More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5300 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5300  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  100 
 
 
316 aa  627  1e-179  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.340844  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.83 
 
 
321 aa  270  2e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.73 
 
 
316 aa  259  4e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00583871  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1001  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.1 
 
 
316 aa  256  3e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0408  peptide ABC transporter, permease protein  42.95 
 
 
319 aa  254  1.0000000000000001e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.599742  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0823  oligopeptide ABC transporter, permease  37.78 
 
 
316 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.164685  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0997  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.1 
 
 
316 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.28482e-62 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0808  oligopeptide ABC transporter, permease  37.78 
 
 
316 aa  253  3e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.282065  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4385  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.14 
 
 
316 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.02052e-22 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0351  peptide ABC transporter, permease protein  42.95 
 
 
319 aa  252  5.000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0946  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.14 
 
 
316 aa  252  6e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
325 aa  251  1e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.169122  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
319 aa  251  1e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
323 aa  249  3e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.38 
 
 
319 aa  249  4e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  41.05 
 
 
326 aa  249  5e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0859  oligopeptide ABC transporter permease  37.78 
 
 
316 aa  249  5e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0909  oligopeptide ABC transporter permease protein  37.78 
 
 
316 aa  249  5e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0836804  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 
324 aa  247  2e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.52 
 
 
333 aa  246  3e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.94 
 
 
319 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.540957  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.43 
 
 
333 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
324 aa  244  1.9999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.366309  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.74 
 
 
326 aa  243  3e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.43 
 
 
326 aa  242  5e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.75386 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.12 
 
 
325 aa  241  7.999999999999999e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1620  peptide ABC transporter, permease protein  40.37 
 
 
321 aa  241  1e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.911317 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.87 
 
 
322 aa  241  1e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0004  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.43 
 
 
320 aa  238  1e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.101832  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
331 aa  238  1e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.68 
 
 
321 aa  237  2e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.793124  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
321 aa  237  3e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
321 aa  236  4e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0692911 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.44 
 
 
321 aa  236  5.0000000000000005e-61  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.56 
 
 
320 aa  235  6e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.56 
 
 
320 aa  235  6e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.766968 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.44 
 
 
355 aa  235  9e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0791674  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.64 
 
 
312 aa  234  2.0000000000000002e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4683  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.2 
 
 
305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.37 
 
 
306 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.37 
 
 
306 aa  232  5e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.23 
 
 
306 aa  232  6e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1766  peptide ABC transporter, permease protein  38.2 
 
 
321 aa  231  1e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.147265  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.37 
 
 
306 aa  230  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.819891  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.37 
 
 
322 aa  230  3e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3137  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 
321 aa  229  3e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.8 
 
 
320 aa  229  5e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000183272  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.22 
 
 
319 aa  229  5e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.512992 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1869  ABC-type transport system protein  39.13 
 
 
324 aa  227  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
306 aa  227  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4598  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
319 aa  227  2e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.930375  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5079  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.62 
 
 
318 aa  227  2e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.823719  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0873  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.51 
 
 
320 aa  226  3e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0307537  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
335 aa  227  3e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2856  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
322 aa  226  5.0000000000000005e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.205475 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.68 
 
 
333 aa  226  5.0000000000000005e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.06 
 
 
338 aa  225  6e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
318 aa  225  9e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0206  oligopeptide ABC transporter, permease  36.25 
 
 
318 aa  225  1e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 
319 aa  224  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0350  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  37.42 
 
 
310 aa  224  1e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  36.5 
 
 
336 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4337  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.22 
 
 
319 aa  225  1e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.692549  normal  0.354058 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1583  alkaline phosphatase  36.64 
 
 
335 aa  224  1e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.354079  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0267  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.62 
 
 
318 aa  224  2e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4779  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.59 
 
 
319 aa  224  2e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000244558 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.44 
 
 
334 aa  224  2e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  35.91 
 
 
336 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
309 aa  223  3e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  36.64 
 
 
335 aa  223  4e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1752  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.73 
 
 
306 aa  223  4e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0655426  normal  0.0792402 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.92 
 
 
319 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.19 
 
 
320 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.663455  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  37.24 
 
 
335 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
335 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  35.61 
 
 
336 aa  222  6e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  37.09 
 
 
336 aa  222  6e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.87 
 
 
315 aa  222  6e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000049983  normal  0.670386 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  35.91 
 
 
336 aa  222  8e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  35.91 
 
 
336 aa  222  8e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0210  oligopeptide ABC transporter, permease  36.25 
 
 
318 aa  221  9e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0232  oligopeptide ABC transporter permease protein  36.25 
 
 
318 aa  221  9e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0249  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.25 
 
 
318 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
313 aa  221  9.999999999999999e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  35.8 
 
 
337 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.24 
 
 
340 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00450006  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.2 
 
 
336 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.62 
 
 
318 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.2 
 
 
336 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.05 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.022065  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0330  nickel-transporting ATPase  36.04 
 
 
334 aa  221  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0802428 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  33.93 
 
 
336 aa  221  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  35.91 
 
 
336 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  36.2 
 
 
336 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.44 
 
 
321 aa  219  3e-56  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0231928  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6954  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  37.03 
 
 
319 aa  219  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 
308 aa  220  3e-56  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  35.01 
 
 
336 aa  220  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  38.92 
 
 
313 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.31 
 
 
336 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>