More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3049 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3049  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 554 aa  1149    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1417  twin-arginine translocation pathway signal  53.43 
 
 		 555 aa  591  1e-167  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.628959  normal  0.153951 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1490  extracellular solute-binding protein family 5  50.91 
 
 		 555 aa  572  1.0000000000000001e-162  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.758744 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2156  extracellular solute-binding protein  52.67 
 
 		 543 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.470572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1360  extracellular solute-binding protein  51.38 
 
 		 543 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0151381 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2463  twin-arginine translocation pathway signal  50.47 
 
 		 555 aa  532  1e-150  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.31086  hitchhiker  0.000559828 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2062  twin-arginine translocation pathway signal  50.36 
 
 		 550 aa  521  1e-146  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.511061  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2703  ABC dipeptide transporter, periplasmic binding protein  53.03 
 
 		 501 aa  514  1e-144  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.22446  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  34.38 
 
 		 555 aa  323  7e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  29.06 
 
 		 523 aa  191  4e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  27.77 
 
 		 525 aa  155  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 		 529 aa  152  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  27.57 
 
 		 529 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  27.21 
 
 		 529 aa  150  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  27.68 
 
 		 513 aa  147  5e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  27.84 
 
 		 520 aa  142  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  26.82 
 
 		 526 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  25.68 
 
 		 518 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  27.85 
 
 		 544 aa  133  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  23.85 
 
 		 550 aa  133  1.0000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  25.91 
 
 		 554 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  26.45 
 
 		 496 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  30.09 
 
 		 494 aa  130  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1749  extracellular solute-binding protein family 5  24.34 
 
 		 538 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.483604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 		 561 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  25.23 
 
 		 554 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3152  extracellular solute-binding protein family 5  27.62 
 
 		 506 aa  125  3e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 		 535 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  26.53 
 
 		 512 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  25.13 
 
 		 545 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  25.48 
 
 		 535 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  26.4 
 
 		 527 aa  121  3.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 		 529 aa  120  9e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6274  extracellular solute-binding protein family 5  25.62 
 
 		 511 aa  120  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0245039 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  26.37 
 
 		 492 aa  118  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  25.68 
 
 		 538 aa  117  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.38 
 
 		 516 aa  117  5e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24.42 
 
 		 545 aa  117  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  28.22 
 
 		 514 aa  117  6e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.21 
 
 		 508 aa  116  8.999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  24.76 
 
 		 535 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  23.94 
 
 		 516 aa  115  3e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  27.29 
 
 		 534 aa  115  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 		 493 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0139  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 		 502 aa  114  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.184027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3619  extracellular solute-binding protein  26.64 
 
 		 495 aa  113  8.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43082  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0469  extracellular solute-binding protein family 5  25.45 
 
 		 554 aa  113  1.0000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.232879  normal  0.208856 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 		 540 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  26.6 
 
 		 539 aa  112  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  23.75 
 
 		 532 aa  111  4.0000000000000004e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  27.27 
 
 		 509 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 		 513 aa  111  4.0000000000000004e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4354  extracellular solute-binding protein family 5  24.73 
 
 		 497 aa  110  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148655  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  27.06 
 
 		 534 aa  110  6e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 		 527 aa  110  6e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.91 
 
 		 526 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  27.06 
 
 		 534 aa  109  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  23.76 
 
 		 535 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  24.86 
 
 		 522 aa  108  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  27.04 
 
 		 508 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6472  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  26.37 
 
 		 495 aa  107  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.149439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  30.7 
 
 		 492 aa  107  7e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 		 519 aa  107  8e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  23.29 
 
 		 516 aa  106  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1506  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 		 501 aa  106  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0306373  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1012  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.12 
 
 		 492 aa  105  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622148  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0954  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.82 
 
 		 479 aa  105  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  25.78 
 
 		 532 aa  105  2e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4355  extracellular solute-binding protein family 5  26.82 
 
 		 495 aa  105  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0355555  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  23.25 
 
 		 538 aa  105  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  26.51 
 
 		 489 aa  105  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  22.39 
 
 		 536 aa  104  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  25.64 
 
 		 544 aa  104  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 		 522 aa  104  5e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.8 
 
 		 542 aa  102  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  24.54 
 
 		 535 aa  103  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  23.6 
 
 		 538 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4320  extracellular solute-binding protein family 5  24.33 
 
 		 554 aa  102  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  26.28 
 
 		 527 aa  102  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4832  putative ABC transporter (substrate binding protein)  22.96 
 
 		 551 aa  101  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264059  normal  0.92248 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0038  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 533 aa  102  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.830083  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  24.84 
 
 		 559 aa  101  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.27 
 
 		 531 aa  101  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3596  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 		 526 aa  101  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3812  extracellular solute-binding protein family 5  25.89 
 
 		 528 aa  101  4e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0629305 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  26.06 
 
 		 520 aa  100  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4685  extracellular solute-binding protein  26.08 
 
 		 532 aa  100  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.192999  normal  0.292705 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0547  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 		 531 aa  100  9e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3074  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 		 536 aa  100  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0537  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  23.48 
 
 		 525 aa  100  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.75807  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 		 511 aa  99.8  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  26.8 
 
 		 524 aa  99.8  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  24.46 
 
 		 537 aa  99.8  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0753  extracellular solute-binding protein  23.23 
 
 		 490 aa  98.6  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139724  normal  0.17962 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  24.38 
 
 		 534 aa  99.4  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  26.49 
 
 		 519 aa  99  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  26.67 
 
 		 532 aa  99  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5184  ABC-type transporter, substrate binding protein  24.29 
 
 		 550 aa  99  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.532866  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1698  extracellular solute-binding protein family 5  24.3 
 
 		 537 aa  99.4  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0467  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  23.98 
 
 		 525 aa  98.2  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>