More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0888 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0885  acriflavin resistance protein  79.81 
 
 		 1063 aa  1744    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4483  AcrB/AcrD/AcrF family protein  49.27 
 
 		 1074 aa  1015    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4648  AcrB/AcrD/AcrF family protein  40.19 
 
 		 1041 aa  798    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0945  AcrB/AcrD/AcrF family protein  76.94 
 
 		 1067 aa  1698    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0800  acriflavin resistance protein  81.21 
 
 		 1048 aa  1763    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0765  acriflavin resistance protein  82.3 
 
 		 1049 aa  1773    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.114262 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4864  acriflavin resistance protein  37.02 
 
 		 1034 aa  642    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.120441 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2744  AcrB/AcrD/AcrF family protein  73.6 
 
 		 1067 aa  1602    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02660  putative multidrug resistance protein, AcrB/AcrD/AcrF family  43.82 
 
 		 1056 aa  870    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.814389  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0669  AcrB/AcrD/AcrF family cation efflux protein  40.4 
 
 		 1052 aa  789    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0890  acriflavin resistance protein  87.76 
 
 		 1053 aa  1892    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2378  acriflavin resistance protein  38.89 
 
 		 1038 aa  703    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2166  acriflavin resistance protein  47.65 
 
 		 1060 aa  1003    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000668  RND multidrug efflux transporter  41.54 
 
 		 1050 aa  801    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.644957  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3529  acriflavin resistance protein  79.75 
 
 		 1063 aa  1756    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2469  acriflavin resistance protein  47.5 
 
 		 1073 aa  1008    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.969761  normal  0.0970954 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2269  RND family efflux transporter  41.31 
 
 		 1039 aa  807    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3095  AcrB/AcrD/AcrF family protein  43.71 
 
 		 1093 aa  917    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.396369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3934  H+-transporting two-sector ATPase, gamma subunit  36.4 
 
 		 1042 aa  677    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0838  acriflavin resistance protein  79.94 
 
 		 1063 aa  1759    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.64825  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2362  acriflavin resistance protein  37.58 
 
 		 1032 aa  688    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000980319  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2011  acriflavin resistance protein  48.03 
 
 		 1060 aa  975    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404797 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1710  acriflavin resistance protein  48.22 
 
 		 1060 aa  1001    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0432348  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0888  acriflavin resistance protein  100 
 
 		 1055 aa  2149    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.869514 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01000  RND family efflux transporter  55.16 
 
 		 1044 aa  1154    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.703446  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0403  acriflavin resistance protein  43.9 
 
 		 1069 aa  858    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3597  acriflavin resistance protein  37.12 
 
 		 1068 aa  649    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.335598  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1975  acriflavin resistance protein  36.87 
 
 		 1062 aa  647    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.240252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0788  acriflavin resistance protein  79.9 
 
 		 1067 aa  1741    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6348  acriflavin resistance protein  38.88 
 
 		 1121 aa  755    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.644425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3454  acriflavin resistance protein  79.85 
 
 		 1063 aa  1758    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3648  acriflavin resistance protein  79.94 
 
 		 1063 aa  1760    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3235  acriflavin resistance protein  79.87 
 
 		 1067 aa  1741    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.890283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0658  acriflavin resistance protein  78.78 
 
 		 1050 aa  1726    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1929  acriflavin resistance protein  46.74 
 
 		 1061 aa  984    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.323076  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3677  acriflavin resistance protein  37.18 
 
 		 1053 aa  675    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0475  acriflavin resistance protein  35.22 
 
 		 1072 aa  645    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1895  acriflavin resistance protein  36.29 
 
 		 1051 aa  637    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.691491  normal  0.309208 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3338  acriflavin resistance protein  79.66 
 
 		 1067 aa  1738    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2177  acriflavin resistance protein  48.6 
 
 		 1057 aa  1013    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.754609  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06545  hypothetical protein  41.87 
 
 		 1052 aa  802    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1842  acriflavin resistance protein  34.82 
 
 		 1098 aa  615  9.999999999999999e-175  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1447  acriflavin resistance protein  35.19 
 
 		 1066 aa  613  9.999999999999999e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.387723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3036  efflux transporter  34.97 
 
 		 1075 aa  612  1e-173  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.199533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0813  acriflavin resistance protein  34.56 
 
 		 1053 aa  586  1e-166  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1756  acriflavin resistance protein  33.46 
 
 		 1041 aa  562  1e-158  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1563  acriflavin resistance protein  32.91 
 
 		 1041 aa  561  1e-158  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3901  acriflavin resistance protein  32.62 
 
 		 1041 aa  556  1e-157  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.406058 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1635  acriflavin resistance protein  32.62 
 
 		 1054 aa  550  1e-155  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.346585 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3188  acriflavin resistance protein  31.98 
 
 		 1033 aa  548  1e-154  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.53306  normal  0.944442 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1848  AcrB/AcrD/AcrF family protein  31.57 
 
 		 1054 aa  545  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01595  RND family efflux transporter  34.05 
 
 		 1071 aa  543  1e-153  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0308  acriflavin resistance protein  31.44 
 
 		 1050 aa  540  9.999999999999999e-153  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.514616  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0709  RND family efflux transporter  33.62 
 
 		 1048 aa  541  9.999999999999999e-153  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0718585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2915  acriflavin resistance protein  32.77 
 
 		 1035 aa  538  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.369342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0108  acriflavin resistance protein  33.2 
 
 		 1033 aa  535  1e-150  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153145  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0380  integral membrane protein, AcrB/AcrD/AcrF family  31.91 
 
 		 1034 aa  534  1e-150  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1637  acriflavin resistance protein  32.75 
 
 		 1048 aa  532  1e-149  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000116339  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3565  acriflavin resistance protein  32.97 
 
 		 1036 aa  532  1e-149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.909012  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2384  AcrB/AcrD/AcrF family protein  32.61 
 
 		 1060 aa  526  1e-148  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.668736  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06541  hypothetical protein  31.55 
 
 		 1033 aa  528  1e-148  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1210  acriflavin resistance protein  30.77 
 
 		 1074 aa  526  1e-148  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.154202  normal  0.271752 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2447  RND family efflux transporter  30.46 
 
 		 1053 aa  523  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0926263  normal  0.198336 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0258  acriflavin resistance protein  31.46 
 
 		 1040 aa  520  1e-146  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.359322  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2206  acriflavin resistance protein  31.32 
 
 		 1063 aa  520  1e-146  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.577957  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1568  acriflavin resistance protein  30.4 
 
 		 1043 aa  505  1e-141  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.888167  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0243  acriflavin resistance protein  30.29 
 
 		 1054 aa  499  1e-140  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0292102  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2936  acriflavin resistance protein  31.77 
 
 		 1053 aa  492  1e-137  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3096  acriflavin resistance protein  29.37 
 
 		 1030 aa  491  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1733  acriflavin resistance protein  30.35 
 
 		 1064 aa  466  9.999999999999999e-131  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00373856  normal  0.683525 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1057  acriflavin resistance protein  28.19 
 
 		 1035 aa  450  1e-125  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.828249  normal  0.914688 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1066  acriflavin resistance protein  28.59 
 
 		 1035 aa  386  1e-105  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0284295  hitchhiker  0.000200954 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3898  acriflavin resistance protein  27.48 
 
 		 1131 aa  385  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.377402 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1402  acriflavin resistance protein  28.21 
 
 		 1030 aa  379  1e-103  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.335441 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3081  efflux transporter  27.44 
 
 		 1135 aa  356  1e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00863053  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1969  acriflavin resistance protein  26.6 
 
 		 1064 aa  351  4e-95  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00241443  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2953  acriflavin resistance protein  27.56 
 
 		 1038 aa  349  1e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.133437  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1939  acriflavin resistance protein  26.49 
 
 		 1044 aa  347  7e-94  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1675  acriflavin resistance protein  26.76 
 
 		 1034 aa  346  1e-93  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.640028  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0176  acriflavin resistance protein  25.77 
 
 		 1034 aa  334  5e-90  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3066  acriflavin resistance protein  26.86 
 
 		 1137 aa  331  5.0000000000000004e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0074  acriflavin resistance protein  25.6 
 
 		 1056 aa  330  6e-89  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.247567  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1215  acriflavin resistance protein  26.01 
 
 		 1092 aa  330  6e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.735499  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2369  acriflavin resistance protein  24.95 
 
 		 1050 aa  327  7e-88  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000403174 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1145  acriflavin resistance protein  26.34 
 
 		 1191 aa  326  1e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000258261  normal  0.148502 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1842  acriflavin resistance protein  24.39 
 
 		 1058 aa  325  3e-87  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.844387  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05050  acriflavin resistance protein  25.74 
 
 		 1011 aa  323  9.000000000000001e-87  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000211109  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3431  acriflavin resistance protein  25.51 
 
 		 1143 aa  322  1.9999999999999998e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2950  acriflavin resistance protein  26.73 
 
 		 1044 aa  322  1.9999999999999998e-86  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0971  NolG efflux transporter  25.1 
 
 		 1036 aa  322  3e-86  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0799  acriflavin resistance protein  25.02 
 
 		 1044 aa  320  6e-86  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.572707  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2050  acriflavin resistance protein  25.31 
 
 		 1069 aa  320  1e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.440026  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2024  acriflavin resistance protein  25.93 
 
 		 1058 aa  319  2e-85  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000109059  normal  0.508224 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1942  acriflavin resistance protein  24.41 
 
 		 1040 aa  317  9e-85  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.211904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1613  acriflavin resistance protein  25.39 
 
 		 1041 aa  317  9.999999999999999e-85  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4170  acriflavin resistance protein  25.35 
 
 		 1171 aa  315  1.9999999999999998e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00460578  normal  0.0104573 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1907  acriflavin resistance protein  25.77 
 
 		 1051 aa  313  1e-83  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0495674  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1782  acriflavin resistance protein  25.35 
 
 		 1043 aa  313  1e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.849886  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3708  acriflavin resistance protein  25.19 
 
 		 1063 aa  313  1e-83  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0203  acriflavin resistance protein  24.88 
 
 		 1057 aa  313  1e-83  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>