More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2915 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_1563  acriflavin resistance protein  59.19 
 
 		 1041 aa  1303    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0669  AcrB/AcrD/AcrF family cation efflux protein  32.85 
 
 		 1052 aa  636    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0380  integral membrane protein, AcrB/AcrD/AcrF family  65.89 
 
 		 1034 aa  1380    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2915  acriflavin resistance protein  100 
 
 		 1035 aa  2091    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.369342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2206  acriflavin resistance protein  73.94 
 
 		 1063 aa  1558    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.577957  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06541  hypothetical protein  68.21 
 
 		 1033 aa  1443    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1057  acriflavin resistance protein  41.35 
 
 		 1035 aa  801    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.828249  normal  0.914688 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3188  acriflavin resistance protein  44.81 
 
 		 1033 aa  925    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.53306  normal  0.944442 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3565  acriflavin resistance protein  83.45 
 
 		 1036 aa  1711    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.909012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1756  acriflavin resistance protein  69.95 
 
 		 1041 aa  1501    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3096  acriflavin resistance protein  41.67 
 
 		 1030 aa  806    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0800  acriflavin resistance protein  34.18 
 
 		 1048 aa  599  1e-170  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0885  acriflavin resistance protein  33.17 
 
 		 1063 aa  590  1e-167  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0788  acriflavin resistance protein  33.11 
 
 		 1067 aa  590  1e-167  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3235  acriflavin resistance protein  33.2 
 
 		 1067 aa  591  1e-167  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.890283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3338  acriflavin resistance protein  33.2 
 
 		 1067 aa  592  1e-167  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0838  acriflavin resistance protein  33.07 
 
 		 1063 aa  582  1e-164  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.64825  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3648  acriflavin resistance protein  32.98 
 
 		 1063 aa  580  1e-164  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3454  acriflavin resistance protein  33.07 
 
 		 1063 aa  581  1e-164  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3529  acriflavin resistance protein  32.98 
 
 		 1063 aa  578  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0945  AcrB/AcrD/AcrF family protein  32.34 
 
 		 1067 aa  571  1e-161  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0890  acriflavin resistance protein  33.37 
 
 		 1053 aa  571  1e-161  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0888  acriflavin resistance protein  32.78 
 
 		 1055 aa  568  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.869514 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2744  AcrB/AcrD/AcrF family protein  33.56 
 
 		 1067 aa  567  1e-160  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0765  acriflavin resistance protein  32.88 
 
 		 1049 aa  565  1.0000000000000001e-159  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.114262 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01000  RND family efflux transporter  33.46 
 
 		 1044 aa  565  1.0000000000000001e-159  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.703446  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4648  AcrB/AcrD/AcrF family protein  32.66 
 
 		 1041 aa  560  1e-158  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0658  acriflavin resistance protein  32.01 
 
 		 1050 aa  555  1e-156  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0813  acriflavin resistance protein  32.21 
 
 		 1053 aa  552  1e-155  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1635  acriflavin resistance protein  31.78 
 
 		 1054 aa  547  1e-154  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.346585 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6348  acriflavin resistance protein  31.36 
 
 		 1121 aa  534  1e-150  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.644425  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01595  RND family efflux transporter  31.81 
 
 		 1071 aa  530  1e-149  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2362  acriflavin resistance protein  31.14 
 
 		 1032 aa  525  1e-147  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000980319  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0243  acriflavin resistance protein  31.63 
 
 		 1054 aa  523  1e-147  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0292102  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0709  RND family efflux transporter  32.39 
 
 		 1048 aa  520  1e-146  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0718585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1210  acriflavin resistance protein  30.56 
 
 		 1074 aa  520  1e-146  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.154202  normal  0.271752 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2269  RND family efflux transporter  31.67 
 
 		 1039 aa  513  1e-144  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1637  acriflavin resistance protein  32.3 
 
 		 1048 aa  508  9.999999999999999e-143  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000116339  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000668  RND multidrug efflux transporter  30.52 
 
 		 1050 aa  506  9.999999999999999e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.644957  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2378  acriflavin resistance protein  31.63 
 
 		 1038 aa  506  1e-141  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02660  putative multidrug resistance protein, AcrB/AcrD/AcrF family  30.52 
 
 		 1056 aa  503  1e-141  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.814389  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3036  efflux transporter  33.49 
 
 		 1075 aa  505  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.199533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0258  acriflavin resistance protein  30.49 
 
 		 1040 aa  505  1e-141  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.359322  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0108  acriflavin resistance protein  31.87 
 
 		 1033 aa  502  1e-140  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153145  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1568  acriflavin resistance protein  31.62 
 
 		 1043 aa  495  9.999999999999999e-139  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.888167  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06545  hypothetical protein  29.54 
 
 		 1052 aa  493  9.999999999999999e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0403  acriflavin resistance protein  29.04 
 
 		 1069 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3934  H+-transporting two-sector ATPase, gamma subunit  30.19 
 
 		 1042 aa  488  1e-136  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4864  acriflavin resistance protein  31.39 
 
 		 1034 aa  481  1e-134  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.120441 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0308  acriflavin resistance protein  29.98 
 
 		 1050 aa  481  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.514616  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1895  acriflavin resistance protein  30.28 
 
 		 1051 aa  478  1e-133  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.691491  normal  0.309208 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1710  acriflavin resistance protein  29.25 
 
 		 1060 aa  474  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0432348  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3677  acriflavin resistance protein  28.57 
 
 		 1053 aa  473  1e-132  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2936  acriflavin resistance protein  30.95 
 
 		 1053 aa  470  1.0000000000000001e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1929  acriflavin resistance protein  29.3 
 
 		 1061 aa  469  9.999999999999999e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.323076  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3901  acriflavin resistance protein  30.78 
 
 		 1041 aa  469  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.406058 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3095  AcrB/AcrD/AcrF family protein  30.15 
 
 		 1093 aa  466  1e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.396369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2177  acriflavin resistance protein  28.74 
 
 		 1057 aa  456  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.754609  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1733  acriflavin resistance protein  31.09 
 
 		 1064 aa  456  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00373856  normal  0.683525 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2166  acriflavin resistance protein  28.04 
 
 		 1060 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2011  acriflavin resistance protein  28.74 
 
 		 1060 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404797 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1848  AcrB/AcrD/AcrF family protein  27.18 
 
 		 1054 aa  443  1e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1975  acriflavin resistance protein  27.78 
 
 		 1062 aa  444  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.240252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2469  acriflavin resistance protein  28.11 
 
 		 1073 aa  446  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.969761  normal  0.0970954 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2384  AcrB/AcrD/AcrF family protein  29.1 
 
 		 1060 aa  436  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.668736  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4483  AcrB/AcrD/AcrF family protein  27.78 
 
 		 1074 aa  438  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3597  acriflavin resistance protein  27.17 
 
 		 1068 aa  434  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.335598  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1842  acriflavin resistance protein  27.18 
 
 		 1098 aa  412  1e-113  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1447  acriflavin resistance protein  27.79 
 
 		 1066 aa  412  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.387723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0475  acriflavin resistance protein  27.78 
 
 		 1072 aa  407  1.0000000000000001e-112  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3898  acriflavin resistance protein  29.46 
 
 		 1131 aa  403  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.377402 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2447  RND family efflux transporter  27.85 
 
 		 1053 aa  397  1e-109  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0926263  normal  0.198336 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1066  acriflavin resistance protein  28.27 
 
 		 1035 aa  391  1e-107  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0284295  hitchhiker  0.000200954 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1402  acriflavin resistance protein  27.78 
 
 		 1030 aa  384  1e-105  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.335441 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3081  efflux transporter  28.53 
 
 		 1135 aa  360  7e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00863053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3066  acriflavin resistance protein  29.07 
 
 		 1137 aa  348  2e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0971  NolG efflux transporter  27.4 
 
 		 1036 aa  347  5e-94  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0799  acriflavin resistance protein  25.81 
 
 		 1044 aa  346  1e-93  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.572707  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3537  acriflavin resistance protein  28.46 
 
 		 1025 aa  338  1.9999999999999998e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0823297  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1782  acriflavin resistance protein  27.47 
 
 		 1043 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.849886  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0176  acriflavin resistance protein  26 
 
 		 1034 aa  334  6e-90  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2953  acriflavin resistance protein  24.62 
 
 		 1038 aa  332  2e-89  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133437  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1939  acriflavin resistance protein  24.47 
 
 		 1044 aa  331  5.0000000000000004e-89  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0074  acriflavin resistance protein  24.86 
 
 		 1056 aa  331  6e-89  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.247567  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2369  acriflavin resistance protein  25.05 
 
 		 1050 aa  330  9e-89  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000403174 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1613  acriflavin resistance protein  26.78 
 
 		 1041 aa  327  6e-88  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1675  acriflavin resistance protein  26.87 
 
 		 1034 aa  323  9.999999999999999e-87  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.640028  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1499  resistance-nodulation-cell division family transporter  24.78 
 
 		 1005 aa  323  9.999999999999999e-87  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1383  acriflavin resistance protein  26.3 
 
 		 1014 aa  320  9e-86  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.00000000121579  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3708  acriflavin resistance protein  26.67 
 
 		 1063 aa  319  1e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0270  acriflavin resistance protein  26.35 
 
 		 1039 aa  318  4e-85  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.384793  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1969  acriflavin resistance protein  24.88 
 
 		 1064 aa  318  4e-85  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00241443  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2950  acriflavin resistance protein  24.16 
 
 		 1044 aa  316  1.9999999999999998e-84  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2982  acriflavin resistance protein  26.11 
 
 		 1028 aa  314  6.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.05054  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0203  acriflavin resistance protein  23.16 
 
 		 1057 aa  313  1e-83  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1993  acriflavin resistance protein  26.85 
 
 		 1025 aa  313  1e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05050  acriflavin resistance protein  24.78 
 
 		 1011 aa  312  2e-83  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000211109  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1907  acriflavin resistance protein  26.6 
 
 		 1051 aa  310  9e-83  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0495674  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2809  cation efflux protein  24.76 
 
 		 1050 aa  310  1.0000000000000001e-82  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.354726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4520  acriflavin resistance protein  25.43 
 
 		 1043 aa  307  5.0000000000000004e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>