More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0105 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 326 aa  642    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.109225  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  86.5 
 
 		 326 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.41 
 
 		 327 aa  434  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.75 
 
 		 338 aa  399  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.8 
 
 		 325 aa  373  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26218  normal  0.0546823 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.33 
 
 		 323 aa  364  1e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7557  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  47.04 
 
 		 323 aa  293  4e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.47 
 
 		 324 aa  290  2e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.366309  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.3 
 
 		 323 aa  289  5.0000000000000004e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.23 
 
 		 322 aa  285  5.999999999999999e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.21 
 
 		 340 aa  280  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00450006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3132  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.34 
 
 		 340 aa  279  6e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.05 
 
 		 340 aa  278  7e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.41 
 
 		 340 aa  278  8e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.25 
 
 		 325 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.15877 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 		 323 aa  271  1e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1650  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.85 
 
 		 323 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.950445 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.2 
 
 		 333 aa  268  1e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.26 
 
 		 336 aa  266  2.9999999999999995e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.144815  normal  0.108193 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2568  ABC transporter permease  45.78 
 
 		 328 aa  266  5e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.577987  normal  0.256762 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.31 
 
 		 327 aa  265  8e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.57 
 
 		 323 aa  264  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259028  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.28 
 
 		 325 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0648374  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4328  putative ABC transporter, permease protein  43.63 
 
 		 325 aa  263  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1040  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.1 
 
 		 325 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.314534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2013  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.72 
 
 		 326 aa  263  4e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  45.26 
 
 		 336 aa  262  6.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.01 
 
 		 336 aa  258  1e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0562  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.43 
 
 		 322 aa  256  3e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.618484  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.78 
 
 		 336 aa  256  4e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1766  peptide ABC transporter, permease protein  41.93 
 
 		 321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.147265  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1691  alkaline phosphatase  43.58 
 
 		 336 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.218764 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  39.47 
 
 		 339 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  39.47 
 
 		 339 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  39.47 
 
 		 339 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  39.76 
 
 		 339 aa  253  3e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  43.45 
 
 		 336 aa  253  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  39.47 
 
 		 339 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  39.47 
 
 		 339 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  39.76 
 
 		 339 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  39.76 
 
 		 339 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  39.76 
 
 		 339 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  39.76 
 
 		 339 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  39.76 
 
 		 339 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  39.76 
 
 		 339 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  39.76 
 
 		 381 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.89 
 
 		 328 aa  253  4.0000000000000004e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  39.76 
 
 		 339 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  39.76 
 
 		 339 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  40.36 
 
 		 339 aa  252  6e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  41.79 
 
 		 336 aa  251  8.000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.5 
 
 		 323 aa  251  1e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.372701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.62 
 
 		 336 aa  251  1e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.15 
 
 		 336 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.43 
 
 		 334 aa  251  1e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  43.03 
 
 		 336 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  43.15 
 
 		 336 aa  250  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.15 
 
 		 336 aa  249  4e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.15 
 
 		 336 aa  249  4e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  43.77 
 
 		 336 aa  249  5e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.38 
 
 		 306 aa  249  5e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.21 
 
 		 334 aa  249  5e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  42.07 
 
 		 336 aa  248  7e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  43.15 
 
 		 336 aa  248  7e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  40.36 
 
 		 351 aa  249  7e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.71 
 
 		 334 aa  248  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1583  alkaline phosphatase  40.9 
 
 		 335 aa  248  1e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.354079  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.3 
 
 		 309 aa  248  1e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  39.76 
 
 		 339 aa  248  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 		 328 aa  247  2e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.892452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7182  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  43.77 
 
 		 329 aa  247  2e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  38.87 
 
 		 339 aa  246  3e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  38.87 
 
 		 339 aa  246  3e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  41.9 
 
 		 336 aa  246  4e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0141  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  45.25 
 
 		 326 aa  246  4e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3967  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.68 
 
 		 333 aa  246  6e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  42.39 
 
 		 336 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.19 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  39.35 
 
 		 339 aa  244  9.999999999999999e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  42.39 
 
 		 336 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1564  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  44.19 
 
 		 326 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  42.39 
 
 		 336 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  40.55 
 
 		 337 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1978  putative ABC transporter  43.91 
 
 		 321 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.878457  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  42.39 
 
 		 336 aa  242  6e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  42.39 
 
 		 336 aa  242  6e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.79 
 
 		 336 aa  242  7e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  41.25 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  41.25 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.62 
 
 		 334 aa  241  1e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.186843  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.25 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1530  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.82 
 
 		 335 aa  241  1e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.755182  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  41.79 
 
 		 336 aa  241  1e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1585  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.82 
 
 		 335 aa  241  2e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.280526  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0244  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  43.16 
 
 		 336 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0438  dipeptide ABC transporter, permease protein  43.16 
 
 		 336 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.287178  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0257  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  43.16 
 
 		 336 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0183254  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.01 
 
 		 328 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  43.34 
 
 		 306 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.51 
 
 		 333 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>