More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3066 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3081  efflux transporter  64.71 
 
 		 1135 aa  1353    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00863053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3898  acriflavin resistance protein  64.7 
 
 		 1131 aa  1390    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.377402 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3066  acriflavin resistance protein  100 
 
 		 1137 aa  2257    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0308  acriflavin resistance protein  36.48 
 
 		 1050 aa  604  1.0000000000000001e-171  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.514616  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1210  acriflavin resistance protein  36.25 
 
 		 1074 aa  595  1e-168  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.154202  normal  0.271752 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1568  acriflavin resistance protein  36.48 
 
 		 1043 aa  583  1.0000000000000001e-165  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.888167  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2936  acriflavin resistance protein  35.12 
 
 		 1053 aa  570  1e-161  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1733  acriflavin resistance protein  37.02 
 
 		 1064 aa  565  1.0000000000000001e-159  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00373856  normal  0.683525 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0243  acriflavin resistance protein  33.24 
 
 		 1054 aa  547  1e-154  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0292102  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0258  acriflavin resistance protein  34.48 
 
 		 1040 aa  549  1e-154  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.359322  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2362  acriflavin resistance protein  31.51 
 
 		 1032 aa  454  1.0000000000000001e-126  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000980319  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1975  acriflavin resistance protein  29.46 
 
 		 1062 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.240252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3677  acriflavin resistance protein  29.86 
 
 		 1053 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4648  AcrB/AcrD/AcrF family protein  31.16 
 
 		 1041 aa  436  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1563  acriflavin resistance protein  28.75 
 
 		 1041 aa  435  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3188  acriflavin resistance protein  29.03 
 
 		 1033 aa  427  1e-118  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.53306  normal  0.944442 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0885  acriflavin resistance protein  27.85 
 
 		 1063 aa  426  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0800  acriflavin resistance protein  28.26 
 
 		 1048 aa  421  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6348  acriflavin resistance protein  29.73 
 
 		 1121 aa  422  1e-116  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.644425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01000  RND family efflux transporter  27.83 
 
 		 1044 aa  421  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.703446  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3529  acriflavin resistance protein  27.31 
 
 		 1063 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0838  acriflavin resistance protein  27.14 
 
 		 1063 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.64825  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3454  acriflavin resistance protein  27.31 
 
 		 1063 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2744  AcrB/AcrD/AcrF family protein  28.69 
 
 		 1067 aa  422  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0945  AcrB/AcrD/AcrF family protein  28.19 
 
 		 1067 aa  419  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3597  acriflavin resistance protein  28.56 
 
 		 1068 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.335598  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3648  acriflavin resistance protein  27.21 
 
 		 1063 aa  419  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0380  integral membrane protein, AcrB/AcrD/AcrF family  29.78 
 
 		 1034 aa  414  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0669  AcrB/AcrD/AcrF family cation efflux protein  30.36 
 
 		 1052 aa  416  1e-114  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2269  RND family efflux transporter  29.96 
 
 		 1039 aa  415  1e-114  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0658  acriflavin resistance protein  27.53 
 
 		 1050 aa  416  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1895  acriflavin resistance protein  29.55 
 
 		 1051 aa  416  1e-114  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.691491  normal  0.309208 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0888  acriflavin resistance protein  26.85 
 
 		 1055 aa  411  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.869514 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3036  efflux transporter  31.26 
 
 		 1075 aa  411  1e-113  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.199533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0765  acriflavin resistance protein  28.22 
 
 		 1049 aa  412  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.114262 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0788  acriflavin resistance protein  27.66 
 
 		 1067 aa  411  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1756  acriflavin resistance protein  27.97 
 
 		 1041 aa  413  1e-113  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3235  acriflavin resistance protein  27.75 
 
 		 1067 aa  413  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.890283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3565  acriflavin resistance protein  29.48 
 
 		 1036 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.909012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3338  acriflavin resistance protein  28.31 
 
 		 1067 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0890  acriflavin resistance protein  26.81 
 
 		 1053 aa  404  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2206  acriflavin resistance protein  28.42 
 
 		 1063 aa  403  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.577957  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2177  acriflavin resistance protein  29.49 
 
 		 1057 aa  403  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.754609  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2378  acriflavin resistance protein  31.51 
 
 		 1038 aa  402  9.999999999999999e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06541  hypothetical protein  28.89 
 
 		 1033 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1447  acriflavin resistance protein  27.05 
 
 		 1066 aa  399  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.387723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3934  H+-transporting two-sector ATPase, gamma subunit  29.23 
 
 		 1042 aa  399  1e-109  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3095  AcrB/AcrD/AcrF family protein  27.78 
 
 		 1093 aa  394  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.396369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2915  acriflavin resistance protein  29.47 
 
 		 1035 aa  396  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.369342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3096  acriflavin resistance protein  29.72 
 
 		 1030 aa  393  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1710  acriflavin resistance protein  27.98 
 
 		 1060 aa  387  1e-106  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0432348  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0475  acriflavin resistance protein  28.96 
 
 		 1072 aa  388  1e-106  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2166  acriflavin resistance protein  27.48 
 
 		 1060 aa  389  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2469  acriflavin resistance protein  27.36 
 
 		 1073 aa  384  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.969761  normal  0.0970954 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0813  acriflavin resistance protein  28.04 
 
 		 1053 aa  380  1e-104  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000668  RND multidrug efflux transporter  26.43 
 
 		 1050 aa  380  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.644957  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1635  acriflavin resistance protein  27.93 
 
 		 1054 aa  376  1e-102  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.346585 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1929  acriflavin resistance protein  28.71 
 
 		 1061 aa  375  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.323076  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1848  AcrB/AcrD/AcrF family protein  25.02 
 
 		 1054 aa  370  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4864  acriflavin resistance protein  29.73 
 
 		 1034 aa  370  1e-101  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.120441 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06545  hypothetical protein  26.26 
 
 		 1052 aa  368  1e-100  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1637  acriflavin resistance protein  27.69 
 
 		 1048 aa  367  1e-99  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000116339  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0108  acriflavin resistance protein  28.71 
 
 		 1033 aa  367  1e-99  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0403  acriflavin resistance protein  25.7 
 
 		 1069 aa  364  4e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0709  RND family efflux transporter  27.63 
 
 		 1048 aa  357  8.999999999999999e-97  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0718585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2011  acriflavin resistance protein  27.86 
 
 		 1060 aa  357  1e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404797 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4483  AcrB/AcrD/AcrF family protein  26.28 
 
 		 1074 aa  355  2e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2384  AcrB/AcrD/AcrF family protein  27.35 
 
 		 1060 aa  348  3e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.668736  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3901  acriflavin resistance protein  29.61 
 
 		 1041 aa  344  5e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.406058 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01595  RND family efflux transporter  26.08 
 
 		 1071 aa  343  1e-92  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02660  putative multidrug resistance protein, AcrB/AcrD/AcrF family  25.59 
 
 		 1056 aa  338  3.9999999999999995e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.814389  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1057  acriflavin resistance protein  27.97 
 
 		 1035 aa  329  2.0000000000000001e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.828249  normal  0.914688 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1842  acriflavin resistance protein  26 
 
 		 1098 aa  300  1e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1066  acriflavin resistance protein  26 
 
 		 1035 aa  287  8e-76  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0284295  hitchhiker  0.000200954 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1215  acriflavin resistance protein  25.46 
 
 		 1092 aa  287  9e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.735499  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3332  acriflavin resistance protein  26.6 
 
 		 1057 aa  280  1e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2447  RND family efflux transporter  23.78 
 
 		 1053 aa  278  6e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0926263  normal  0.198336 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1402  acriflavin resistance protein  24.63 
 
 		 1030 aa  269  2e-70  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.335441 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0799  acriflavin resistance protein  24.71 
 
 		 1044 aa  267  8e-70  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.572707  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1939  acriflavin resistance protein  23.36 
 
 		 1044 aa  262  2e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1679  acriflavin resistance protein  28.63 
 
 		 1048 aa  262  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.906292  normal  0.699127 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1782  acriflavin resistance protein  25.72 
 
 		 1043 aa  259  2e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.849886  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1579  acriflavin resistance protein  24.17 
 
 		 1046 aa  256  1.0000000000000001e-66  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2369  acriflavin resistance protein  24.24 
 
 		 1050 aa  256  2.0000000000000002e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000403174 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1499  resistance-nodulation-cell division family transporter  24.52 
 
 		 1005 aa  255  3e-66  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0540  AcrB/AcrD/AcrF family protein  23.87 
 
 		 1049 aa  253  2e-65  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2050  acriflavin resistance protein  25.3 
 
 		 1069 aa  252  3e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.440026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0270  acriflavin resistance protein  23.25 
 
 		 1039 aa  252  3e-65  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.384793  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2427  acriflavin resistance protein  24.64 
 
 		 1031 aa  251  5e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000387519 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4620  AcrB/AcrD/AcrF family protein  25.19 
 
 		 1052 aa  250  8e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0074  acriflavin resistance protein  23.01 
 
 		 1056 aa  248  3e-64  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.247567  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01735  RND family efflux transporter  24.15 
 
 		 1035 aa  246  9.999999999999999e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1969  acriflavin resistance protein  25 
 
 		 1064 aa  246  1.9999999999999999e-63  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00241443  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0203  acriflavin resistance protein  22.75 
 
 		 1057 aa  244  5e-63  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1983  acriflavin resistance protein  24.57 
 
 		 1034 aa  244  9e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000463224  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01445  hypothetical protein  25.07 
 
 		 1037 aa  241  8e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05050  acriflavin resistance protein  23.03 
 
 		 1011 aa  239  2e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000211109  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0439  putative multidrug resistance protein  24.81 
 
 		 1036 aa  239  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00223634  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1037  acriflavin resistance protein  23.33 
 
 		 1036 aa  238  6e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0619  acriflavin resistance protein  25.23 
 
 		 1045 aa  237  9e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>