More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2011 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0890  acriflavin resistance protein  47.1 
 
 		 1053 aa  971    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01000  RND family efflux transporter  45.95 
 
 		 1044 aa  934    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.703446  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4483  AcrB/AcrD/AcrF family protein  68.71 
 
 		 1074 aa  1499    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3648  acriflavin resistance protein  48.33 
 
 		 1063 aa  1014    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4648  AcrB/AcrD/AcrF family protein  37.48 
 
 		 1041 aa  689    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0945  AcrB/AcrD/AcrF family protein  47.32 
 
 		 1067 aa  992    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0888  acriflavin resistance protein  48.03 
 
 		 1055 aa  1006    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.869514 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06545  hypothetical protein  46.9 
 
 		 1052 aa  943    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2011  acriflavin resistance protein  100 
 
 		 1060 aa  2163    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404797 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0669  AcrB/AcrD/AcrF family cation efflux protein  36.92 
 
 		 1052 aa  686    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0765  acriflavin resistance protein  48.66 
 
 		 1049 aa  1003    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.114262 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2166  acriflavin resistance protein  81.63 
 
 		 1060 aa  1804    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6348  acriflavin resistance protein  35.92 
 
 		 1121 aa  678    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.644425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2469  acriflavin resistance protein  82.42 
 
 		 1073 aa  1800    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.969761  normal  0.0970954 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2269  RND family efflux transporter  37.76 
 
 		 1039 aa  702    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3095  AcrB/AcrD/AcrF family protein  55.42 
 
 		 1093 aa  1170    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.396369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1710  acriflavin resistance protein  77.94 
 
 		 1060 aa  1712    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0432348  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02660  putative multidrug resistance protein, AcrB/AcrD/AcrF family  47.08 
 
 		 1056 aa  949    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.814389  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0885  acriflavin resistance protein  48.42 
 
 		 1063 aa  1018    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0403  acriflavin resistance protein  46.77 
 
 		 1069 aa  958    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0838  acriflavin resistance protein  48.33 
 
 		 1063 aa  1013    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.64825  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0788  acriflavin resistance protein  47.44 
 
 		 1067 aa  999    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3529  acriflavin resistance protein  48.33 
 
 		 1063 aa  1015    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3235  acriflavin resistance protein  47.84 
 
 		 1067 aa  1001    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.890283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2177  acriflavin resistance protein  82.06 
 
 		 1057 aa  1793    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.754609  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0800  acriflavin resistance protein  47.65 
 
 		 1048 aa  1010    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0658  acriflavin resistance protein  47.98 
 
 		 1050 aa  998    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1929  acriflavin resistance protein  78.47 
 
 		 1061 aa  1703    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.323076  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3677  acriflavin resistance protein  34.61 
 
 		 1053 aa  641    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000668  RND multidrug efflux transporter  46.87 
 
 		 1050 aa  939    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.644957  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3338  acriflavin resistance protein  47.43 
 
 		 1067 aa  998    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3454  acriflavin resistance protein  48.23 
 
 		 1063 aa  1012    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2744  AcrB/AcrD/AcrF family protein  47.71 
 
 		 1067 aa  981    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3597  acriflavin resistance protein  34.39 
 
 		 1068 aa  623  1e-177  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.335598  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1975  acriflavin resistance protein  35.41 
 
 		 1062 aa  622  1e-176  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.240252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3934  H+-transporting two-sector ATPase, gamma subunit  35.96 
 
 		 1042 aa  615  9.999999999999999e-175  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2362  acriflavin resistance protein  34.46 
 
 		 1032 aa  601  1e-170  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000980319  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1447  acriflavin resistance protein  33.99 
 
 		 1066 aa  595  1e-168  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.387723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0475  acriflavin resistance protein  34.65 
 
 		 1072 aa  581  1e-164  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1895  acriflavin resistance protein  35.44 
 
 		 1051 aa  577  1.0000000000000001e-163  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.691491  normal  0.309208 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2378  acriflavin resistance protein  34.36 
 
 		 1038 aa  575  1.0000000000000001e-162  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3036  efflux transporter  34.09 
 
 		 1075 aa  550  1e-155  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.199533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1842  acriflavin resistance protein  33.27 
 
 		 1098 aa  540  9.999999999999999e-153  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4864  acriflavin resistance protein  33.91 
 
 		 1034 aa  540  9.999999999999999e-153  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.120441 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2447  RND family efflux transporter  32.1 
 
 		 1053 aa  527  1e-148  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0926263  normal  0.198336 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0813  acriflavin resistance protein  33.17 
 
 		 1053 aa  520  1e-146  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1635  acriflavin resistance protein  30.83 
 
 		 1054 aa  502  1e-140  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.346585 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1637  acriflavin resistance protein  33.14 
 
 		 1048 aa  496  1e-139  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000116339  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2384  AcrB/AcrD/AcrF family protein  32 
 
 		 1060 aa  496  9.999999999999999e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.668736  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3188  acriflavin resistance protein  31.38 
 
 		 1033 aa  490  1e-137  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.53306  normal  0.944442 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0709  RND family efflux transporter  30.99 
 
 		 1048 aa  489  1e-136  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0718585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3901  acriflavin resistance protein  30.28 
 
 		 1041 aa  489  1e-136  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.406058 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01595  RND family efflux transporter  32.69 
 
 		 1071 aa  476  1e-133  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1210  acriflavin resistance protein  29.4 
 
 		 1074 aa  473  1.0000000000000001e-131  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.154202  normal  0.271752 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3096  acriflavin resistance protein  29.29 
 
 		 1030 aa  466  9.999999999999999e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1756  acriflavin resistance protein  29.9 
 
 		 1041 aa  459  1e-127  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0258  acriflavin resistance protein  28.63 
 
 		 1040 aa  456  1.0000000000000001e-126  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.359322  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06541  hypothetical protein  30.05 
 
 		 1033 aa  451  1e-125  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1848  AcrB/AcrD/AcrF family protein  29.08 
 
 		 1054 aa  448  1.0000000000000001e-124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0243  acriflavin resistance protein  29.58 
 
 		 1054 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0292102  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1563  acriflavin resistance protein  27.93 
 
 		 1041 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2936  acriflavin resistance protein  30.38 
 
 		 1053 aa  446  1e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0380  integral membrane protein, AcrB/AcrD/AcrF family  30.42 
 
 		 1034 aa  445  1e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0308  acriflavin resistance protein  28.97 
 
 		 1050 aa  441  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.514616  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2206  acriflavin resistance protein  29.06 
 
 		 1063 aa  439  1e-121  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.577957  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3565  acriflavin resistance protein  30.61 
 
 		 1036 aa  439  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.909012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2915  acriflavin resistance protein  28.74 
 
 		 1035 aa  435  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.369342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0108  acriflavin resistance protein  28.81 
 
 		 1033 aa  422  1e-116  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1057  acriflavin resistance protein  28.02 
 
 		 1035 aa  419  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.828249  normal  0.914688 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1733  acriflavin resistance protein  27.9 
 
 		 1064 aa  410  1e-113  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00373856  normal  0.683525 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1568  acriflavin resistance protein  27.45 
 
 		 1043 aa  413  1e-113  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.888167  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1066  acriflavin resistance protein  28.68 
 
 		 1035 aa  365  3e-99  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0284295  hitchhiker  0.000200954 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1402  acriflavin resistance protein  29.06 
 
 		 1030 aa  361  5e-98  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.335441 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3898  acriflavin resistance protein  27.72 
 
 		 1131 aa  355  2e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.377402 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3081  efflux transporter  27.98 
 
 		 1135 aa  320  9e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00863053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4520  acriflavin resistance protein  25.52 
 
 		 1043 aa  304  8.000000000000001e-81  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3066  acriflavin resistance protein  28.08 
 
 		 1137 aa  296  1e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2953  acriflavin resistance protein  25.24 
 
 		 1038 aa  290  1e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133437  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5504  acriflavin resistance protein  24.74 
 
 		 1146 aa  288  4e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.39476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1505  acriflavin resistance protein  25.09 
 
 		 1088 aa  287  8e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0176509 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1939  acriflavin resistance protein  25.57 
 
 		 1044 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2369  acriflavin resistance protein  24.86 
 
 		 1050 aa  285  5.000000000000001e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000403174 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2855  cation efflux transporter  25.59 
 
 		 1088 aa  282  3e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.478721  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1907  acriflavin resistance protein  24.64 
 
 		 1038 aa  281  3e-74  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1438  acriflavin resistance protein  25.57 
 
 		 1088 aa  281  6e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.539754  normal  0.0180094 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0074  acriflavin resistance protein  24.55 
 
 		 1056 aa  278  5e-73  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.247567  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1579  acriflavin resistance protein  24.03 
 
 		 1046 aa  275  3e-72  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3431  acriflavin resistance protein  23.63 
 
 		 1143 aa  273  9e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1937  acriflavin resistance protein  25.6 
 
 		 1034 aa  273  1e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.256217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1499  resistance-nodulation-cell division family transporter  24.43 
 
 		 1005 aa  272  2e-71  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0176  acriflavin resistance protein  24.59 
 
 		 1034 aa  273  2e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1215  acriflavin resistance protein  24.47 
 
 		 1092 aa  271  5.9999999999999995e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.735499  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2817  acriflavin resistance protein  23.33 
 
 		 1053 aa  269  2e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1969  acriflavin resistance protein  24.58 
 
 		 1064 aa  268  2.9999999999999995e-70  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00241443  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0960  acriflavin resistance protein  24.45 
 
 		 1047 aa  268  4e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2024  acriflavin resistance protein  25.21 
 
 		 1058 aa  266  1e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000109059  normal  0.508224 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1983  acriflavin resistance protein  23.56 
 
 		 1034 aa  265  3e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000463224  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1942  acriflavin resistance protein  24.47 
 
 		 1040 aa  265  4e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.211904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1477  acriflavin resistance protein  25.74 
 
 		 1124 aa  264  8e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.415294  normal  0.236417 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1876  acriflavin resistance protein  24.36 
 
 		 1017 aa  263  1e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>