More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4284 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 323 aa  624  1e-178  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.5 
 
 		 338 aa  393  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  59.53 
 
 		 326 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.31 
 
 		 327 aa  365  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.14 
 
 		 326 aa  358  5e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.109225  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.81 
 
 		 325 aa  343  2e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26218  normal  0.0546823 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.47 
 
 		 322 aa  297  2e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.88 
 
 		 340 aa  288  6e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.15 
 
 		 340 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3132  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.53 
 
 		 340 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.35 
 
 		 340 aa  279  5e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00450006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.16 
 
 		 323 aa  279  6e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4328  putative ABC transporter, permease protein  47.13 
 
 		 325 aa  278  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2568  ABC transporter permease  47.87 
 
 		 328 aa  277  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.577987  normal  0.256762 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.2 
 
 		 333 aa  276  2e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.04 
 
 		 323 aa  276  5e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.52 
 
 		 325 aa  275  5e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.15877 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.81 
 
 		 325 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0648374  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1040  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.14 
 
 		 325 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.314534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1650  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.46 
 
 		 323 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.950445 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7557  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  46.89 
 
 		 323 aa  271  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.13 
 
 		 324 aa  269  5e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.366309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.46 
 
 		 336 aa  265  1e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.144815  normal  0.108193 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.68 
 
 		 327 aa  264  2e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2013  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.9 
 
 		 326 aa  261  1e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.98 
 
 		 334 aa  259  5.0000000000000005e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.53 
 
 		 328 aa  258  7e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.96 
 
 		 323 aa  256  3e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.26 
 
 		 328 aa  251  2e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.892452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.17 
 
 		 323 aa  249  5e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.372701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.61 
 
 		 322 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0636999  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7182  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  46.56 
 
 		 329 aa  244  9.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3081  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.26 
 
 		 322 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.957751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.26 
 
 		 314 aa  242  7e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.84 
 
 		 334 aa  241  9e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0141  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  44.03 
 
 		 326 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.89 
 
 		 328 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  40.95 
 
 		 339 aa  239  5e-62  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.12 
 
 		 312 aa  239  5.999999999999999e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1564  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  44.16 
 
 		 326 aa  238  8e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5137  putative peptide ABC transporter protein, permease protein  44.87 
 
 		 339 aa  238  9e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0417349 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.94 
 
 		 336 aa  238  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19900  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  46.18 
 
 		 348 aa  238  1e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00317245  hitchhiker  0.000399681 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.56 
 
 		 334 aa  238  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.95 
 
 		 309 aa  236  4e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  40.65 
 
 		 336 aa  235  8e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.04 
 
 		 334 aa  235  9e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.186843  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 		 306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0562  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.94 
 
 		 322 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.618484  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1620  peptide ABC transporter, permease protein  41.43 
 
 		 321 aa  233  3e-60  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.911317 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2083  ABC transporter, permease  45.4 
 
 		 354 aa  233  3e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.899813  normal  0.534674 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1691  alkaline phosphatase  41.25 
 
 		 336 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.218764 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 		 321 aa  232  7.000000000000001e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.54 
 
 		 336 aa  231  1e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.95 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  40.76 
 
 		 337 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.84 
 
 		 336 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.84 
 
 		 336 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.81 
 
 		 333 aa  230  3e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  41.84 
 
 		 336 aa  230  3e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  42.86 
 
 		 306 aa  229  4e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  42.86 
 
 		 306 aa  229  4e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.2 
 
 		 306 aa  229  4e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  41.54 
 
 		 336 aa  229  5e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  43.15 
 
 		 306 aa  229  6e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.49 
 
 		 313 aa  229  6e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  43.15 
 
 		 306 aa  229  6e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.88 
 
 		 335 aa  229  6e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  41.25 
 
 		 336 aa  228  8e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3967  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.09 
 
 		 333 aa  228  9e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4861  putative ABC transporter, permease protein  47.65 
 
 		 328 aa  228  9e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373975  normal  0.482234 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.62 
 
 		 325 aa  228  1e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  41.54 
 
 		 336 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.84 
 
 		 336 aa  228  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 		 329 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.637959  normal  0.0297418 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.84 
 
 		 334 aa  227  2e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  41.37 
 
 		 339 aa  227  2e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.76 
 
 		 313 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.932563 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  40.65 
 
 		 351 aa  226  3e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  40.95 
 
 		 336 aa  227  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.75 
 
 		 313 aa  226  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  40.18 
 
 		 339 aa  226  4e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.69 
 
 		 321 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  39.88 
 
 		 339 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  40.95 
 
 		 336 aa  226  6e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.56 
 
 		 319 aa  225  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.540957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5371  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.33 
 
 		 355 aa  225  7e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.543092 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0351  peptide ABC transporter, permease protein  40.31 
 
 		 319 aa  225  7e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0408  peptide ABC transporter, permease protein  40.31 
 
 		 319 aa  225  8e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.599742  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.32 
 
 		 313 aa  225  8e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.38 
 
 		 320 aa  225  8e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000183272  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  39.56 
 
 		 326 aa  224  1e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1766  peptide ABC transporter, permease protein  41.32 
 
 		 321 aa  225  1e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.147265  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.82 
 
 		 313 aa  224  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 		 308 aa  224  1e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.452226  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  40.48 
 
 		 339 aa  224  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  40.06 
 
 		 339 aa  224  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6558  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 		 329 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.487916  normal  0.350225 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  40.06 
 
 		 339 aa  224  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 		 313 aa  224  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.18227  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>