More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2166 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01000  RND family efflux transporter  45.07 
 
 		 1044 aa  929    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.703446  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2177  acriflavin resistance protein  84.92 
 
 		 1057 aa  1895    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.754609  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000668  RND multidrug efflux transporter  46.88 
 
 		 1050 aa  950    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.644957  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4483  AcrB/AcrD/AcrF family protein  69.2 
 
 		 1074 aa  1513    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4648  AcrB/AcrD/AcrF family protein  37.89 
 
 		 1041 aa  693    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0945  AcrB/AcrD/AcrF family protein  46.62 
 
 		 1067 aa  988    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3529  acriflavin resistance protein  47.46 
 
 		 1063 aa  998    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3454  acriflavin resistance protein  47.37 
 
 		 1063 aa  994    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0669  AcrB/AcrD/AcrF family cation efflux protein  36.79 
 
 		 1052 aa  704    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2744  AcrB/AcrD/AcrF family protein  46.41 
 
 		 1067 aa  973    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0800  acriflavin resistance protein  46.7 
 
 		 1048 aa  1000    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0885  acriflavin resistance protein  47.33 
 
 		 1063 aa  1003    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0838  acriflavin resistance protein  47.56 
 
 		 1063 aa  997    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.64825  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2469  acriflavin resistance protein  91.3 
 
 		 1073 aa  1996    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.969761  normal  0.0970954 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6348  acriflavin resistance protein  35.58 
 
 		 1121 aa  677    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.644425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02660  putative multidrug resistance protein, AcrB/AcrD/AcrF family  47.63 
 
 		 1056 aa  965    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.814389  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1975  acriflavin resistance protein  35.14 
 
 		 1062 aa  636    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.240252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2269  RND family efflux transporter  39.29 
 
 		 1039 aa  709    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3095  AcrB/AcrD/AcrF family protein  54.33 
 
 		 1093 aa  1157    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.396369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1710  acriflavin resistance protein  80.17 
 
 		 1060 aa  1766    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0432348  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0890  acriflavin resistance protein  47.16 
 
 		 1053 aa  991    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0403  acriflavin resistance protein  46.96 
 
 		 1069 aa  974    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0788  acriflavin resistance protein  47.13 
 
 		 1067 aa  994    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0765  acriflavin resistance protein  47.35 
 
 		 1049 aa  996    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.114262 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06545  hypothetical protein  47.11 
 
 		 1052 aa  960    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3235  acriflavin resistance protein  47.13 
 
 		 1067 aa  997    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.890283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0658  acriflavin resistance protein  47.4 
 
 		 1050 aa  994    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1929  acriflavin resistance protein  80.75 
 
 		 1061 aa  1757    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.323076  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3677  acriflavin resistance protein  34.9 
 
 		 1053 aa  640    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3338  acriflavin resistance protein  47.04 
 
 		 1067 aa  994    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3648  acriflavin resistance protein  47.46 
 
 		 1063 aa  996    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2011  acriflavin resistance protein  81.63 
 
 		 1060 aa  1761    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404797 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2166  acriflavin resistance protein  100 
 
 		 1060 aa  2165    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0888  acriflavin resistance protein  47.65 
 
 		 1055 aa  1003    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.869514 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3597  acriflavin resistance protein  34.55 
 
 		 1068 aa  630  1e-179  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.335598  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3934  H+-transporting two-sector ATPase, gamma subunit  35.69 
 
 		 1042 aa  628  1e-178  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2362  acriflavin resistance protein  35.34 
 
 		 1032 aa  619  1e-176  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000980319  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2378  acriflavin resistance protein  35.37 
 
 		 1038 aa  608  9.999999999999999e-173  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1447  acriflavin resistance protein  35.29 
 
 		 1066 aa  608  9.999999999999999e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.387723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0475  acriflavin resistance protein  34.39 
 
 		 1072 aa  580  1e-164  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1895  acriflavin resistance protein  34.92 
 
 		 1051 aa  577  1.0000000000000001e-163  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.691491  normal  0.309208 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4864  acriflavin resistance protein  34.99 
 
 		 1034 aa  565  1.0000000000000001e-159  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.120441 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1842  acriflavin resistance protein  33.11 
 
 		 1098 aa  531  1e-149  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2447  RND family efflux transporter  31.2 
 
 		 1053 aa  527  1e-148  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0926263  normal  0.198336 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0813  acriflavin resistance protein  32.83 
 
 		 1053 aa  524  1e-147  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3036  efflux transporter  32.67 
 
 		 1075 aa  522  1e-146  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.199533  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1635  acriflavin resistance protein  31.26 
 
 		 1054 aa  505  1e-141  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.346585 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1637  acriflavin resistance protein  32.64 
 
 		 1048 aa  501  1e-140  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000116339  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0709  RND family efflux transporter  31.95 
 
 		 1048 aa  497  1e-139  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0718585  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2384  AcrB/AcrD/AcrF family protein  31.16 
 
 		 1060 aa  490  1e-137  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.668736  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1210  acriflavin resistance protein  30.41 
 
 		 1074 aa  480  1e-134  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.154202  normal  0.271752 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3188  acriflavin resistance protein  30.62 
 
 		 1033 aa  479  1e-133  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.53306  normal  0.944442 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3901  acriflavin resistance protein  29.34 
 
 		 1041 aa  464  1e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.406058 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1848  AcrB/AcrD/AcrF family protein  29.48 
 
 		 1054 aa  461  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0243  acriflavin resistance protein  29.98 
 
 		 1054 aa  461  9.999999999999999e-129  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0292102  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0308  acriflavin resistance protein  28.71 
 
 		 1050 aa  457  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.514616  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2936  acriflavin resistance protein  30.47 
 
 		 1053 aa  458  1e-127  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01595  RND family efflux transporter  31.61 
 
 		 1071 aa  457  1e-127  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0258  acriflavin resistance protein  28.79 
 
 		 1040 aa  453  1.0000000000000001e-126  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.359322  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1563  acriflavin resistance protein  28.31 
 
 		 1041 aa  451  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1568  acriflavin resistance protein  29.43 
 
 		 1043 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.888167  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3096  acriflavin resistance protein  29.06 
 
 		 1030 aa  441  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06541  hypothetical protein  28.86 
 
 		 1033 aa  441  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0380  integral membrane protein, AcrB/AcrD/AcrF family  29.81 
 
 		 1034 aa  438  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0108  acriflavin resistance protein  28.61 
 
 		 1033 aa  424  1e-117  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1756  acriflavin resistance protein  28.79 
 
 		 1041 aa  426  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2915  acriflavin resistance protein  27.66 
 
 		 1035 aa  412  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.369342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2206  acriflavin resistance protein  28.11 
 
 		 1063 aa  409  1.0000000000000001e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.577957  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3565  acriflavin resistance protein  28.04 
 
 		 1036 aa  409  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.909012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1733  acriflavin resistance protein  28.14 
 
 		 1064 aa  408  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00373856  normal  0.683525 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1057  acriflavin resistance protein  26.72 
 
 		 1035 aa  391  1e-107  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.828249  normal  0.914688 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1066  acriflavin resistance protein  28.83 
 
 		 1035 aa  363  7.0000000000000005e-99  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0284295  hitchhiker  0.000200954 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3898  acriflavin resistance protein  27.36 
 
 		 1131 aa  363  9e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.377402 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1402  acriflavin resistance protein  28.42 
 
 		 1030 aa  351  4e-95  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.335441 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3081  efflux transporter  28.09 
 
 		 1135 aa  329  2.0000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00863053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2953  acriflavin resistance protein  25.66 
 
 		 1038 aa  323  9.999999999999999e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133437  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4520  acriflavin resistance protein  26.66 
 
 		 1043 aa  311  2.9999999999999997e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2369  acriflavin resistance protein  25.14 
 
 		 1050 aa  306  1.0000000000000001e-81  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000403174 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3066  acriflavin resistance protein  27.48 
 
 		 1137 aa  303  9e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1579  acriflavin resistance protein  25.4 
 
 		 1046 aa  291  3e-77  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1215  acriflavin resistance protein  24.7 
 
 		 1092 aa  290  1e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.735499  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1145  acriflavin resistance protein  24.53 
 
 		 1191 aa  285  3.0000000000000004e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000258261  normal  0.148502 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1505  acriflavin resistance protein  24.91 
 
 		 1088 aa  285  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0176509 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3431  acriflavin resistance protein  23.84 
 
 		 1143 aa  284  7.000000000000001e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204539  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1939  acriflavin resistance protein  26 
 
 		 1044 aa  283  8.000000000000001e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2855  cation efflux transporter  25.53 
 
 		 1088 aa  283  9e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.478721  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1438  acriflavin resistance protein  25.44 
 
 		 1088 aa  283  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.539754  normal  0.0180094 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5504  acriflavin resistance protein  24.89 
 
 		 1146 aa  282  2e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.39476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2817  acriflavin resistance protein  22.88 
 
 		 1053 aa  281  3e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0176  acriflavin resistance protein  25.67 
 
 		 1034 aa  282  3e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1937  acriflavin resistance protein  25.1 
 
 		 1034 aa  280  1e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.256217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1942  acriflavin resistance protein  25.64 
 
 		 1040 aa  280  1e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.211904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1499  resistance-nodulation-cell division family transporter  24.1 
 
 		 1005 aa  279  2e-73  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2480  acriflavin resistance protein  23.9 
 
 		 1028 aa  274  7e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1993  acriflavin resistance protein  26.58 
 
 		 1025 aa  272  2e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1876  acriflavin resistance protein  24.56 
 
 		 1017 aa  272  2e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1667  acriflavin resistance protein  23.2 
 
 		 1095 aa  271  7e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1969  acriflavin resistance protein  25.02 
 
 		 1064 aa  269  2e-70  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00241443  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1907  acriflavin resistance protein  24.14 
 
 		 1038 aa  268  2.9999999999999995e-70  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2349  acriflavin resistance protein  23.57 
 
 		 1070 aa  268  4e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.253914  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>