More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3602 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
305 aa  600  1e-170  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2575  peptide ABC transporter, permease protein  62.05 
 
 
305 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2266  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  62.05 
 
 
305 aa  378  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0437136  normal  0.510815 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3654  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.84 
 
 
304 aa  375  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276261  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.73 
 
 
305 aa  367  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  normal  0.480947 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.73 
 
 
305 aa  366  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.587247  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.18 
 
 
304 aa  358  8e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.03 
 
 
305 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.72 
 
 
305 aa  355  3.9999999999999996e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.507532  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.58 
 
 
305 aa  340  2e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.8 
 
 
305 aa  322  4e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.31067  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 
306 aa  249  5e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.86 
 
 
306 aa  247  2e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1187  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.33 
 
 
304 aa  238  6.999999999999999e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.127096  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.42 
 
 
306 aa  238  1e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
313 aa  236  3e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
306 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.12 
 
 
306 aa  233  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  41.21 
 
 
313 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5121  putative ABC transporter permease protein  42.52 
 
 
298 aa  232  7.000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31259  normal  0.407731 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  41.12 
 
 
306 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.12 
 
 
306 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.12 
 
 
306 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.12 
 
 
306 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  41.12 
 
 
306 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.12 
 
 
306 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  41.12 
 
 
306 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.12 
 
 
306 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40.79 
 
 
306 aa  228  7e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  41.18 
 
 
306 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5642  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  41.03 
 
 
316 aa  228  1e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0251003  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  41.18 
 
 
306 aa  228  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
306 aa  227  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  40.85 
 
 
306 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
311 aa  227  2e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  40.85 
 
 
306 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  40.85 
 
 
306 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
306 aa  226  4e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  37.65 
 
 
339 aa  226  5.0000000000000005e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.36 
 
 
313 aa  226  5.0000000000000005e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.18227  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
306 aa  226  5.0000000000000005e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  39.87 
 
 
315 aa  225  9e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.87 
 
 
306 aa  224  9e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
306 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  39.93 
 
 
306 aa  224  2e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  39.93 
 
 
306 aa  224  2e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  39.93 
 
 
306 aa  224  2e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.07 
 
 
307 aa  224  2e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00227736  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  39.93 
 
 
306 aa  224  2e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
313 aa  224  2e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.93 
 
 
306 aa  224  2e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.52 
 
 
306 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
313 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.47 
 
 
306 aa  222  6e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.856308  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 
306 aa  222  6e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.06 
 
 
313 aa  222  7e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18831  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
306 aa  222  7e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.913097  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 
315 aa  221  9e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.91 
 
 
308 aa  221  9.999999999999999e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
311 aa  221  9.999999999999999e-57  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  39.87 
 
 
307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.47 
 
 
306 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.819891  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.94 
 
 
317 aa  221  1.9999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.650589  normal  0.092891 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.98 
 
 
324 aa  220  3e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.05 
 
 
318 aa  219  3e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.56 
 
 
306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0245  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
339 aa  219  5e-56  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.76239  normal  0.869294 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.43 
 
 
334 aa  219  5e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
313 aa  219  6e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
307 aa  219  6e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
313 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.2 
 
 
306 aa  218  8.999999999999998e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
307 aa  218  8.999999999999998e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.5 
 
 
306 aa  218  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1251  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 
313 aa  218  1e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0714175 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.95 
 
 
313 aa  218  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.14 
 
 
306 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.137292 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.56 
 
 
308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.56 
 
 
316 aa  216  2.9999999999999998e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.51 
 
 
306 aa  216  4e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0655426  normal  0.0792402 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1114  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  39.8 
 
 
327 aa  216  4e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 
306 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.221048  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0323  ABC transporter permease protein  39.47 
 
 
306 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 
306 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17239  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 
306 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191651  hitchhiker  0.00741174 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.38 
 
 
321 aa  216  5e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0976  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  39.47 
 
 
306 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00545821  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
313 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0240  putative glutathione ABC transporter, permease protein  39.47 
 
 
306 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0400  putative glutathione ABC transporter, permease protein  39.47 
 
 
306 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1357  putative glutathione ABC transporter, permease protein  39.47 
 
 
306 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1851  ABC transport permease  39.47 
 
 
306 aa  215  7e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1766  putative glutathione ABC transporter, permease protein  39.47 
 
 
306 aa  215  7e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
313 aa  214  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.95 
 
 
313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  38.49 
 
 
306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  36.39 
 
 
351 aa  213  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 
312 aa  213  2.9999999999999995e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
334 aa  213  3.9999999999999995e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>