More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1752 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
306 aa  604  9.999999999999999e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0655426  normal  0.0792402 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.45 
 
 
306 aa  483  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  77.45 
 
 
306 aa  482  1e-135  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.8 
 
 
306 aa  478  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.819891  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.21 
 
 
308 aa  428  1e-119  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.452226  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6675  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.67 
 
 
306 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.432582  normal  0.593084 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43 
 
 
309 aa  257  2e-67  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.01 
 
 
321 aa  249  5e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
306 aa  246  4e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.2 
 
 
306 aa  244  9e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
306 aa  244  9.999999999999999e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
308 aa  244  1.9999999999999999e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.89 
 
 
306 aa  240  2e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
306 aa  240  2e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
306 aa  240  2e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.16 
 
 
306 aa  240  2e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  42.16 
 
 
306 aa  240  2e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  42.16 
 
 
306 aa  240  2e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.89 
 
 
306 aa  240  2e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  38.89 
 
 
306 aa  240  2e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.89 
 
 
306 aa  240  2e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.89 
 
 
306 aa  240  2e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  42.16 
 
 
306 aa  238  6.999999999999999e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  42.16 
 
 
306 aa  238  6.999999999999999e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.56 
 
 
306 aa  238  9e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 
312 aa  237  1e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.92 
 
 
334 aa  237  1e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
306 aa  237  2e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.85 
 
 
306 aa  237  2e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.022065  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.56 
 
 
306 aa  236  2e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.65 
 
 
333 aa  236  4e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 
306 aa  236  5.0000000000000005e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
311 aa  235  6e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
306 aa  235  6e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.63 
 
 
317 aa  235  6e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.627017 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.91 
 
 
306 aa  235  7e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3891  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  42.63 
 
 
317 aa  235  7e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  38.56 
 
 
306 aa  235  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  38.56 
 
 
306 aa  235  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
306 aa  235  9e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  38.24 
 
 
306 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  38.24 
 
 
306 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  38.24 
 
 
306 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4215  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.29 
 
 
315 aa  232  5e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
334 aa  230  2e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
305 aa  231  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  normal  0.480947 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  38.49 
 
 
307 aa  230  3e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.91 
 
 
307 aa  229  3e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.38 
 
 
313 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
307 aa  229  5e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  39.13 
 
 
326 aa  228  1e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.55 
 
 
315 aa  227  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
306 aa  228  1e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2575  peptide ABC transporter, permease protein  38.24 
 
 
305 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.93 
 
 
306 aa  226  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.91 
 
 
320 aa  227  2e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000183272  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.94 
 
 
326 aa  227  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.115178  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.54 
 
 
334 aa  227  2e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.32 
 
 
322 aa  226  3e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3137  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
313 aa  226  3e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.76 
 
 
315 aa  226  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4538  peptide ABC transporter, permease protein  38.96 
 
 
315 aa  226  4e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
313 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.22 
 
 
315 aa  226  4e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000049983  normal  0.670386 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
313 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0351  peptide ABC transporter, permease protein  41.19 
 
 
319 aa  226  5.0000000000000005e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0408  peptide ABC transporter, permease protein  41.19 
 
 
319 aa  225  6e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.599742  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
305 aa  225  6e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.587247  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
313 aa  225  6e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3120  IM pore protein  39.69 
 
 
327 aa  225  7e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0682288  normal  0.0671441 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4399  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
306 aa  225  8e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0219662  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1925  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.91 
 
 
306 aa  225  9e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.730701  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
326 aa  225  9e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.467018  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2266  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.91 
 
 
305 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0437136  normal  0.510815 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.97 
 
 
306 aa  223  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.532863  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.25 
 
 
306 aa  223  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 
335 aa  223  2e-57  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.905382  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.61 
 
 
316 aa  223  3e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.54 
 
 
306 aa  223  3e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.583843  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  35.74 
 
 
333 aa  223  3e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_931  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  39.34 
 
 
305 aa  222  4.9999999999999996e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.541229  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36 
 
 
324 aa  222  6e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.38 
 
 
313 aa  222  6e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.06 
 
 
338 aa  222  6e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0823  oligopeptide ABC transporter, permease  36.19 
 
 
316 aa  222  7e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.164685  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  37.82 
 
 
313 aa  221  8e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.19 
 
 
322 aa  221  8e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3654  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.83 
 
 
304 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276261  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0350  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  37.66 
 
 
310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1001  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.87 
 
 
316 aa  220  3e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0942  nickel-transporting ATPase  38.69 
 
 
305 aa  219  3e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.541988  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
313 aa  220  3e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18831  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1555  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.19 
 
 
311 aa  220  3e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.893749  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4385  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.87 
 
 
316 aa  219  3e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.02052e-22 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0837  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  37.91 
 
 
306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039737  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.93 
 
 
306 aa  219  3.9999999999999997e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.87 
 
 
316 aa  219  5e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00583871  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.42 
 
 
340 aa  219  5e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.5 
 
 
313 aa  219  5e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.39 
 
 
340 aa  219  5e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>