More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3037 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3037  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 219 aa  124  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  37.62 
 
 		 222 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  38.12 
 
 		 222 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  38.05 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.35 
 
 		 220 aa  114  7.999999999999999e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  35.35 
 
 		 220 aa  114  7.999999999999999e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.35 
 
 		 220 aa  114  7.999999999999999e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.35 
 
 		 220 aa  114  7.999999999999999e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  35.35 
 
 		 220 aa  114  7.999999999999999e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.35 
 
 		 220 aa  114  7.999999999999999e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.35 
 
 		 220 aa  114  7.999999999999999e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  35.35 
 
 		 220 aa  114  7.999999999999999e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  41.62 
 
 		 235 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  34.85 
 
 		 220 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 236 aa  112  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  37.21 
 
 		 236 aa  111  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 		 237 aa  111  8.000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  36.23 
 
 		 238 aa  110  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  36.22 
 
 		 226 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  29.49 
 
 		 234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  37.06 
 
 		 227 aa  108  5e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 235 aa  104  9e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 243 aa  104  9e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.33 
 
 		 225 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.68 
 
 		 225 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.33 
 
 		 225 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.33 
 
 		 225 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.33 
 
 		 225 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 235 aa  102  5e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 241 aa  102  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 219 aa  101  7e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.46 
 
 		 231 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  34.39 
 
 		 226 aa  100  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  36.36 
 
 		 224 aa  99.8  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 246 aa  99.4  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 246 aa  99  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.46 
 
 		 266 aa  98.2  8e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 255 aa  98.2  9e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  31.94 
 
 		 231 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  35.15 
 
 		 224 aa  97.8  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 260 aa  96.7  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 247 aa  95.1  8e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 253 aa  94  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  28.84 
 
 		 235 aa  94  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 245 aa  92.8  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 242 aa  92  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 244 aa  91.7  8e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 220 aa  90.1  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  31.95 
 
 		 230 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  32.16 
 
 		 246 aa  87  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 241 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  31.79 
 
 		 249 aa  84.3  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  31.79 
 
 		 249 aa  84.3  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 245 aa  80.5  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  32.86 
 
 		 223 aa  75.5  0.0000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 251 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  25.76 
 
 		 214 aa  69.7  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 262 aa  67.8  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  24.39 
 
 		 219 aa  66.2  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5221  transcriptional regulator, GntR family  29.89 
 
 		 218 aa  65.9  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.910392 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 222 aa  64.3  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  24.76 
 
 		 225 aa  64.3  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 222 aa  64.7  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  38.3 
 
 		 223 aa  63.9  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 222 aa  63.5  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 226 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 244 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  31.96 
 
 		 251 aa  62  0.000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 		 232 aa  61.6  0.000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 230 aa  61.6  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 226 aa  60.8  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2025  transcriptional regulator, GntR family  33.56 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00234923  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2360  GntR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 247 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.68775 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0311  GntR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 202 aa  58.9  0.00000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  28.26 
 
 		 222 aa  58.5  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 223 aa  58.5  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 221 aa  57.8  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  24.86 
 
 		 226 aa  57.4  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 217 aa  57  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  27.9 
 
 		 233 aa  57  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5914  transcriptional regulator, GntR family  26.9 
 
 		 243 aa  55.8  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.961809  normal  0.157742 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 222 aa  56.2  0.0000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4456  GntR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4083  GntR domain protein  30 
 
 		 222 aa  55.5  0.0000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0470  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 262 aa  55.5  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 248 aa  53.5  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  38.75 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 231 aa  53.9  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0130  GntR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 228 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3051  GntR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 231 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.487001  normal  0.14634 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  39.51 
 
 		 227 aa  53.1  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 215 aa  52.8  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  40 
 
 		 219 aa  52.8  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 257 aa  52.8  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 215 aa  52.8  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>