More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5655 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
328 aa  635    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7182  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  77.88 
 
 
329 aa  473  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4861  putative ABC transporter, permease protein  73.78 
 
 
328 aa  436  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373975  normal  0.482234 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.63 
 
 
328 aa  434  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.892452  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.02 
 
 
328 aa  409  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1564  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  67.6 
 
 
326 aa  409  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0141  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  66.67 
 
 
326 aa  409  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.68 
 
 
322 aa  350  2e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3137  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7557  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  51.13 
 
 
323 aa  309  4e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2013  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50 
 
 
326 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.52 
 
 
323 aa  306  4.0000000000000004e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.83 
 
 
323 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.23 
 
 
324 aa  303  4.0000000000000003e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.366309  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.74 
 
 
340 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1650  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.48 
 
 
323 aa  295  8e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.950445 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4328  putative ABC transporter, permease protein  49.38 
 
 
325 aa  292  4e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.23 
 
 
325 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.15877 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.99 
 
 
340 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.31 
 
 
323 aa  286  4e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259028  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.54 
 
 
325 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0648374  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.25 
 
 
340 aa  282  5.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00450006  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3132  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.45 
 
 
340 aa  282  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.17 
 
 
333 aa  281  7.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1040  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.23 
 
 
325 aa  281  9e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.314534  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.01 
 
 
327 aa  279  6e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.12 
 
 
336 aa  277  2e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.144815  normal  0.108193 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51 
 
 
323 aa  276  3e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.372701  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.22 
 
 
322 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0636999  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.32 
 
 
329 aa  268  7e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.637959  normal  0.0297418 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0736  peptide ABC transporter, permease protein  45.34 
 
 
327 aa  268  7e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5137  putative peptide ABC transporter protein, permease protein  49.68 
 
 
339 aa  268  8.999999999999999e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0417349 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0785  peptide ABC transporter, permease protein  45.48 
 
 
332 aa  268  1e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.334762  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.83 
 
 
323 aa  266  2.9999999999999995e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181861  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3967  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.69 
 
 
333 aa  266  4e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2568  ABC transporter permease  49.84 
 
 
328 aa  263  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.577987  normal  0.256762 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6558  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47 
 
 
329 aa  263  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.487916  normal  0.350225 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.62 
 
 
338 aa  262  4.999999999999999e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1978  putative ABC transporter  47.62 
 
 
321 aa  258  7e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.878457  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.18 
 
 
326 aa  258  8e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.2 
 
 
326 aa  256  5e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.109225  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3081  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.48 
 
 
322 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.957751  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0562  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 
322 aa  253  3e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.618484  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.53 
 
 
327 aa  249  3e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.27 
 
 
325 aa  239  4e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26218  normal  0.0546823 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.42 
 
 
334 aa  238  1e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  40.37 
 
 
333 aa  232  7.000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.12 
 
 
334 aa  231  1e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.2 
 
 
333 aa  229  4e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.98 
 
 
306 aa  227  2e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.26 
 
 
320 aa  225  7e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000183272  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5290  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  37.97 
 
 
307 aa  222  7e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.728282  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
321 aa  222  7e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  37.03 
 
 
326 aa  221  9e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
312 aa  222  9e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  38.67 
 
 
339 aa  220  1.9999999999999999e-56  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  41.18 
 
 
336 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.38 
 
 
309 aa  219  5e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.66 
 
 
309 aa  219  5e-56  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.37 
 
 
334 aa  219  7e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.12 
 
 
311 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.627946 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  38.83 
 
 
314 aa  218  2e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.09 
 
 
333 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16520  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  41.51 
 
 
321 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.488375  normal  0.713064 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.85 
 
 
325 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.169122  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
306 aa  216  4e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1498  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.62 
 
 
308 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.241637  normal  0.263961 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6675  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.09 
 
 
306 aa  215  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.432582  normal  0.593084 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 
306 aa  215  9e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.4 
 
 
307 aa  214  9.999999999999999e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.089816 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.17 
 
 
324 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
306 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.819891  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0206  oligopeptide ABC transporter, permease  36.42 
 
 
318 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  38.66 
 
 
306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0351  peptide ABC transporter, permease protein  40.57 
 
 
319 aa  214  1.9999999999999998e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.68 
 
 
306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1114  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  41.12 
 
 
327 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.63 
 
 
334 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.33 
 
 
322 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0476049  normal  0.20897 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.33 
 
 
322 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.33 
 
 
322 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.414511 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.92 
 
 
321 aa  213  3.9999999999999995e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.68 
 
 
306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  40.25 
 
 
336 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.23 
 
 
320 aa  213  4.9999999999999996e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
306 aa  213  4.9999999999999996e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
332 aa  213  4.9999999999999996e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1001  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.56 
 
 
316 aa  212  5.999999999999999e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0808  oligopeptide ABC transporter, permease  35.94 
 
 
316 aa  212  5.999999999999999e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.282065  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.02 
 
 
326 aa  212  5.999999999999999e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.75386 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0323  ABC transporter permease protein  41.14 
 
 
306 aa  212  7e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
306 aa  212  7e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1357  putative glutathione ABC transporter, permease protein  41.14 
 
 
306 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0976  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  41.14 
 
 
306 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00545821  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0240  putative glutathione ABC transporter, permease protein  41.14 
 
 
306 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0400  putative glutathione ABC transporter, permease protein  41.14 
 
 
306 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5121  putative ABC transporter permease protein  41.22 
 
 
298 aa  212  7.999999999999999e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31259  normal  0.407731 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.12 
 
 
306 aa  212  9e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.532863  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0267  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.06 
 
 
318 aa  211  9e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.38 
 
 
306 aa  212  9e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.9 
 
 
313 aa  211  1e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>