41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3074 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3074  hypothetical protein  100 
 
 
161 aa  330  6e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.479562  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0814  hypothetical protein  48.03 
 
 
159 aa  156  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.226428  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3397  hypothetical protein  52.59 
 
 
161 aa  155  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.492044  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1237  hypothetical protein  47.24 
 
 
151 aa  135  3.0000000000000003e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1237  hypothetical protein  47.24 
 
 
151 aa  135  3.0000000000000003e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2766  hypothetical protein  45.03 
 
 
150 aa  134  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.395057  hitchhiker  0.00432931 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1901  YHS  41.61 
 
 
155 aa  120  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0342245  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2573  hypothetical protein  44.44 
 
 
151 aa  116  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.243278  hitchhiker  0.000000387567 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2511  YHS domain protein  46.96 
 
 
150 aa  112  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0278163 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0295  YHS domain-containing protein  42.98 
 
 
150 aa  112  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1024  hypothetical protein  37.33 
 
 
181 aa  109  1.0000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.476818  normal  0.586442 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3004  YHS domain-containing protein  46.43 
 
 
152 aa  108  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.392798  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0661  hypothetical protein  43.2 
 
 
190 aa  107  7.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.313662  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1502  YHS domain-containing protein  39.86 
 
 
147 aa  105  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000768373 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3054  YHS domain-containing protein  42.34 
 
 
149 aa  99.8  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.190417  hitchhiker  0.00884153 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1871  hypothetical protein  42.11 
 
 
177 aa  97.4  6e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3840  hypothetical protein  40.71 
 
 
163 aa  97.1  8e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000166878  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0413  hypothetical protein  38.64 
 
 
141 aa  96.7  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.940702  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2513  hypothetical protein  44.83 
 
 
158 aa  95.1  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0288069 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0591  hypothetical protein  37.12 
 
 
148 aa  92.8  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.115695  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2051  hypothetical protein  39.86 
 
 
160 aa  92  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1716  hypothetical protein  38.46 
 
 
211 aa  89.4  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000302746 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3420  hypothetical protein  40 
 
 
168 aa  88.6  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0574183  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2489  hypothetical protein  35.71 
 
 
174 aa  88.2  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2799  twin-arginine translocation pathway signal sequence domain-containing protein  35.71 
 
 
156 aa  86.7  1e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0344  YHS domain-containing protein  40.37 
 
 
159 aa  85.5  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0281  YHS domain protein  39.02 
 
 
163 aa  82.8  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01845  hypothetical protein  35 
 
 
150 aa  80.9  0.000000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.207418  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6562  hypothetical protein  33.33 
 
 
176 aa  79.3  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4250  hypothetical protein  30.3 
 
 
168 aa  78.6  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.531589  normal  0.449683 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0517  hypothetical protein  28.05 
 
 
168 aa  78.2  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2517  YHS domain protein  34.65 
 
 
181 aa  76.3  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.483229  normal  0.0264071 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3923  hypothetical protein  33.91 
 
 
168 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.000190971  normal  0.484553 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3825  hypothetical protein  33.04 
 
 
137 aa  75.5  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.972856 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1814  hypothetical protein  31.58 
 
 
168 aa  72.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3681  hypothetical protein  29.55 
 
 
168 aa  70.5  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.137304  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3379  hypothetical protein  31.62 
 
 
190 aa  70.9  0.000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1729  YHS  27.46 
 
 
177 aa  70.1  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4039  hypothetical protein  30.09 
 
 
194 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.285921  normal  0.0353686 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4842  hypothetical protein  32.18 
 
 
159 aa  47.4  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.203705  normal  0.0407983 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1688  hypothetical protein  37.18 
 
 
160 aa  47  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0271736  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>