72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3087 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3087  hypothetical protein  100 
 
 		 477 aa  966    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3000  hypothetical protein  54.1 
 
 		 526 aa  309  6.999999999999999e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.37885 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0353  hypothetical protein  38.73 
 
 		 530 aa  195  1e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0232  hypothetical protein  48.11 
 
 		 356 aa  159  7e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0234  hypothetical protein  47.54 
 
 		 354 aa  148  3e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2490  hemolysin-type calcium-binding protein  34.62 
 
 		 833 aa  137  5e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0747804  normal  0.0246403 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0133  putative type I secretion target repeat protein  41.88 
 
 		 319 aa  135  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0294  hemolysin-type calcium-binding region  38.57 
 
 		 589 aa  133  7.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1453  hypothetical protein  36.02 
 
 		 387 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.445258 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1272  hypothetical protein  39.26 
 
 		 351 aa  125  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.637281 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0911  hypothetical protein  36.97 
 
 		 232 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0645348 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0010  hypothetical protein  39.15 
 
 		 425 aa  124  4e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2930  hypothetical protein  42.35 
 
 		 207 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505078  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1836  hypothetical protein  40.31 
 
 		 369 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2465  hemolysin-type calcium-binding region  40.44 
 
 		 561 aa  121  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.798132  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3785  hemolysin-type calcium-binding region  35.23 
 
 		 792 aa  120  6e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0346171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1574  hypothetical protein  41.76 
 
 		 207 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.010056  normal  0.553816 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1505  hypothetical protein  34.78 
 
 		 398 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0183734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2108  hypothetical protein  37.31 
 
 		 353 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1434  type I secretion target repeat-containing protein  38.34 
 
 		 220 aa  118  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.27327  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0807  hypothetical protein  40.83 
 
 		 342 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.219261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3681  hemolysin-type calcium-binding protein  33.01 
 
 		 1462 aa  111  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3159  hypothetical protein  39.89 
 
 		 322 aa  110  6e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0953  hypothetical protein  35.08 
 
 		 364 aa  109  9.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.682232 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1206  hypothetical protein  41.3 
 
 		 332 aa  98.2  3e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1066  hemolysin-type calcium-binding protein  32.84 
 
 		 950 aa  94  5e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0187032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1804  hypothetical protein  39.58 
 
 		 338 aa  93.6  7e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.269337  normal  0.0111784 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0780  hypothetical protein  34.01 
 
 		 340 aa  90.9  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3041  hemolysin-type calcium-binding region  26.34 
 
 		 1043 aa  81.3  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4207  triple helix repeat-containing collagen  36.84 
 
 		 346 aa  81.3  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.532408 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1488  hemolysin-type calcium-binding region  30.35 
 
 		 854 aa  80.1  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4724  collagen triple helix repeat  32.26 
 
 		 342 aa  79.7  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.958299  normal  0.038222 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2282  hypothetical protein  30.53 
 
 		 452 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3516  hypothetical protein  35.76 
 
 		 346 aa  78.6  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0264  hypothetical protein  35.48 
 
 		 352 aa  77.4  0.0000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2690  hemolysin-type calcium-binding region  26.34 
 
 		 767 aa  75.9  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.969151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3940  hypothetical protein  32.42 
 
 		 273 aa  76.6  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2933  hypothetical protein  36.81 
 
 		 469 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0258334 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5751  hypothetical protein  35.71 
 
 		 363 aa  72.4  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.357131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5397  hypothetical protein  38.24 
 
 		 465 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4889  hypothetical protein  28.42 
 
 		 447 aa  71.6  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2062  hypothetical protein  33.33 
 
 		 418 aa  71.6  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4881  Collagen triple helix repeat protein  37.06 
 
 		 743 aa  70.1  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3178  hypothetical protein  31.51 
 
 		 292 aa  69.7  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.187373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1166  triple helix repeat-containing collagen  39.01 
 
 		 1050 aa  69.3  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.000520628  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1179  hypothetical protein  37.06 
 
 		 343 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.983645  normal  0.0540579 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1763  hypothetical protein  35.42 
 
 		 516 aa  68.9  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.85755  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0772  hypothetical protein  34.97 
 
 		 266 aa  67.8  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.585439  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0722  hypothetical protein  34.97 
 
 		 266 aa  67.8  0.0000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2113  hypothetical protein  31.15 
 
 		 493 aa  67.4  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  0.126619 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6773  hypothetical protein  36.05 
 
 		 308 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1987  hypothetical protein  33.57 
 
 		 499 aa  64.3  0.000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0641  hypothetical protein  33.1 
 
 		 594 aa  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00375147  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0616  hypothetical protein  26.26 
 
 		 255 aa  63.9  0.000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6774  peptidase metallopeptidase  33.53 
 
 		 641 aa  63.5  0.000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.486131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0663  hypothetical protein  36.49 
 
 		 1503 aa  62  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.994599  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2619  hypothetical protein  33.33 
 
 		 460 aa  61.2  0.00000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0605452  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3487  triple helix repeat-containing collagen  30.89 
 
 		 848 aa  60.1  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.18885 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1563  hypothetical protein  28.68 
 
 		 230 aa  58.9  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.170983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2422  hypothetical protein  31.39 
 
 		 283 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.756462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0306  hypothetical protein  28.06 
 
 		 644 aa  55.8  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.919182  decreased coverage  0.00578351 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0421  hypothetical protein  33.1 
 
 		 738 aa  53.5  0.000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5071  triple helix repeat-containing collagen  33.57 
 
 		 465 aa  53.5  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0278582  normal  0.141411 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2968  hypothetical protein  30.67 
 
 		 197 aa  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0352  hypothetical protein  27.27 
 
 		 348 aa  52.4  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0477  outer membrane adhesin like proteiin  31.39 
 
 		 16322 aa  49.3  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0563  type 1 secretion C-terminal target domain protein  30.43 
 
 		 1706 aa  48.9  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0436  putative outer membrane adhesin like proteiin  38.82 
 
 		 5787 aa  47.8  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1518  hypothetical protein  34.85 
 
 		 202 aa  47.8  0.0005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.785989  normal  0.167707 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4138  hypothetical protein  29.41 
 
 		 3182 aa  44.3  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1025  hypothetical protein  30.77 
 
 		 182 aa  43.5  0.009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0105  VCBS  34.95 
 
 		 1597 aa  43.1  0.01  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00289742  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>