More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3081 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3081  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 		 322 aa  633  1e-180  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.957751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.43 
 
 		 322 aa  434  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0636999  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.62 
 
 		 322 aa  319  3e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2013  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.9 
 
 		 326 aa  300  3e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.21 
 
 		 325 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.15877 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4328  putative ABC transporter, permease protein  48.73 
 
 		 325 aa  293  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.02 
 
 		 325 aa  291  9e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0648374  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1040  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.03 
 
 		 325 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.314534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7557  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  45.89 
 
 		 323 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.86 
 
 		 333 aa  284  1.0000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.3 
 
 		 336 aa  283  2.0000000000000002e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.144815  normal  0.108193 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.79 
 
 		 338 aa  283  2.0000000000000002e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1650  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.57 
 
 		 323 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.950445 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.79 
 
 		 323 aa  283  3.0000000000000004e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.06 
 
 		 323 aa  282  6.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 		 324 aa  281  1e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.366309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.27 
 
 		 340 aa  278  8e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.39 
 
 		 323 aa  276  2e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3132  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.01 
 
 		 340 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.25 
 
 		 340 aa  273  3e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00450006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 		 340 aa  272  6e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.71 
 
 		 327 aa  271  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.1 
 
 		 328 aa  268  5.9999999999999995e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.89 
 
 		 323 aa  265  8e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.372701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.41 
 
 		 328 aa  264  2e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.892452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.48 
 
 		 328 aa  264  2e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0141  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  44.16 
 
 		 326 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1564  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  44.79 
 
 		 326 aa  262  6e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.26 
 
 		 323 aa  260  2e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7182  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  43.89 
 
 		 329 aa  254  1.0000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.17 
 
 		 329 aa  249  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.637959  normal  0.0297418 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6558  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.48 
 
 		 329 aa  249  6e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.487916  normal  0.350225 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.22 
 
 		 327 aa  248  1e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3967  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.53 
 
 		 333 aa  246  4e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2568  ABC transporter permease  41.88 
 
 		 328 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.577987  normal  0.256762 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4861  putative ABC transporter, permease protein  44.72 
 
 		 328 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373975  normal  0.482234 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.95 
 
 		 326 aa  245  6e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1978  putative ABC transporter  44.44 
 
 		 321 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.878457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 		 326 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.109225  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.66 
 
 		 334 aa  242  6e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.38 
 
 		 325 aa  242  6e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26218  normal  0.0546823 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0736  peptide ABC transporter, permease protein  41.25 
 
 		 327 aa  240  2e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  42.59 
 
 		 313 aa  240  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0785  peptide ABC transporter, permease protein  41.64 
 
 		 332 aa  240  2.9999999999999997e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.334762  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1869  ABC-type transport system protein  39.56 
 
 		 324 aa  239  5e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.57 
 
 		 325 aa  239  5e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.69 
 
 		 321 aa  239  5.999999999999999e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  39.13 
 
 		 326 aa  238  1e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5137  putative peptide ABC transporter protein, permease protein  41.88 
 
 		 339 aa  238  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0417349 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.75 
 
 		 333 aa  238  1e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.82 
 
 		 336 aa  238  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.49 
 
 		 324 aa  236  3e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  38.94 
 
 		 339 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  38.94 
 
 		 339 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  38.94 
 
 		 339 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  38.94 
 
 		 339 aa  235  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0562  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.2 
 
 		 322 aa  235  8e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.618484  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  38.94 
 
 		 339 aa  235  9e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  40.6 
 
 		 336 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  39.7 
 
 		 337 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  40.72 
 
 		 336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 		 306 aa  233  3e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  40.42 
 
 		 336 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.61 
 
 		 336 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  40.61 
 
 		 336 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  38.35 
 
 		 339 aa  232  6e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  38.35 
 
 		 339 aa  232  6e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  38.35 
 
 		 339 aa  232  6e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  38.35 
 
 		 339 aa  232  6e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  38.35 
 
 		 339 aa  232  6e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  38.35 
 
 		 339 aa  232  6e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  38.35 
 
 		 339 aa  232  6e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  38.35 
 
 		 339 aa  232  6e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  38.35 
 
 		 381 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.56 
 
 		 319 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.540957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.42 
 
 		 336 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.42 
 
 		 336 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  40.61 
 
 		 336 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.19 
 
 		 312 aa  231  8.000000000000001e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.51 
 
 		 326 aa  231  9e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.75386 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 		 321 aa  231  1e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  38.05 
 
 		 339 aa  230  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5300  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  41.25 
 
 		 316 aa  230  3e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.340844  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  39.76 
 
 		 336 aa  229  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1413  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.79 
 
 		 332 aa  230  3e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.739242 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  39.41 
 
 		 336 aa  229  5e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.01 
 
 		 326 aa  228  8e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.25 
 
 		 321 aa  227  2e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.350596  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  39.52 
 
 		 336 aa  228  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4576  peptide ABC transporter permease  40.43 
 
 		 318 aa  227  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752948  hitchhiker  0.00438876 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.4 
 
 		 336 aa  226  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  37.83 
 
 		 339 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.12 
 
 		 309 aa  226  6e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4683  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.6 
 
 		 305 aa  225  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.4 
 
 		 336 aa  225  8e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  40 
 
 		 336 aa  225  9e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  37.76 
 
 		 339 aa  225  1e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  40 
 
 		 336 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  40 
 
 		 336 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0408  peptide ABC transporter, permease protein  37.69 
 
 		 319 aa  225  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.599742  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>