More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0658 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000668  RND multidrug efflux transporter  41.79 
 
 		 1050 aa  819    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.644957  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4483  AcrB/AcrD/AcrF family protein  49.47 
 
 		 1074 aa  1023    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4648  AcrB/AcrD/AcrF family protein  40.73 
 
 		 1041 aa  829    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0945  AcrB/AcrD/AcrF family protein  78.04 
 
 		 1067 aa  1734    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01000  RND family efflux transporter  55.15 
 
 		 1044 aa  1165    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.703446  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0888  acriflavin resistance protein  78.78 
 
 		 1055 aa  1743    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.869514 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2177  acriflavin resistance protein  48.99 
 
 		 1057 aa  1035    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.754609  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02660  putative multidrug resistance protein, AcrB/AcrD/AcrF family  44.21 
 
 		 1056 aa  867    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.814389  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0669  AcrB/AcrD/AcrF family cation efflux protein  38.49 
 
 		 1052 aa  763    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06545  hypothetical protein  42.04 
 
 		 1052 aa  827    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2362  acriflavin resistance protein  38.22 
 
 		 1032 aa  720    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000980319  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2744  AcrB/AcrD/AcrF family protein  74.95 
 
 		 1067 aa  1634    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2166  acriflavin resistance protein  47.4 
 
 		 1060 aa  1008    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1975  acriflavin resistance protein  37.7 
 
 		 1062 aa  682    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.240252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6348  acriflavin resistance protein  38.83 
 
 		 1121 aa  773    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.644425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2269  RND family efflux transporter  38.88 
 
 		 1039 aa  765    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3095  AcrB/AcrD/AcrF family protein  44.41 
 
 		 1093 aa  931    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.396369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3934  H+-transporting two-sector ATPase, gamma subunit  36.75 
 
 		 1042 aa  704    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0765  acriflavin resistance protein  80.81 
 
 		 1049 aa  1747    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.114262 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3454  acriflavin resistance protein  83.7 
 
 		 1063 aa  1834    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2011  acriflavin resistance protein  47.98 
 
 		 1060 aa  976    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404797 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1710  acriflavin resistance protein  47.65 
 
 		 1060 aa  1011    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0432348  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0838  acriflavin resistance protein  83.6 
 
 		 1063 aa  1832    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.64825  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0403  acriflavin resistance protein  43.79 
 
 		 1069 aa  860    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3597  acriflavin resistance protein  37.31 
 
 		 1068 aa  681    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.335598  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0885  acriflavin resistance protein  83.01 
 
 		 1063 aa  1806    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0788  acriflavin resistance protein  81.37 
 
 		 1067 aa  1786    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0800  acriflavin resistance protein  79.56 
 
 		 1048 aa  1746    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3648  acriflavin resistance protein  83.8 
 
 		 1063 aa  1835    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3235  acriflavin resistance protein  81.46 
 
 		 1067 aa  1791    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.890283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0658  acriflavin resistance protein  100 
 
 		 1050 aa  2147    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2469  acriflavin resistance protein  47.88 
 
 		 1073 aa  1014    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.969761  normal  0.0970954 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1929  acriflavin resistance protein  47.36 
 
 		 1061 aa  1004    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.323076  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3677  acriflavin resistance protein  37.04 
 
 		 1053 aa  684    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0475  acriflavin resistance protein  35.65 
 
 		 1072 aa  649    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0890  acriflavin resistance protein  76.07 
 
 		 1053 aa  1675    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3529  acriflavin resistance protein  83.7 
 
 		 1063 aa  1833    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3338  acriflavin resistance protein  81.27 
 
 		 1067 aa  1788    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4864  acriflavin resistance protein  36.43 
 
 		 1034 aa  643    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.120441 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2378  acriflavin resistance protein  39.02 
 
 		 1038 aa  710    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1447  acriflavin resistance protein  35.71 
 
 		 1066 aa  630  1e-179  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.387723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1895  acriflavin resistance protein  35.85 
 
 		 1051 aa  631  1e-179  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.691491  normal  0.309208 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1842  acriflavin resistance protein  35.04 
 
 		 1098 aa  627  1e-178  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3036  efflux transporter  35.33 
 
 		 1075 aa  622  1e-176  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.199533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0813  acriflavin resistance protein  33.91 
 
 		 1053 aa  576  1.0000000000000001e-163  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3901  acriflavin resistance protein  33.43 
 
 		 1041 aa  575  1.0000000000000001e-162  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.406058 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3188  acriflavin resistance protein  31.82 
 
 		 1033 aa  561  1e-158  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.53306  normal  0.944442 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1848  AcrB/AcrD/AcrF family protein  31.27 
 
 		 1054 aa  550  1e-155  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1563  acriflavin resistance protein  30.72 
 
 		 1041 aa  550  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2384  AcrB/AcrD/AcrF family protein  33.78 
 
 		 1060 aa  544  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.668736  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1635  acriflavin resistance protein  31.52 
 
 		 1054 aa  543  1e-153  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.346585 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0709  RND family efflux transporter  32.3 
 
 		 1048 aa  539  9.999999999999999e-153  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0718585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1756  acriflavin resistance protein  31.68 
 
 		 1041 aa  539  1e-151  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2915  acriflavin resistance protein  31.74 
 
 		 1035 aa  536  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.369342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0308  acriflavin resistance protein  30.3 
 
 		 1050 aa  533  1e-150  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.514616  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0380  integral membrane protein, AcrB/AcrD/AcrF family  31.13 
 
 		 1034 aa  536  1e-150  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2447  RND family efflux transporter  30.43 
 
 		 1053 aa  533  1e-150  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0926263  normal  0.198336 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0258  acriflavin resistance protein  30.43 
 
 		 1040 aa  532  1e-149  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.359322  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01595  RND family efflux transporter  32.67 
 
 		 1071 aa  530  1e-149  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0108  acriflavin resistance protein  32.3 
 
 		 1033 aa  523  1e-147  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3096  acriflavin resistance protein  30.52 
 
 		 1030 aa  524  1e-147  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3565  acriflavin resistance protein  31.4 
 
 		 1036 aa  523  1e-146  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.909012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1637  acriflavin resistance protein  32.07 
 
 		 1048 aa  521  1e-146  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000116339  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06541  hypothetical protein  30.39 
 
 		 1033 aa  520  1e-146  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1210  acriflavin resistance protein  29.22 
 
 		 1074 aa  522  1e-146  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.154202  normal  0.271752 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2206  acriflavin resistance protein  30.37 
 
 		 1063 aa  516  1e-144  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.577957  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1568  acriflavin resistance protein  29.3 
 
 		 1043 aa  498  1e-139  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.888167  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0243  acriflavin resistance protein  30.26 
 
 		 1054 aa  497  1e-139  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0292102  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2936  acriflavin resistance protein  29.87 
 
 		 1053 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1733  acriflavin resistance protein  30.09 
 
 		 1064 aa  477  1e-133  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00373856  normal  0.683525 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1057  acriflavin resistance protein  28.43 
 
 		 1035 aa  475  1e-132  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.828249  normal  0.914688 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1066  acriflavin resistance protein  29.6 
 
 		 1035 aa  405  1e-111  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0284295  hitchhiker  0.000200954 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1402  acriflavin resistance protein  29.57 
 
 		 1030 aa  398  1e-109  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.335441 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3898  acriflavin resistance protein  27.03 
 
 		 1131 aa  391  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.377402 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3081  efflux transporter  27.51 
 
 		 1135 aa  373  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00863053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1215  acriflavin resistance protein  26.43 
 
 		 1092 aa  360  8e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.735499  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0074  acriflavin resistance protein  27.14 
 
 		 1056 aa  355  2e-96  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.247567  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3066  acriflavin resistance protein  27.36 
 
 		 1137 aa  349  1e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1969  acriflavin resistance protein  27.17 
 
 		 1064 aa  347  6e-94  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00241443  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1939  acriflavin resistance protein  26.46 
 
 		 1044 aa  347  7e-94  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0176  acriflavin resistance protein  25.7 
 
 		 1034 aa  344  4e-93  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0203  acriflavin resistance protein  26.38 
 
 		 1057 aa  343  7e-93  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05050  acriflavin resistance protein  26.93 
 
 		 1011 aa  343  1e-92  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000211109  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0799  acriflavin resistance protein  25.41 
 
 		 1044 aa  340  9.999999999999999e-92  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.572707  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2099  acriflavin resistance protein  25.43 
 
 		 1043 aa  333  1e-89  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3708  acriflavin resistance protein  25.59 
 
 		 1063 aa  333  1e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0971  NolG efflux transporter  25.54 
 
 		 1036 aa  332  2e-89  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2953  acriflavin resistance protein  26.73 
 
 		 1038 aa  330  9e-89  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133437  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1145  acriflavin resistance protein  26.11 
 
 		 1191 aa  327  5e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000258261  normal  0.148502 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1675  acriflavin resistance protein  25.41 
 
 		 1034 aa  326  1e-87  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.640028  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2369  acriflavin resistance protein  24.57 
 
 		 1050 aa  325  2e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000403174 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0608  acriflavin resistance protein  25.6 
 
 		 1059 aa  325  3e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0300308  normal  0.48397 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1942  acriflavin resistance protein  24.59 
 
 		 1040 aa  324  4e-87  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.211904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3431  acriflavin resistance protein  25.55 
 
 		 1143 aa  324  6e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1613  acriflavin resistance protein  25.39 
 
 		 1041 aa  323  9.999999999999999e-87  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2950  acriflavin resistance protein  25.92 
 
 		 1044 aa  321  5e-86  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2513  cation/multidrug efflux pump  25.2 
 
 		 1134 aa  321  6e-86  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.422561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2349  acriflavin resistance protein  24.68 
 
 		 1070 aa  317  5e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.253914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6213  acriflavin resistance protein  24.45 
 
 		 1055 aa  317  6e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1842  acriflavin resistance protein  22.75 
 
 		 1058 aa  317  6e-85  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.844387  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>