More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1975 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1975  acriflavin resistance protein  100 
 
 		 1062 aa  2160    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.240252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2469  acriflavin resistance protein  36.08 
 
 		 1073 aa  645    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.969761  normal  0.0970954 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0945  AcrB/AcrD/AcrF family protein  37.11 
 
 		 1067 aa  664    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0885  acriflavin resistance protein  36.88 
 
 		 1063 aa  668    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0838  acriflavin resistance protein  36.62 
 
 		 1063 aa  664    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.64825  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1447  acriflavin resistance protein  49.52 
 
 		 1066 aa  1002    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.387723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2166  acriflavin resistance protein  35.14 
 
 		 1060 aa  636    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2744  AcrB/AcrD/AcrF family protein  37.49 
 
 		 1067 aa  655    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0800  acriflavin resistance protein  37.31 
 
 		 1048 aa  669    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0765  acriflavin resistance protein  37.06 
 
 		 1049 aa  655    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.114262 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3648  acriflavin resistance protein  36.62 
 
 		 1063 aa  663    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1710  acriflavin resistance protein  36.07 
 
 		 1060 aa  640    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0432348  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01000  RND family efflux transporter  36.52 
 
 		 1044 aa  644    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.703446  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3597  acriflavin resistance protein  63.74 
 
 		 1068 aa  1378    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.335598  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3454  acriflavin resistance protein  36.62 
 
 		 1063 aa  663    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0888  acriflavin resistance protein  36.87 
 
 		 1055 aa  647    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.869514 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3529  acriflavin resistance protein  36.62 
 
 		 1063 aa  665    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0788  acriflavin resistance protein  36.23 
 
 		 1067 aa  658    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3235  acriflavin resistance protein  36.23 
 
 		 1067 aa  659    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.890283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0658  acriflavin resistance protein  37.89 
 
 		 1050 aa  667    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3677  acriflavin resistance protein  62.12 
 
 		 1053 aa  1330    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3338  acriflavin resistance protein  36.31 
 
 		 1067 aa  655    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0890  acriflavin resistance protein  36.21 
 
 		 1053 aa  635  1e-180  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2177  acriflavin resistance protein  35.64 
 
 		 1057 aa  630  1e-179  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.754609  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1929  acriflavin resistance protein  35.59 
 
 		 1061 aa  627  1e-178  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.323076  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4648  AcrB/AcrD/AcrF family protein  37.16 
 
 		 1041 aa  623  1e-177  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4483  AcrB/AcrD/AcrF family protein  34.79 
 
 		 1074 aa  613  9.999999999999999e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2011  acriflavin resistance protein  35.41 
 
 		 1060 aa  599  1e-170  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404797 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2269  RND family efflux transporter  35.43 
 
 		 1039 aa  595  1e-168  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0669  AcrB/AcrD/AcrF family cation efflux protein  35.31 
 
 		 1052 aa  582  1e-164  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3095  AcrB/AcrD/AcrF family protein  34.07 
 
 		 1093 aa  581  1e-164  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.396369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6348  acriflavin resistance protein  34.51 
 
 		 1121 aa  578  1.0000000000000001e-163  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.644425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02660  putative multidrug resistance protein, AcrB/AcrD/AcrF family  33.84 
 
 		 1056 aa  564  1.0000000000000001e-159  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.814389  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2362  acriflavin resistance protein  34.68 
 
 		 1032 aa  547  1e-154  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000980319  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0403  acriflavin resistance protein  33.43 
 
 		 1069 aa  534  1e-150  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06545  hypothetical protein  31.08 
 
 		 1052 aa  532  1e-149  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000668  RND multidrug efflux transporter  31.17 
 
 		 1050 aa  524  1e-147  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.644957  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1895  acriflavin resistance protein  32.5 
 
 		 1051 aa  520  1e-146  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.691491  normal  0.309208 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3036  efflux transporter  32.93 
 
 		 1075 aa  514  1e-144  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.199533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3934  H+-transporting two-sector ATPase, gamma subunit  32.05 
 
 		 1042 aa  515  1e-144  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2378  acriflavin resistance protein  33.79 
 
 		 1038 aa  485  1e-135  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0243  acriflavin resistance protein  32.86 
 
 		 1054 aa  485  1e-135  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0292102  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0258  acriflavin resistance protein  32.1 
 
 		 1040 aa  480  1e-134  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.359322  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1210  acriflavin resistance protein  31.54 
 
 		 1074 aa  478  1e-133  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.154202  normal  0.271752 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0709  RND family efflux transporter  31.27 
 
 		 1048 aa  473  1e-132  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0718585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0813  acriflavin resistance protein  29.53 
 
 		 1053 aa  464  1e-129  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0308  acriflavin resistance protein  31.02 
 
 		 1050 aa  466  1e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.514616  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2447  RND family efflux transporter  28.71 
 
 		 1053 aa  461  9.999999999999999e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0926263  normal  0.198336 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1635  acriflavin resistance protein  29.63 
 
 		 1054 aa  462  9.999999999999999e-129  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.346585 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1568  acriflavin resistance protein  31.1 
 
 		 1043 aa  455  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.888167  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1637  acriflavin resistance protein  30.38 
 
 		 1048 aa  451  1e-125  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000116339  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0475  acriflavin resistance protein  30.87 
 
 		 1072 aa  453  1e-125  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505165  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01595  RND family efflux transporter  29.59 
 
 		 1071 aa  448  1.0000000000000001e-124  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1848  AcrB/AcrD/AcrF family protein  29.39 
 
 		 1054 aa  449  1.0000000000000001e-124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4864  acriflavin resistance protein  30.97 
 
 		 1034 aa  437  1e-121  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.120441 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2936  acriflavin resistance protein  30.93 
 
 		 1053 aa  438  1e-121  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1842  acriflavin resistance protein  30.15 
 
 		 1098 aa  438  1e-121  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2384  AcrB/AcrD/AcrF family protein  30.72 
 
 		 1060 aa  430  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.668736  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3901  acriflavin resistance protein  30.69 
 
 		 1041 aa  423  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.406058 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1563  acriflavin resistance protein  27.14 
 
 		 1041 aa  420  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06541  hypothetical protein  27.53 
 
 		 1033 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3096  acriflavin resistance protein  28 
 
 		 1030 aa  419  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0380  integral membrane protein, AcrB/AcrD/AcrF family  29.06 
 
 		 1034 aa  417  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3188  acriflavin resistance protein  27.2 
 
 		 1033 aa  416  1e-114  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.53306  normal  0.944442 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1756  acriflavin resistance protein  26.71 
 
 		 1041 aa  410  1e-113  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1733  acriflavin resistance protein  30.78 
 
 		 1064 aa  409  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00373856  normal  0.683525 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2915  acriflavin resistance protein  27.29 
 
 		 1035 aa  404  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.369342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3081  efflux transporter  30.09 
 
 		 1135 aa  396  1e-108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00863053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3565  acriflavin resistance protein  26.4 
 
 		 1036 aa  392  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.909012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0108  acriflavin resistance protein  29.4 
 
 		 1033 aa  392  1e-107  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3898  acriflavin resistance protein  28.54 
 
 		 1131 aa  377  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.377402 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2206  acriflavin resistance protein  26.09 
 
 		 1063 aa  379  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.577957  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1057  acriflavin resistance protein  26.14 
 
 		 1035 aa  370  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.828249  normal  0.914688 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3066  acriflavin resistance protein  29.46 
 
 		 1137 aa  362  3e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1066  acriflavin resistance protein  26.63 
 
 		 1035 aa  310  8e-83  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0284295  hitchhiker  0.000200954 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0165  acriflavin resistance protein  24.88 
 
 		 1032 aa  301  3e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1402  acriflavin resistance protein  25.64 
 
 		 1030 aa  294  5e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.335441 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0799  acriflavin resistance protein  26.06 
 
 		 1044 aa  289  2e-76  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.572707  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2099  acriflavin resistance protein  27.06 
 
 		 1043 aa  289  2e-76  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0074  acriflavin resistance protein  23.81 
 
 		 1056 aa  289  2e-76  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.247567  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1939  acriflavin resistance protein  25.79 
 
 		 1044 aa  286  1.0000000000000001e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2180  acriflavin resistance protein  26.12 
 
 		 1030 aa  285  3.0000000000000004e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000146343  normal  0.137669 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2518  acriflavin resistance protein  25 
 
 		 1041 aa  285  3.0000000000000004e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00118511  normal  0.514323 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2427  acriflavin resistance protein  26.14 
 
 		 1031 aa  283  1e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000387519 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1852  acriflavin resistance protein  26.22 
 
 		 1042 aa  281  5e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0174296  hitchhiker  0.000605557 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4520  acriflavin resistance protein  24.83 
 
 		 1043 aa  279  2e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2369  acriflavin resistance protein  23.46 
 
 		 1050 aa  278  4e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000403174 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4004  acriflavin resistance protein  25.67 
 
 		 1470 aa  276  2.0000000000000002e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1983  acriflavin resistance protein  25.34 
 
 		 1034 aa  276  2.0000000000000002e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000463224  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2664  outer membrane efflux protein  24.43 
 
 		 1496 aa  275  4.0000000000000004e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1905  AcrB/AcrD/AcrF family protein  26.08 
 
 		 1034 aa  272  2e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.209576  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1579  acriflavin resistance protein  24.79 
 
 		 1046 aa  271  4e-71  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2587  acriflavin resistance protein  24.86 
 
 		 1031 aa  270  7e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000412735  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1659  acriflavin resistance protein  24.88 
 
 		 1031 aa  270  1e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.178159  normal  0.998047 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2664  acriflavin resistance protein  24.76 
 
 		 1031 aa  269  2e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1797  acriflavin resistance protein  24.76 
 
 		 1031 aa  269  2e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0223723  hitchhiker  0.000000350495 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05050  acriflavin resistance protein  24.11 
 
 		 1011 aa  269  2e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000211109  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2337  acriflavin resistance protein  24.78 
 
 		 1031 aa  267  7e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120926  hitchhiker  0.000298899 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2409  acriflavin resistance protein  24.78 
 
 		 1031 aa  267  1e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.677885  normal  0.0307662 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0815  acriflavin resistance protein  24.88 
 
 		 1036 aa  266  2e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>