More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3104 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_1067  crotonyl-CoA reductase  75.31 
 
 		 424 aa  667    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.72991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1621  crotonyl-CoA reductase  76.98 
 
 		 421 aa  682    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000162503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2853  alcohol dehydrogenase  83.33 
 
 		 430 aa  765    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0039  crotonyl-CoA reductase  77.02 
 
 		 431 aa  693    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.392309  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0288  crotonyl-CoA reductase  72.77 
 
 		 432 aa  676    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.901794 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2620  crotonyl-CoA reductase  85.21 
 
 		 430 aa  787    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0037  crotonyl-CoA reductase  76.77 
 
 		 431 aa  690    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00205217 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0960  alcohol dehydrogenase  85.45 
 
 		 430 aa  789    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1195  crotonyl-CoA reductase  75.6 
 
 		 427 aa  682    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.191625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3063  crotonyl-CoA reductase  77.53 
 
 		 427 aa  681    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3009  crotonyl-CoA reductase  86.38 
 
 		 430 aa  791    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.503286 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1105  crotonyl-CoA reductase  74.63 
 
 		 428 aa  665    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0793  crotonyl-CoA reductase  87.79 
 
 		 435 aa  795    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0364  crotonyl-CoA reductase  73 
 
 		 432 aa  677    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.583341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3104  crotonyl-CoA reductase  100 
 
 		 426 aa  895    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.44731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0332  crotonyl-CoA reductase  73 
 
 		 432 aa  679    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.214387 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3873  crotonyl-CoA reductase  86.38 
 
 		 429 aa  788    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6221  crotonyl-CoA reductase  67.09 
 
 		 425 aa  567  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.271241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5660  crotonyl-CoA reductase  73.42 
 
 		 392 aa  378  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4182  crotonyl-CoA reductase  49.62 
 
 		 418 aa  369  1e-101  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.90036 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0488  crotonyl-CoA reductase  44.63 
 
 		 414 aa  365  1e-100  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.999387  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4689  crotonyl-CoA reductase  44.39 
 
 		 401 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0105  crotonyl-CoA reductase  39.79 
 
 		 464 aa  298  1e-79  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3612  crotonyl-CoA reductase  38.57 
 
 		 468 aa  296  4e-79  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.66002 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4138  crotonyl-CoA reductase  41.71 
 
 		 443 aa  294  2e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.723867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3994  crotonyl-CoA reductase  38.55 
 
 		 451 aa  293  5e-78  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00096835 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4114  crotonyl-CoA reductase  40.29 
 
 		 443 aa  290  4e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.136176  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3014  crotonyl-CoA reductase  40.1 
 
 		 451 aa  284  2.0000000000000002e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0999  crotonyl-CoA reductase  37.13 
 
 		 445 aa  283  4.0000000000000003e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1795  crotonyl-CoA reductase  39.64 
 
 		 450 aa  282  7.000000000000001e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.692745  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3690  crotonyl-CoA reductase  38.19 
 
 		 449 aa  281  1e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.789983  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1252  crotonyl-CoA reductase  40.1 
 
 		 455 aa  279  7e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1041  crotonyl-CoA reductase  40.31 
 
 		 449 aa  277  3e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.135498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4051  crotonyl-CoA reductase  39.54 
 
 		 449 aa  276  6e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.571827  normal  0.173638 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3474  crotonyl-CoA reductase  38.5 
 
 		 441 aa  268  1e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.195644  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4755  crotonyl-CoA reductase  38.31 
 
 		 436 aa  252  1e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8814  crotonyl-CoA reductase  37.2 
 
 		 436 aa  248  1e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.710207  normal  0.156585 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1018  crotonyl-CoA reductase  36.39 
 
 		 460 aa  242  9e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0121802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1332  crotonyl-CoA reductase  36 
 
 		 441 aa  226  8e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.382584  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3664  crotonyl-CoA reductase  39.74 
 
 		 451 aa  212  1e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3394  AMP-dependent synthetase and ligase  33.23 
 
 		 1823 aa  162  8.000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2722  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  30.99 
 
 		 346 aa  149  1.0000000000000001e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0765  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  30.81 
 
 		 341 aa  145  9e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1815  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  30 
 
 		 350 aa  144  3e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.37101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3202  AMP-dependent synthetase and ligase  32.86 
 
 		 1912 aa  140  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.213364 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1565  alcohol dehydrogenase  27.61 
 
 		 361 aa  140  4.999999999999999e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2930  AMP-dependent synthetase and ligase  31.43 
 
 		 1912 aa  139  7.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0842557 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1622  alcohol dehydrogenase  28.33 
 
 		 358 aa  139  1e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2107  zinc-binding alcohol dehydrogenase  30.42 
 
 		 340 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.622443 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2357  putative zinc-containing alcohol dehydrogenase  28.03 
 
 		 337 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.400276 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3357  alcohol dehydrogenase  30.69 
 
 		 340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0469865 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2932  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  29.72 
 
 		 342 aa  130  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2229  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  30.84 
 
 		 340 aa  130  6e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3084  alcohol dehydrogenase  30.77 
 
 		 337 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2086  zinc-binding alcohol dehydrogenase  29.64 
 
 		 340 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1113  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  29.45 
 
 		 341 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3027  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  29.72 
 
 		 342 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2843  zinc-binding alcohol dehydrogenase  29.44 
 
 		 342 aa  127  5e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.991277  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2774  alcohol dehydrogenase  30.42 
 
 		 342 aa  126  8.000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2645  zinc-binding alcohol dehydrogenase  28.37 
 
 		 339 aa  125  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.165067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5822  alcohol dehydrogenase  27.35 
 
 		 338 aa  125  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.274342  hitchhiker  0.00763949 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1258  alcohol dehydrogenase  28.82 
 
 		 340 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.184329 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0338  alcohol dehydrogenase  30.59 
 
 		 344 aa  117  5e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0222833  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2974  zinc-binding alcohol dehydrogenase  29.81 
 
 		 337 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.133874  normal  0.173766 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2871  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  28.06 
 
 		 342 aa  115  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2355  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  28.24 
 
 		 342 aa  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.354268  normal  0.0256633 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2113  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  28.24 
 
 		 342 aa  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.035771  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2036  NADPH:quinone reductase  27.38 
 
 		 342 aa  112  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.2481  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4459  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  29.43 
 
 		 338 aa  112  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0376434 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3067  alcohol dehydrogenase  26.9 
 
 		 340 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0849816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2374  alcohol dehydrogenase  28.32 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1862  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  26.83 
 
 		 340 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159614  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1148  alcohol dehydrogenase  25.6 
 
 		 339 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.712603 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1250  zinc-binding alcohol dehydrogenase  25.28 
 
 		 339 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3807  alcohol dehydrogenase  27.79 
 
 		 331 aa  108  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.604259 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1737  alcohol dehydrogenase  27.38 
 
 		 342 aa  107  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.297845 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2779  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain-containing protein  26.78 
 
 		 342 aa  107  5e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.322077  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_004310  BR0852  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  27.75 
 
 		 342 aa  107  5e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0618  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  26.11 
 
 		 342 aa  106  7e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00991906  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2743  alcohol dehydrogenase  27.16 
 
 		 347 aa  106  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000100489 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0844  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  27.46 
 
 		 342 aa  105  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5155  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain-containing protein  28.27 
 
 		 321 aa  104  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1402  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  33.33 
 
 		 352 aa  104  3e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.126612  normal  0.52668 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2518  putative zinc-containing alcohol dehydrogenase  26.15 
 
 		 327 aa  104  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.647775  normal  0.113 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4029  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  27.87 
 
 		 322 aa  103  7e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.687659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1317  zinc-binding alcohol dehydrogenase  27.46 
 
 		 342 aa  102  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2677  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  24.15 
 
 		 329 aa  101  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.231466  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3182  alcohol dehydrogenase  28.24 
 
 		 339 aa  101  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3273  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  25.83 
 
 		 332 aa  100  4e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8289  putative oxidoreductase  28.05 
 
 		 320 aa  100  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.055807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5054  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  26.36 
 
 		 340 aa  100  5e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.436848  normal  0.803316 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2412  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  27.46 
 
 		 341 aa  100  5e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2636  alcohol dehydrogenase  25.51 
 
 		 329 aa  100  7e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000114125 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2062  zinc-binding alcohol dehydrogenase  25.73 
 
 		 341 aa  99.8  7e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.236604  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0305  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  26.89 
 
 		 336 aa  99.8  8e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2893  alcohol dehydrogenase zinc-binding domain-containing protein  28.23 
 
 		 319 aa  99.8  9e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.342375  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3686  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  27.4 
 
 		 359 aa  99  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0985962 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2633  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  26.18 
 
 		 367 aa  99  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000713978  hitchhiker  0.00104342 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2390  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  25.07 
 
 		 329 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187288  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2715  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  25.35 
 
 		 329 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.8732  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>