More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1978 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_1978  putative ABC transporter  100 
 
 
321 aa  614  1e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.878457  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.66 
 
 
322 aa  315  8e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3137  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5137  putative peptide ABC transporter protein, permease protein  55.87 
 
 
339 aa  291  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0417349 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.06 
 
 
323 aa  288  7e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.06 
 
 
324 aa  288  7e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.366309  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1650  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.26 
 
 
323 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.950445 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.77 
 
 
328 aa  280  2e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.892452  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.31 
 
 
323 aa  277  2e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7557  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  48.26 
 
 
323 aa  277  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.48 
 
 
340 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.04 
 
 
325 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.15877 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0562  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.87 
 
 
322 aa  271  8.000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.618484  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0141  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  50.16 
 
 
326 aa  271  9e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4328  putative ABC transporter, permease protein  49.21 
 
 
325 aa  271  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.26 
 
 
323 aa  270  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259028  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1564  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  50.48 
 
 
326 aa  270  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2013  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.47 
 
 
326 aa  269  4e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.65 
 
 
340 aa  269  4e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.02 
 
 
336 aa  269  5e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.144815  normal  0.108193 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7182  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  49.2 
 
 
329 aa  267  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1040  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.2 
 
 
325 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.314534  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3132  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.34 
 
 
340 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.68 
 
 
325 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0648374  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
327 aa  263  2e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.21 
 
 
328 aa  263  3e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.94 
 
 
340 aa  263  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00450006  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.32 
 
 
329 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.637959  normal  0.0297418 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.62 
 
 
328 aa  260  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.25 
 
 
333 aa  260  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6558  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.05 
 
 
329 aa  252  7e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.487916  normal  0.350225 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.05 
 
 
338 aa  251  9.000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.31 
 
 
323 aa  251  1e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.372701  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.61 
 
 
326 aa  249  4e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.63 
 
 
326 aa  245  8e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.109225  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3967  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.54 
 
 
333 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.04 
 
 
322 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0636999  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0785  peptide ABC transporter, permease protein  44.3 
 
 
332 aa  240  2.9999999999999997e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.334762  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0736  peptide ABC transporter, permease protein  43.99 
 
 
327 aa  238  6.999999999999999e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4861  putative ABC transporter, permease protein  47.98 
 
 
328 aa  238  9e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373975  normal  0.482234 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3081  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.44 
 
 
322 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.957751  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44 
 
 
323 aa  231  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181861  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.94 
 
 
333 aa  229  6e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.16 
 
 
325 aa  227  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26218  normal  0.0546823 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.82 
 
 
327 aa  226  3e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  41.52 
 
 
336 aa  224  1e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.51 
 
 
311 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.166982  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.3 
 
 
336 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  40.3 
 
 
336 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  41.09 
 
 
336 aa  223  4e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  40.3 
 
 
336 aa  223  4e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  39.58 
 
 
337 aa  222  8e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.7 
 
 
336 aa  222  8e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.7 
 
 
336 aa  222  8e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2568  ABC transporter permease  43.28 
 
 
328 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.577987  normal  0.256762 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  40.79 
 
 
336 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  38.55 
 
 
339 aa  221  9.999999999999999e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
334 aa  221  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  39.7 
 
 
336 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
336 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
312 aa  221  1.9999999999999999e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.43 
 
 
313 aa  220  3e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
313 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
321 aa  218  1e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  39.94 
 
 
339 aa  217  2e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  39.94 
 
 
339 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  39.7 
 
 
336 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.14 
 
 
334 aa  215  5.9999999999999996e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  39.04 
 
 
339 aa  215  7e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.56 
 
 
333 aa  215  7e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
306 aa  214  9.999999999999999e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  39.04 
 
 
339 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
313 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.05 
 
 
313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4562  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.74 
 
 
336 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.44 
 
 
336 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1224  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.24 
 
 
313 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.87 
 
 
306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0391  Nickel-transporting ATPase  39.09 
 
 
334 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.941274  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0719  hypothetical protein  35.33 
 
 
316 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.870853 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.12 
 
 
319 aa  213  3.9999999999999995e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  36.94 
 
 
336 aa  213  3.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 
334 aa  213  3.9999999999999995e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.79 
 
 
334 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0103751  normal  0.0395583 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  39.04 
 
 
351 aa  213  4.9999999999999996e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
320 aa  213  4.9999999999999996e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0617346  normal  0.17443 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1691  alkaline phosphatase  40.61 
 
 
336 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.218764 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0503  ABC transporter permease protein  37.27 
 
 
311 aa  213  4.9999999999999996e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  37.03 
 
 
313 aa  212  7.999999999999999e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
309 aa  212  7.999999999999999e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
336 aa  211  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0244  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  41.21 
 
 
336 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
320 aa  210  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.663455  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0438  dipeptide ABC transporter, permease protein  41.21 
 
 
336 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.287178  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0257  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB  41.21 
 
 
336 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0183254  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
336 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  39.04 
 
 
339 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  39.04 
 
 
339 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  39.04 
 
 
339 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  39.04 
 
 
339 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.28 
 
 
315 aa  210  3e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000049983  normal  0.670386 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>