More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1040 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1040  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
325 aa  630  1e-179  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.314534  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  98.46 
 
 
325 aa  621  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.15877 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  96.91 
 
 
325 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0648374  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4328  putative ABC transporter, permease protein  90.15 
 
 
325 aa  580  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2013  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  75.23 
 
 
326 aa  476  1e-133  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.49 
 
 
327 aa  347  1e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6558  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.56 
 
 
329 aa  330  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.487916  normal  0.350225 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.56 
 
 
329 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.637959  normal  0.0297418 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3967  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.7 
 
 
333 aa  322  4e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.75 
 
 
323 aa  310  1e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0785  peptide ABC transporter, permease protein  50.15 
 
 
332 aa  310  2e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.334762  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.68 
 
 
322 aa  308  1.0000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3137  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0736  peptide ABC transporter, permease protein  49.69 
 
 
327 aa  306  2.0000000000000002e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1650  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.01 
 
 
323 aa  302  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.950445 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7557  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  49.22 
 
 
323 aa  299  5e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.09 
 
 
333 aa  296  5e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.17 
 
 
340 aa  296  5e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00450006  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
328 aa  293  3e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.892452  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.76 
 
 
323 aa  293  3e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.15 
 
 
328 aa  291  1e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0141  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  50.78 
 
 
326 aa  289  4e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7182  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  51.88 
 
 
329 aa  288  1e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.83 
 
 
324 aa  287  2e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.366309  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.99 
 
 
338 aa  286  2.9999999999999996e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1564  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  51.59 
 
 
326 aa  285  9e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.8 
 
 
340 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.05 
 
 
323 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.372701  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.19 
 
 
336 aa  283  2.0000000000000002e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.144815  normal  0.108193 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.16 
 
 
323 aa  282  6.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259028  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3132  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.47 
 
 
340 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.46 
 
 
340 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.17 
 
 
327 aa  279  4e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.02 
 
 
322 aa  278  6e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0636999  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.49 
 
 
323 aa  276  3e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181861  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.23 
 
 
328 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3081  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.52 
 
 
322 aa  269  4e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.957751  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5137  putative peptide ABC transporter protein, permease protein  49.68 
 
 
339 aa  268  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0417349 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.15 
 
 
326 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
326 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.109225  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1978  putative ABC transporter  49.2 
 
 
321 aa  260  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.878457  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2568  ABC transporter permease  45.61 
 
 
328 aa  247  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.577987  normal  0.256762 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.67 
 
 
325 aa  243  3e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26218  normal  0.0546823 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4861  putative ABC transporter, permease protein  48.12 
 
 
328 aa  242  5e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373975  normal  0.482234 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0562  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.57 
 
 
322 aa  236  4e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.618484  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
315 aa  223  3e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1925  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.32 
 
 
306 aa  222  6e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.730701  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.21 
 
 
306 aa  222  8e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.856308  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.75 
 
 
306 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  41.64 
 
 
336 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
306 aa  218  7e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.34 
 
 
336 aa  219  7e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.07 
 
 
306 aa  218  7.999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  41.34 
 
 
336 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1114  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  41.25 
 
 
327 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  41.03 
 
 
336 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  41.34 
 
 
336 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  42.2 
 
 
336 aa  218  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
306 aa  218  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  42.2 
 
 
336 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.75 
 
 
306 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17239  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.75 
 
 
306 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191651  hitchhiker  0.00741174 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  39.94 
 
 
306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  41.38 
 
 
307 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  42.2 
 
 
336 aa  216  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.07 
 
 
306 aa  216  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.913097  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0976  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  40.75 
 
 
306 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00545821  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1357  putative glutathione ABC transporter, permease protein  40.75 
 
 
306 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0240  putative glutathione ABC transporter, permease protein  40.75 
 
 
306 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0400  putative glutathione ABC transporter, permease protein  40.75 
 
 
306 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1766  putative glutathione ABC transporter, permease protein  40.75 
 
 
306 aa  215  7e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0323  ABC transporter permease protein  40.75 
 
 
306 aa  215  7e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.75 
 
 
313 aa  215  7e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1851  ABC transport permease  40.75 
 
 
306 aa  215  7e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  40.75 
 
 
306 aa  215  8e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.75 
 
 
306 aa  215  8e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40.75 
 
 
306 aa  215  8e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  40.75 
 
 
306 aa  215  8e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
306 aa  215  8e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.221048  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40.75 
 
 
306 aa  215  8e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40.75 
 
 
306 aa  215  8e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  40.75 
 
 
306 aa  215  8e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.34 
 
 
334 aa  215  8e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.75 
 
 
306 aa  215  8e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
306 aa  215  8e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.137292 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
336 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
336 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  39.31 
 
 
326 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
306 aa  215  9.999999999999999e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.75 
 
 
326 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.75386 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41 
 
 
313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.18227  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.07 
 
 
306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1866  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  40.75 
 
 
306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555152  normal  0.486498 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 
306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428379  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0351  peptide ABC transporter, permease protein  42.36 
 
 
319 aa  213  2.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.36 
 
 
333 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  37.38 
 
 
314 aa  212  4.9999999999999996e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>