More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3100 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
245 aa  497  1e-140  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135621  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2849  short-chain dehydrogenase/reductase  65.18 
 
 
243 aa  290  1e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.154596  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0846  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.73 
 
 
247 aa  270  1e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.140408 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.3 
 
 
252 aa  268  4e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.09 
 
 
249 aa  268  5e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.68 
 
 
249 aa  266  2e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.563003  normal  0.263695 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.27 
 
 
258 aa  264  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.549149  normal  0.0208806 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.26 
 
 
247 aa  264  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.657394  normal  0.213318 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.26 
 
 
253 aa  261  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.44 
 
 
254 aa  259  3e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.04 
 
 
262 aa  258  4e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.675718  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2214  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.82 
 
 
254 aa  257  1e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823927  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.09 
 
 
251 aa  256  2e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.74 
 
 
250 aa  255  5e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223206  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.79 
 
 
245 aa  254  7e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.63 
 
 
251 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00491372 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1762  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.46 
 
 
252 aa  252  4.0000000000000004e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.82 
 
 
254 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161271  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 
250 aa  250  2e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.24 
 
 
253 aa  248  8e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0876  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.03 
 
 
255 aa  248  8e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389264  normal  0.105725 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52 
 
 
256 aa  247  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695804 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54 
 
 
252 aa  241  7e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.03083  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.21 
 
 
249 aa  241  1e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.25 
 
 
249 aa  240  2e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.137189 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.11 
 
 
249 aa  239  2e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.395016  normal  0.753333 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.28 
 
 
254 aa  238  6.999999999999999e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1229  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.44 
 
 
252 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.117991  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.85 
 
 
256 aa  236  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234214  normal  0.520266 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5277  putative oxidoreductase  53.01 
 
 
251 aa  236  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241792  normal  0.218182 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.85 
 
 
252 aa  234  8e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
254 aa  233  1.0000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327041  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.78 
 
 
250 aa  233  2.0000000000000002e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.664052 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.79 
 
 
253 aa  233  3e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.135569  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.85 
 
 
252 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.782191 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
254 aa  232  5e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.225457 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1977  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.42 
 
 
251 aa  231  7.000000000000001e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00188878  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2234  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
254 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.26 
 
 
252 aa  229  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.282406 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.67 
 
 
254 aa  229  3e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  0.164805 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.59 
 
 
253 aa  228  9e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.916878 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.44 
 
 
252 aa  225  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0367815 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3755  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.44 
 
 
252 aa  225  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.44 
 
 
252 aa  225  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0226666 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
252 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.746291 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1708  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.39 
 
 
252 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0406387  normal  0.0847343 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.97 
 
 
252 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.952753 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.97 
 
 
252 aa  222  4e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.185899  normal  0.130679 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.16 
 
 
252 aa  221  6e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.16 
 
 
252 aa  221  6e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.39 
 
 
257 aa  220  1.9999999999999999e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 
256 aa  219  3.9999999999999997e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.560112  normal  0.613587 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.17 
 
 
251 aa  218  5e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.276744  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.46 
 
 
259 aa  218  1e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.99 
 
 
252 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
253 aa  213  1.9999999999999998e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00793153 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.57 
 
 
258 aa  209  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0814456 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1493  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.53 
 
 
247 aa  205  5e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.517658 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  44.8 
 
 
635 aa  194  1e-48  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2234  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.21 
 
 
254 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00670227  normal  0.180357 
 
 
-
 
NC_006684  CNB01810  conserved hypothetical protein  38.04 
 
 
259 aa  161  1e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
238 aa  123  3e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.44 
 
 
246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0571  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.22 
 
 
245 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.653945  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  32.52 
 
 
257 aa  113  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  32.52 
 
 
257 aa  112  4.0000000000000004e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
254 aa  112  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.67 
 
 
239 aa  112  6e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0320  short chain dehydrogenase  39.7 
 
 
267 aa  111  8.000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.130238  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2044  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.67 
 
 
242 aa  111  9e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252391  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.67 
 
 
242 aa  111  9e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1793  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.67 
 
 
242 aa  111  9e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.512815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.67 
 
 
242 aa  111  9e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1958  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.67 
 
 
242 aa  111  9e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0458  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.77 
 
 
245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2065  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.67 
 
 
239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000861938  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.67 
 
 
239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.67 
 
 
239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  0.00000000000000894376 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.67 
 
 
239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.591310000000001e-44 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.77 
 
 
245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.82564  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.54 
 
 
258 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.96 
 
 
248 aa  110  3e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
258 aa  109  3e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
338 aa  109  5e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.2 
 
 
258 aa  109  5e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  38.35 
 
 
263 aa  108  6e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.37 
 
 
249 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  37.16 
 
 
254 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.78 
 
 
261 aa  108  8.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.47 
 
 
246 aa  108  9.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0091  putative serine dehydrogenase  31.4 
 
 
252 aa  108  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0265  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.32 
 
 
248 aa  107  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.534726  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
263 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.47 
 
 
246 aa  107  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  37.86 
 
 
263 aa  107  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  37.86 
 
 
263 aa  107  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  37.86 
 
 
263 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.63 
 
 
286 aa  107  2e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0921038  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  37.86 
 
 
263 aa  107  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0977  NADP-dependent l-serine/l-allo-threonine dehydrogenase ydfg  28.69 
 
 
248 aa  107  2e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.616956  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>