More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3102 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3102  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
239 aa  495  1e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.644499  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  45.49 
 
 
236 aa  219  1.9999999999999999e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5194  LuxR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5781  response regulator receiver protein  29.88 
 
 
243 aa  116  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305702  hitchhiker  0.00700374 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2210  LuxR family transcriptional regulator  28.51 
 
 
240 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  30.13 
 
 
233 aa  111  9e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
268 aa  106  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  28.38 
 
 
233 aa  105  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  28.38 
 
 
233 aa  105  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2028  LuxR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
242 aa  105  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  30.51 
 
 
241 aa  99.8  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  28.99 
 
 
241 aa  99.8  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  30.04 
 
 
241 aa  97.8  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  36.02 
 
 
244 aa  97.8  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0694  transcriptional regulator, LuxR family  33.19 
 
 
242 aa  96.3  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3348  transcriptional regulator, LuxR family  31.38 
 
 
238 aa  95.1  8e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1709  transcriptional regulator, LuxR family  27.39 
 
 
251 aa  93.6  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1559  regulatory protein LuxR  29.61 
 
 
246 aa  76.3  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  34.18 
 
 
251 aa  73.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  26.1 
 
 
250 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  28.93 
 
 
307 aa  73.2  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  26.51 
 
 
248 aa  72  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  29.11 
 
 
246 aa  71.6  0.000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  31.02 
 
 
254 aa  72  0.000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  28.11 
 
 
260 aa  71.2  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  25.97 
 
 
320 aa  70.5  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
244 aa  70.1  0.00000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  25.94 
 
 
228 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  25.94 
 
 
228 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  27.47 
 
 
239 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  24.34 
 
 
247 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1890  transcriptional regulator LuxR family  33.75 
 
 
246 aa  69.3  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.546749  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  29.26 
 
 
253 aa  68.9  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4359  regulatory protein, LuxR  25.61 
 
 
301 aa  68.9  0.00000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  32.64 
 
 
251 aa  67.8  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  25.41 
 
 
237 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.4 
 
 
234 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  26.89 
 
 
229 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  24.86 
 
 
237 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  25.4 
 
 
234 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.4 
 
 
234 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0119  LuxR family transcriptional regulator  26.55 
 
 
259 aa  65.9  0.0000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.608376  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0110  LuxR family transcriptional regulator  26.55 
 
 
268 aa  65.9  0.0000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.514691  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.4 
 
 
236 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  27.76 
 
 
245 aa  65.5  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  30.6 
 
 
240 aa  65.1  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  25.39 
 
 
247 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  30.85 
 
 
244 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.52 
 
 
239 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.79 
 
 
239 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  25.79 
 
 
239 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  25.79 
 
 
239 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.79 
 
 
239 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  28.88 
 
 
237 aa  63.2  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  28.88 
 
 
237 aa  63.2  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.79 
 
 
239 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.79 
 
 
239 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  25.79 
 
 
239 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  29.51 
 
 
248 aa  63.2  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  24.3 
 
 
242 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  25.76 
 
 
247 aa  62.8  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  24.79 
 
 
234 aa  62.8  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3140  regulatory protein LuxR  27.02 
 
 
246 aa  62.4  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  26.7 
 
 
213 aa  62.4  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  26.42 
 
 
235 aa  62  0.000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  27.92 
 
 
245 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  23.87 
 
 
235 aa  60.1  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  26.52 
 
 
230 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  25.41 
 
 
237 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
239 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  25.41 
 
 
237 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  27 
 
 
239 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  25.41 
 
 
237 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  31.52 
 
 
241 aa  59.7  0.00000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  30.11 
 
 
242 aa  59.7  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  23.87 
 
 
235 aa  59.7  0.00000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.41 
 
 
425 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  25.42 
 
 
242 aa  58.9  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  24.34 
 
 
242 aa  58.9  0.00000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.12 
 
 
238 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.12 
 
 
238 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.12 
 
 
238 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.12 
 
 
238 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
239 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
239 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
239 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.12 
 
 
238 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  26.88 
 
 
241 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  26.88 
 
 
224 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  27.17 
 
 
230 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.17 
 
 
230 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.17 
 
 
230 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  27.17 
 
 
230 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.51 
 
 
394 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.17 
 
 
230 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.17 
 
 
230 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  20.63 
 
 
248 aa  57.8  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  26.8 
 
 
239 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.93 
 
 
240 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.93 
 
 
240 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>