More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2744 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2744  AcrB/AcrD/AcrF family protein  100 
 
 		 1067 aa  2178    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0888  acriflavin resistance protein  73.6 
 
 		 1055 aa  1619    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.869514 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4483  AcrB/AcrD/AcrF family protein  48.74 
 
 		 1074 aa  1017    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4648  AcrB/AcrD/AcrF family protein  41.18 
 
 		 1041 aa  827    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3648  acriflavin resistance protein  78.52 
 
 		 1063 aa  1719    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0945  AcrB/AcrD/AcrF family protein  75.14 
 
 		 1067 aa  1639    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0885  acriflavin resistance protein  76.11 
 
 		 1063 aa  1692    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2166  acriflavin resistance protein  46.41 
 
 		 1060 aa  988    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02660  putative multidrug resistance protein, AcrB/AcrD/AcrF family  44.34 
 
 		 1056 aa  866    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.814389  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0669  AcrB/AcrD/AcrF family cation efflux protein  39.16 
 
 		 1052 aa  779    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2011  acriflavin resistance protein  47.71 
 
 		 1060 aa  963    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404797 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2378  acriflavin resistance protein  39.77 
 
 		 1038 aa  706    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4864  acriflavin resistance protein  38.11 
 
 		 1034 aa  665    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.120441 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3454  acriflavin resistance protein  78.43 
 
 		 1063 aa  1716    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2362  acriflavin resistance protein  38.47 
 
 		 1032 aa  718    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000980319  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2269  RND family efflux transporter  39.69 
 
 		 1039 aa  786    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3095  AcrB/AcrD/AcrF family protein  45.83 
 
 		 1093 aa  944    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.396369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3934  H+-transporting two-sector ATPase, gamma subunit  35.8 
 
 		 1042 aa  684    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6348  acriflavin resistance protein  39.92 
 
 		 1121 aa  793    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.644425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1710  acriflavin resistance protein  48.13 
 
 		 1060 aa  1020    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0432348  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01000  RND family efflux transporter  55.08 
 
 		 1044 aa  1156    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.703446  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0890  acriflavin resistance protein  71.32 
 
 		 1053 aa  1563    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0403  acriflavin resistance protein  44.13 
 
 		 1069 aa  868    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0765  acriflavin resistance protein  77.2 
 
 		 1049 aa  1670    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.114262 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3597  acriflavin resistance protein  37.41 
 
 		 1068 aa  660    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.335598  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000668  RND multidrug efflux transporter  41.71 
 
 		 1050 aa  810    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.644957  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2177  acriflavin resistance protein  48.27 
 
 		 1057 aa  1011    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.754609  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3529  acriflavin resistance protein  78.43 
 
 		 1063 aa  1719    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06545  hypothetical protein  41.89 
 
 		 1052 aa  812    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0788  acriflavin resistance protein  76.94 
 
 		 1067 aa  1686    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3235  acriflavin resistance protein  77.03 
 
 		 1067 aa  1687    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.890283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0658  acriflavin resistance protein  74.95 
 
 		 1050 aa  1637    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1929  acriflavin resistance protein  47.18 
 
 		 1061 aa  993    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.323076  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3677  acriflavin resistance protein  37.26 
 
 		 1053 aa  680    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0475  acriflavin resistance protein  37.59 
 
 		 1072 aa  684    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1895  acriflavin resistance protein  37.25 
 
 		 1051 aa  637    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.691491  normal  0.309208 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0800  acriflavin resistance protein  76.35 
 
 		 1048 aa  1662    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0838  acriflavin resistance protein  78.33 
 
 		 1063 aa  1715    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.64825  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3338  acriflavin resistance protein  76.94 
 
 		 1067 aa  1682    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2469  acriflavin resistance protein  47.16 
 
 		 1073 aa  987    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.969761  normal  0.0970954 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1975  acriflavin resistance protein  37.49 
 
 		 1062 aa  667    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.240252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3036  efflux transporter  36.41 
 
 		 1075 aa  620  1e-176  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.199533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1842  acriflavin resistance protein  35.54 
 
 		 1098 aa  621  1e-176  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1447  acriflavin resistance protein  34.64 
 
 		 1066 aa  605  1.0000000000000001e-171  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.387723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0813  acriflavin resistance protein  35.06 
 
 		 1053 aa  598  1e-169  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3901  acriflavin resistance protein  33.79 
 
 		 1041 aa  577  1.0000000000000001e-163  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.406058 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1848  AcrB/AcrD/AcrF family protein  31.86 
 
 		 1054 aa  569  1e-160  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1756  acriflavin resistance protein  33.27 
 
 		 1041 aa  565  1.0000000000000001e-159  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01595  RND family efflux transporter  34.63 
 
 		 1071 aa  556  1e-157  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1563  acriflavin resistance protein  31.07 
 
 		 1041 aa  554  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3188  acriflavin resistance protein  32.3 
 
 		 1033 aa  556  1e-156  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.53306  normal  0.944442 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0380  integral membrane protein, AcrB/AcrD/AcrF family  32.04 
 
 		 1034 aa  552  1e-155  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2384  AcrB/AcrD/AcrF family protein  33.17 
 
 		 1060 aa  547  1e-154  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.668736  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2915  acriflavin resistance protein  33.17 
 
 		 1035 aa  548  1e-154  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.369342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1635  acriflavin resistance protein  32.58 
 
 		 1054 aa  546  1e-154  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.346585 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2447  RND family efflux transporter  31.48 
 
 		 1053 aa  548  1e-154  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0926263  normal  0.198336 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0709  RND family efflux transporter  34.08 
 
 		 1048 aa  546  1e-153  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0718585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06541  hypothetical protein  31.95 
 
 		 1033 aa  544  1e-153  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0308  acriflavin resistance protein  31.25 
 
 		 1050 aa  540  9.999999999999999e-153  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.514616  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3565  acriflavin resistance protein  32.3 
 
 		 1036 aa  539  1e-151  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.909012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0108  acriflavin resistance protein  32.82 
 
 		 1033 aa  533  1e-150  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1210  acriflavin resistance protein  31.46 
 
 		 1074 aa  533  1e-150  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.154202  normal  0.271752 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1637  acriflavin resistance protein  33.27 
 
 		 1048 aa  529  1e-148  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000116339  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1568  acriflavin resistance protein  30.92 
 
 		 1043 aa  524  1e-147  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.888167  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0243  acriflavin resistance protein  31.14 
 
 		 1054 aa  520  1e-146  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0292102  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0258  acriflavin resistance protein  30.98 
 
 		 1040 aa  521  1e-146  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.359322  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2936  acriflavin resistance protein  31.89 
 
 		 1053 aa  513  1e-144  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2206  acriflavin resistance protein  30.89 
 
 		 1063 aa  509  9.999999999999999e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.577957  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3096  acriflavin resistance protein  30.61 
 
 		 1030 aa  502  1e-140  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1733  acriflavin resistance protein  31.12 
 
 		 1064 aa  486  1e-135  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00373856  normal  0.683525 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1057  acriflavin resistance protein  28.34 
 
 		 1035 aa  464  1e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.828249  normal  0.914688 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1066  acriflavin resistance protein  28.97 
 
 		 1035 aa  403  1e-111  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0284295  hitchhiker  0.000200954 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1402  acriflavin resistance protein  28.28 
 
 		 1030 aa  387  1e-106  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.335441 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3898  acriflavin resistance protein  28.11 
 
 		 1131 aa  382  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.377402 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1215  acriflavin resistance protein  27.7 
 
 		 1092 aa  362  2e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.735499  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0176  acriflavin resistance protein  27.07 
 
 		 1034 aa  360  9.999999999999999e-98  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2369  acriflavin resistance protein  26.02 
 
 		 1050 aa  356  1e-96  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000403174 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3066  acriflavin resistance protein  28.29 
 
 		 1137 aa  354  5e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3081  efflux transporter  29.08 
 
 		 1135 aa  354  5e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00863053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2953  acriflavin resistance protein  28.57 
 
 		 1038 aa  353  7e-96  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133437  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2024  acriflavin resistance protein  27.82 
 
 		 1058 aa  349  1e-94  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000109059  normal  0.508224 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0074  acriflavin resistance protein  26.55 
 
 		 1056 aa  347  7e-94  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.247567  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1939  acriflavin resistance protein  26.17 
 
 		 1044 aa  345  2.9999999999999997e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1842  acriflavin resistance protein  25 
 
 		 1058 aa  342  2e-92  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.844387  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3431  acriflavin resistance protein  25.59 
 
 		 1143 aa  342  2e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0971  NolG efflux transporter  26.37 
 
 		 1036 aa  342  2e-92  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1969  acriflavin resistance protein  26.65 
 
 		 1064 aa  336  1e-90  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00241443  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4170  acriflavin resistance protein  25.36 
 
 		 1171 aa  336  2e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00460578  normal  0.0104573 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1675  acriflavin resistance protein  26.49 
 
 		 1034 aa  334  5e-90  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.640028  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1613  acriflavin resistance protein  25.98 
 
 		 1041 aa  334  5e-90  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4520  acriflavin resistance protein  26.33 
 
 		 1043 aa  332  2e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6213  acriflavin resistance protein  25.78 
 
 		 1055 aa  332  2e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2349  acriflavin resistance protein  26.07 
 
 		 1070 aa  332  3e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.253914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1145  acriflavin resistance protein  25.88 
 
 		 1191 aa  329  1.0000000000000001e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000258261  normal  0.148502 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0203  acriflavin resistance protein  25.67 
 
 		 1057 aa  330  1.0000000000000001e-88  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2099  acriflavin resistance protein  25.78 
 
 		 1043 aa  330  1.0000000000000001e-88  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05050  acriflavin resistance protein  25.25 
 
 		 1011 aa  324  5e-87  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000211109  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0799  acriflavin resistance protein  25.21 
 
 		 1044 aa  323  8e-87  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.572707  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2950  acriflavin resistance protein  26.63 
 
 		 1044 aa  323  9.999999999999999e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2513  cation/multidrug efflux pump  24.31 
 
 		 1134 aa  323  9.999999999999999e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.422561  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>