More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0881 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
328 aa  637    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.23 
 
 
326 aa  543  1e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.115178  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2824  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.84 
 
 
338 aa  493  9.999999999999999e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.365334  normal  0.156098 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.94 
 
 
327 aa  464  9.999999999999999e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.74241  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.33 
 
 
326 aa  428  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.844486 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.72 
 
 
327 aa  426  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.395027  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2856  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  64.26 
 
 
326 aa  422  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.247357 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4475  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.88 
 
 
326 aa  422  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.195389 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.41 
 
 
327 aa  423  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0558864 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.86 
 
 
326 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.443976  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7193  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  62.15 
 
 
326 aa  414  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.64 
 
 
321 aa  416  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3120  IM pore protein  61.77 
 
 
327 aa  412  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0682288  normal  0.0671441 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.41 
 
 
326 aa  408  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19101  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.11 
 
 
326 aa  410  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.8 
 
 
326 aa  395  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.508516  normal  0.0813716 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.44 
 
 
321 aa  382  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.751263  normal  0.0835793 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5793  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.73 
 
 
322 aa  346  3e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.000255832  decreased coverage  0.000142665 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0096  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  47.08 
 
 
325 aa  326  4.0000000000000003e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00494  ABC transporter permease component  46.15 
 
 
325 aa  319  3e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3005  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.06 
 
 
325 aa  315  6e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2565  peptide ABC transporter, permease protein  46.46 
 
 
342 aa  315  6e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.304242  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0563  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  46.15 
 
 
325 aa  315  6e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0274  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  47.98 
 
 
391 aa  314  9.999999999999999e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1793  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.04 
 
 
325 aa  309  2.9999999999999997e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0779097  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1360  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.75 
 
 
324 aa  306  4.0000000000000004e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000247365  normal  0.354995 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2869  transmembrane dipeptide transport system permease ABC transporter protein  47.68 
 
 
325 aa  305  6e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0598671  normal  0.76334 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.61 
 
 
326 aa  304  1.0000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3157  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.06 
 
 
325 aa  303  2.0000000000000002e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001973  peptide ABC transporter permease component  46.45 
 
 
310 aa  303  2.0000000000000002e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.12 
 
 
323 aa  303  4.0000000000000003e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1828  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.86 
 
 
325 aa  298  6e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.79 
 
 
325 aa  297  2e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.683893 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.5 
 
 
324 aa  290  2e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.69 
 
 
349 aa  287  2e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2531  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.23 
 
 
325 aa  284  2.0000000000000002e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00320592 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.54 
 
 
349 aa  282  6.000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00059192  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.72 
 
 
324 aa  281  8.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.56 
 
 
325 aa  279  5e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.9 
 
 
327 aa  279  6e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303852  normal  0.27124 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.56 
 
 
325 aa  278  7e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.59 
 
 
324 aa  278  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.59 
 
 
327 aa  277  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.79 
 
 
315 aa  276  2e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.11 
 
 
323 aa  266  2e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.740453  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1882  peptide ABC transporter transmembrane protein  42.63 
 
 
328 aa  261  1e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0184491  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  41.89 
 
 
339 aa  256  3e-67  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.09 
 
 
334 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.35 
 
 
334 aa  253  3e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  42.26 
 
 
333 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
335 aa  246  3e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.948745  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.99 
 
 
306 aa  244  9.999999999999999e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.2 
 
 
324 aa  241  1e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.5 
 
 
313 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  41.54 
 
 
336 aa  239  4e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.92 
 
 
306 aa  239  5e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  41.54 
 
 
336 aa  238  8e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.24 
 
 
309 aa  238  8e-62  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.54 
 
 
336 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.54 
 
 
336 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  40.77 
 
 
336 aa  236  3e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  41.54 
 
 
336 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  41.25 
 
 
336 aa  235  7e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  40.68 
 
 
306 aa  235  8e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  40.68 
 
 
306 aa  235  8e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.68 
 
 
306 aa  235  9e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  41.25 
 
 
336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  40.68 
 
 
306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  40.68 
 
 
306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.25 
 
 
336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.62 
 
 
336 aa  233  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
306 aa  233  3e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2810  peptide ABC transporter, permease protein  40.92 
 
 
324 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0199712  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2538  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.92 
 
 
324 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000540331  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  40.36 
 
 
336 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  39.06 
 
 
306 aa  233  5e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.06 
 
 
306 aa  233  5e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.06 
 
 
306 aa  233  5e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.06 
 
 
306 aa  233  5e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.06 
 
 
306 aa  233  5e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.06 
 
 
306 aa  233  5e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  39.06 
 
 
306 aa  233  5e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  39.06 
 
 
306 aa  233  5e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.58 
 
 
334 aa  232  6e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.66 
 
 
333 aa  231  9e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  40.36 
 
 
336 aa  231  9e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.12 
 
 
320 aa  231  9e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.06 
 
 
324 aa  231  1e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00239771  normal  0.0141944 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1241  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.32 
 
 
323 aa  231  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  39.35 
 
 
337 aa  230  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.44 
 
 
311 aa  230  3e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  39.94 
 
 
314 aa  229  4e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.12 
 
 
322 aa  229  4e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.414511 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0438  dipeptide ABC transporter, permease protein  41.25 
 
 
336 aa  229  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.287178  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0257  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  41.25 
 
 
336 aa  229  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0183254  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.12 
 
 
322 aa  229  4e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.12 
 
 
322 aa  229  4e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0476049  normal  0.20897 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.98 
 
 
334 aa  229  5e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 
312 aa  229  5e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.75 
 
 
306 aa  229  5e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>