aa  345  6e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.96 
 
 
315 aa  342  4e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6476  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  57.56 
 
 
316 aa  341  1e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.348696  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.83 
 
 
315 aa  338  5.9999999999999996e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3614  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.99 
 
 
333 aa  333  3e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.581434  normal  0.900579 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.99 
 
 
355 aa  330  2e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1011  peptide ABC transporter, permease protein  59.49 
 
 
317 aa  329  3e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0953  peptide ABC transporter, permease protein  59.49 
 
 
317 aa  329  3e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.69 
 
 
316 aa  298  9e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.04 
 
 
320 aa  296  4e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.742019  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26330  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  48.89 
 
 
315 aa  265  7e-70  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.133391 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.43 
 
 
320 aa  265  7e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.43 
 
 
336 aa  265  8e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.5903  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  44.73 
 
 
313 aa  263  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.54 
 
 
313 aa  258  6e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.9 
 
 
313 aa  256  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
313 aa  256  4e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.27 
 
 
322 aa  255  6e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.27 
 
 
322 aa  255  6e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.414511 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.27 
 
 
322 aa  255  6e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0476049  normal  0.20897 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.59 
 
 
320 aa  253  3e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0078  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.87 
 
 
315 aa  252  5.000000000000001e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.51 
 
 
313 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.53 
 
 
314 aa  249  5e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0845824 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.8 
 
 
308 aa  247  1e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0388  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.99 
 
 
315 aa  248  1e-64  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0122947  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.55 
 
 
316 aa  248  1e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.63 
 
 
320 aa  247  2e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0617346  normal  0.17443 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1299  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.62 
 
 
307 aa  246  3e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10735  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 
313 aa  246  4e-64  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.07 
 
 
334 aa  245  6.999999999999999e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.55 
 
 
315 aa  244  9e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.08 
 
 
315 aa  244  9.999999999999999e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000049983  normal  0.670386 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
313 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  44.44 
 
 
314 aa  243  3.9999999999999997e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  40.42 
 
 
336 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  41.48 
 
 
306 aa  242  6e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0432  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
313 aa  242  6e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  41.48 
 
 
306 aa  242  6e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  40.12 
 
 
336 aa  242  7e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.61 
 
 
302 aa  241  7.999999999999999e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  40.06 
 
 
336 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0460  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.11 
 
 
304 aa  241  7.999999999999999e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.52 
 
 
310 aa  241  7.999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.342776  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.65 
 
 
336 aa  241  9e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 
306 aa  241  9e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.022065  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.65 
 
 
336 aa  241  9e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.12 
 
 
335 aa  241  9e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0719  hypothetical protein  38.73 
 
 
316 aa  241  9e-63  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.870853 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  41.48 
 
 
306 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.04 
 
 
313 aa  241  1e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  40.65 
 
 
336 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
306 aa  241  1e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  40.12 
 
 
336 aa  240  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.22 
 
 
319 aa  240  2e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.17237 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
315 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  39.1 
 
 
337 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.94 
 
 
334 aa  239  4e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.1 
 
 
313 aa  239  5e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
313 aa  239  5e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
306 aa  239  5e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
313 aa  239  5e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  39.76 
 
 
336 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
308 aa  238  6.999999999999999e-62  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.27 
 
 
314 aa  238  8e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 
311 aa  238  9e-62  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3891  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  42.17 
 
 
317 aa  238  9e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  41.16 
 
 
306 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16520  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  40.97 
 
 
321 aa  237  1e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.488375  normal  0.713064 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.52 
 
 
336 aa  238  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 
336 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  41.16 
 
 
306 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  39.76 
 
 
336 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  39.87 
 
 
306 aa  237  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.09 
 
 
309 aa  237  2e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.87 
 
 
306 aa  237  2e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
306 aa  237  2e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
306 aa  237  2e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5088  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  41.27 
 
 
313 aa  237  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.87 
 
 
306 aa  237  2e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  39.87 
 
 
306 aa  237  2e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.55 
 
 
317 aa  237  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.650589  normal  0.092891 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.87 
 
 
306 aa  237  2e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.17 
 
 
317 aa  237  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.627017 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.8 
 
 
306 aa  236  3e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.26 
 
 
306 aa  236  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  39.1 
 
 
313 aa  236  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
321 aa  236  3e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.350596  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.87 
 
 
306 aa  236  4e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2679  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.63 
 
 
314 aa  236  4e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0387434  normal  0.596801 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
324 aa  236  4e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
306 aa  236  4e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3675  oligopeptide ABC transporter, permease  37.82 
 
 
316 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0490538 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
306 aa  235  6e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2798  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.83 
 
 
341 aa  235  6e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0673833  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>