More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1929 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2469  acriflavin resistance protein  80.75 
 
 		 1073 aa  1778    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.969761  normal  0.0970954 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2166  acriflavin resistance protein  80.75 
 
 		 1060 aa  1781    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1975  acriflavin resistance protein  35.59 
 
 		 1062 aa  644    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.240252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06545  hypothetical protein  46.16 
 
 		 1052 aa  929    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4483  AcrB/AcrD/AcrF family protein  69.64 
 
 		 1074 aa  1511    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4648  AcrB/AcrD/AcrF family protein  37.14 
 
 		 1041 aa  684    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0945  AcrB/AcrD/AcrF family protein  45.53 
 
 		 1067 aa  972    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000668  RND multidrug efflux transporter  46.22 
 
 		 1050 aa  931    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.644957  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0885  acriflavin resistance protein  47.05 
 
 		 1063 aa  995    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0669  AcrB/AcrD/AcrF family cation efflux protein  35.77 
 
 		 1052 aa  677    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3454  acriflavin resistance protein  46.95 
 
 		 1063 aa  985    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02660  putative multidrug resistance protein, AcrB/AcrD/AcrF family  47.1 
 
 		 1056 aa  965    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.814389  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2177  acriflavin resistance protein  81.83 
 
 		 1057 aa  1800    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.754609  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01000  RND family efflux transporter  45.29 
 
 		 1044 aa  920    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.703446  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0890  acriflavin resistance protein  46.02 
 
 		 1053 aa  964    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0888  acriflavin resistance protein  46.74 
 
 		 1055 aa  998    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.869514 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2269  RND family efflux transporter  37.56 
 
 		 1039 aa  665    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3095  AcrB/AcrD/AcrF family protein  54.29 
 
 		 1093 aa  1170    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.396369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0838  acriflavin resistance protein  47.14 
 
 		 1063 aa  987    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.64825  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1710  acriflavin resistance protein  85.4 
 
 		 1060 aa  1885    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0432348  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2011  acriflavin resistance protein  78.47 
 
 		 1060 aa  1678    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404797 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0765  acriflavin resistance protein  47.29 
 
 		 1049 aa  988    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.114262 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0403  acriflavin resistance protein  46.96 
 
 		 1069 aa  956    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3597  acriflavin resistance protein  35.4 
 
 		 1068 aa  654    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.335598  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6348  acriflavin resistance protein  36.1 
 
 		 1121 aa  669    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.644425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0788  acriflavin resistance protein  47.15 
 
 		 1067 aa  989    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3648  acriflavin resistance protein  47.05 
 
 		 1063 aa  987    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3235  acriflavin resistance protein  47.15 
 
 		 1067 aa  989    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.890283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0658  acriflavin resistance protein  47.36 
 
 		 1050 aa  1000    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1929  acriflavin resistance protein  100 
 
 		 1061 aa  2162    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.323076  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3677  acriflavin resistance protein  35.26 
 
 		 1053 aa  658    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0800  acriflavin resistance protein  47.49 
 
 		 1048 aa  1011    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3529  acriflavin resistance protein  47.05 
 
 		 1063 aa  987    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3338  acriflavin resistance protein  46.14 
 
 		 1067 aa  986    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2744  AcrB/AcrD/AcrF family protein  47.18 
 
 		 1067 aa  987    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3934  H+-transporting two-sector ATPase, gamma subunit  34.66 
 
 		 1042 aa  621  1e-176  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2378  acriflavin resistance protein  35.16 
 
 		 1038 aa  608  9.999999999999999e-173  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1447  acriflavin resistance protein  34.78 
 
 		 1066 aa  600  1e-170  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.387723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2362  acriflavin resistance protein  34.1 
 
 		 1032 aa  598  1e-169  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000980319  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0475  acriflavin resistance protein  35.82 
 
 		 1072 aa  597  1e-169  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1895  acriflavin resistance protein  34.04 
 
 		 1051 aa  563  1.0000000000000001e-159  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.691491  normal  0.309208 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4864  acriflavin resistance protein  34.46 
 
 		 1034 aa  560  1e-158  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.120441 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2447  RND family efflux transporter  30.62 
 
 		 1053 aa  530  1e-149  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0926263  normal  0.198336 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0813  acriflavin resistance protein  32.78 
 
 		 1053 aa  522  1e-146  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3036  efflux transporter  32.81 
 
 		 1075 aa  516  1e-144  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.199533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1842  acriflavin resistance protein  32.46 
 
 		 1098 aa  516  1e-144  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1635  acriflavin resistance protein  31.16 
 
 		 1054 aa  507  9.999999999999999e-143  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.346585 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0709  RND family efflux transporter  31.74 
 
 		 1048 aa  499  1e-140  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0718585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3901  acriflavin resistance protein  30.69 
 
 		 1041 aa  499  1e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.406058 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1637  acriflavin resistance protein  32.2 
 
 		 1048 aa  495  9.999999999999999e-139  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000116339  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2384  AcrB/AcrD/AcrF family protein  31.62 
 
 		 1060 aa  486  1e-135  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.668736  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3188  acriflavin resistance protein  30.25 
 
 		 1033 aa  466  9.999999999999999e-131  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.53306  normal  0.944442 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1210  acriflavin resistance protein  29.85 
 
 		 1074 aa  466  1e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.154202  normal  0.271752 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1848  AcrB/AcrD/AcrF family protein  29.2 
 
 		 1054 aa  459  1e-127  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2936  acriflavin resistance protein  30.46 
 
 		 1053 aa  454  1.0000000000000001e-126  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0243  acriflavin resistance protein  28.97 
 
 		 1054 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0292102  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1563  acriflavin resistance protein  28.23 
 
 		 1041 aa  456  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3096  acriflavin resistance protein  28.76 
 
 		 1030 aa  451  1e-125  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1756  acriflavin resistance protein  29.41 
 
 		 1041 aa  450  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01595  RND family efflux transporter  31.29 
 
 		 1071 aa  451  1e-125  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0380  integral membrane protein, AcrB/AcrD/AcrF family  30.8 
 
 		 1034 aa  451  1e-125  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2206  acriflavin resistance protein  29.32 
 
 		 1063 aa  446  1e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.577957  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2915  acriflavin resistance protein  28.95 
 
 		 1035 aa  444  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.369342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06541  hypothetical protein  29.36 
 
 		 1033 aa  442  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0258  acriflavin resistance protein  28.22 
 
 		 1040 aa  441  9.999999999999999e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.359322  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3565  acriflavin resistance protein  29.22 
 
 		 1036 aa  437  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.909012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0308  acriflavin resistance protein  28.54 
 
 		 1050 aa  438  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.514616  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0108  acriflavin resistance protein  30.06 
 
 		 1033 aa  432  1e-119  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153145  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1568  acriflavin resistance protein  28.53 
 
 		 1043 aa  419  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.888167  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1733  acriflavin resistance protein  27.7 
 
 		 1064 aa  406  1e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00373856  normal  0.683525 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1057  acriflavin resistance protein  26.15 
 
 		 1035 aa  403  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.828249  normal  0.914688 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1066  acriflavin resistance protein  28.73 
 
 		 1035 aa  370  1e-101  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0284295  hitchhiker  0.000200954 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1402  acriflavin resistance protein  28.61 
 
 		 1030 aa  355  2e-96  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.335441 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3898  acriflavin resistance protein  26.55 
 
 		 1131 aa  340  5.9999999999999996e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.377402 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3081  efflux transporter  28.46 
 
 		 1135 aa  330  1.0000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00863053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3066  acriflavin resistance protein  28.69 
 
 		 1137 aa  312  2e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2953  acriflavin resistance protein  26.21 
 
 		 1038 aa  310  1.0000000000000001e-82  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133437  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4520  acriflavin resistance protein  26.35 
 
 		 1043 aa  309  2.0000000000000002e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1579  acriflavin resistance protein  25.78 
 
 		 1046 aa  301  5e-80  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2369  acriflavin resistance protein  25.19 
 
 		 1050 aa  298  4e-79  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000403174 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3431  acriflavin resistance protein  24.36 
 
 		 1143 aa  290  1e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1505  acriflavin resistance protein  25.39 
 
 		 1088 aa  289  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0176509 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1145  acriflavin resistance protein  24.98 
 
 		 1191 aa  287  7e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000258261  normal  0.148502 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1215  acriflavin resistance protein  24.54 
 
 		 1092 aa  285  3.0000000000000004e-75  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.735499  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6213  acriflavin resistance protein  23.81 
 
 		 1055 aa  285  3.0000000000000004e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2855  cation efflux transporter  25.98 
 
 		 1088 aa  284  6.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.478721  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1876  acriflavin resistance protein  24.83 
 
 		 1017 aa  282  2e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1438  acriflavin resistance protein  25.98 
 
 		 1088 aa  283  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.539754  normal  0.0180094 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2349  acriflavin resistance protein  23.71 
 
 		 1070 aa  281  3e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.253914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1499  resistance-nodulation-cell division family transporter  25.43 
 
 		 1005 aa  282  3e-74  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2024  acriflavin resistance protein  25.95 
 
 		 1058 aa  280  1e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000109059  normal  0.508224 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0074  acriflavin resistance protein  24.08 
 
 		 1056 aa  280  1e-73  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.247567  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1939  acriflavin resistance protein  25.19 
 
 		 1044 aa  276  1.0000000000000001e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1937  acriflavin resistance protein  25.36 
 
 		 1034 aa  273  1e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.256217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2480  acriflavin resistance protein  23.8 
 
 		 1028 aa  270  7e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1043  nodulation protein precursor  24.35 
 
 		 1069 aa  270  1e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5504  acriflavin resistance protein  23.98 
 
 		 1146 aa  270  2e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.39476  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1907  acriflavin resistance protein  23.69 
 
 		 1038 aa  268  5e-70  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2817  acriflavin resistance protein  24.21 
 
 		 1053 aa  267  8e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1969  acriflavin resistance protein  24.49 
 
 		 1064 aa  265  3e-69  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00241443  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>