More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2013 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2013  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
326 aa  632  1e-180  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.92 
 
 
325 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.15877 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4328  putative ABC transporter, permease protein  72.22 
 
 
325 aa  459  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1040  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  75.23 
 
 
325 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.314534  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.99 
 
 
325 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0648374  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.73 
 
 
327 aa  373  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6558  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.8 
 
 
329 aa  325  9e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.487916  normal  0.350225 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.48 
 
 
329 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.637959  normal  0.0297418 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3967  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.1 
 
 
333 aa  316  3e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.78 
 
 
323 aa  316  3e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0785  peptide ABC transporter, permease protein  50.63 
 
 
332 aa  314  9.999999999999999e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.334762  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0736  peptide ABC transporter, permease protein  50.31 
 
 
327 aa  314  9.999999999999999e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1650  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.83 
 
 
323 aa  305  6e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.950445 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.95 
 
 
323 aa  305  8.000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.89 
 
 
322 aa  305  1.0000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3137  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.65 
 
 
333 aa  301  7.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.74 
 
 
324 aa  298  1e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.366309  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
336 aa  296  5e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.144815  normal  0.108193 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.46 
 
 
340 aa  293  4e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00450006  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.47 
 
 
323 aa  291  9e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259028  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7557  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  47.95 
 
 
323 aa  291  9e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7182  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  51.3 
 
 
329 aa  286  2e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.39 
 
 
340 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.51 
 
 
323 aa  287  2e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.372701  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.37 
 
 
328 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
328 aa  286  2.9999999999999996e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0141  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  49.68 
 
 
326 aa  285  7e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.06 
 
 
328 aa  283  2.0000000000000002e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.892452  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.9 
 
 
322 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0636999  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3132  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.39 
 
 
340 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1564  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  49.52 
 
 
326 aa  280  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.39 
 
 
340 aa  279  5e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.5 
 
 
338 aa  276  3e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3081  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.9 
 
 
322 aa  269  5e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.957751  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5137  putative peptide ABC transporter protein, permease protein  48.25 
 
 
339 aa  259  3e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0417349 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1978  putative ABC transporter  47.47 
 
 
321 aa  259  3e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.878457  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.97 
 
 
326 aa  258  7e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.64 
 
 
327 aa  258  1e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.61 
 
 
323 aa  257  2e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181861  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4861  putative ABC transporter, permease protein  47.8 
 
 
328 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373975  normal  0.482234 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.62 
 
 
326 aa  252  6e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.109225  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0562  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.75 
 
 
322 aa  247  2e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.618484  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2568  ABC transporter permease  44.95 
 
 
328 aa  246  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.577987  normal  0.256762 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.82 
 
 
325 aa  238  8e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26218  normal  0.0546823 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.93 
 
 
325 aa  238  9e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.75 
 
 
326 aa  228  8e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.75386 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  40 
 
 
314 aa  226  3e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
326 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.25 
 
 
324 aa  225  9e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  42.63 
 
 
306 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.63 
 
 
306 aa  224  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.63 
 
 
306 aa  224  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  42.63 
 
 
306 aa  224  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  42.63 
 
 
306 aa  224  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  42.63 
 
 
306 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  42.63 
 
 
306 aa  224  2e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  42.63 
 
 
306 aa  224  2e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  38.89 
 
 
326 aa  223  4e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.56 
 
 
315 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  42.63 
 
 
306 aa  222  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.24 
 
 
333 aa  222  6e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  42.63 
 
 
306 aa  222  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.61 
 
 
334 aa  220  1.9999999999999999e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  42.32 
 
 
306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  42.32 
 
 
306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.27 
 
 
321 aa  219  5e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.43 
 
 
321 aa  219  5e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
311 aa  219  5e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  42.01 
 
 
306 aa  219  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  42.01 
 
 
306 aa  219  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.01 
 
 
306 aa  219  6e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.49 
 
 
307 aa  218  1e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.089816 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
332 aa  218  1e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0394  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  36.28 
 
 
320 aa  217  2e-55  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3728  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.51 
 
 
319 aa  218  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  40.99 
 
 
306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.01 
 
 
306 aa  216  5.9999999999999996e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
306 aa  215  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1869  ABC-type transport system protein  38.99 
 
 
324 aa  214  9.999999999999999e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.44 
 
 
313 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.12 
 
 
306 aa  215  9.999999999999999e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 
321 aa  215  9.999999999999999e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  41.96 
 
 
307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4779  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
319 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000244558 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.88 
 
 
324 aa  213  2.9999999999999995e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.92 
 
 
325 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.169122  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0351  peptide ABC transporter, permease protein  40.25 
 
 
319 aa  213  2.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5642  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  40 
 
 
316 aa  212  5.999999999999999e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0251003  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.07 
 
 
306 aa  212  7e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.07 
 
 
306 aa  212  7e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.69 
 
 
306 aa  211  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  39.18 
 
 
315 aa  211  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
321 aa  211  1e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.793124  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.06 
 
 
311 aa  211  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.166982  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4337  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.4 
 
 
319 aa  211  1e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.692549  normal  0.354058 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
331 aa  211  2e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
306 aa  211  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.856308  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.07 
 
 
307 aa  210  3e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
306 aa  210  3e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.56 
 
 
344 aa  210  3e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>