More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3140 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_3140  regulatory protein LuxR  100 
 
 
246 aa  505  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  57.77 
 
 
251 aa  306  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  56.5 
 
 
246 aa  298  4e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  54.8 
 
 
251 aa  293  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  28.34 
 
 
243 aa  100  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  29.86 
 
 
242 aa  97.1  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
242 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  28.45 
 
 
243 aa  96.7  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
240 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  27.94 
 
 
240 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  27.94 
 
 
243 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  27.94 
 
 
243 aa  93.2  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.94 
 
 
240 aa  92.8  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.53 
 
 
240 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
245 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.53 
 
 
240 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  28.44 
 
 
242 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.53 
 
 
240 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  29.46 
 
 
239 aa  90.1  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.46 
 
 
239 aa  90.1  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  29.46 
 
 
239 aa  90.1  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  28.95 
 
 
244 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.46 
 
 
239 aa  90.1  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.46 
 
 
239 aa  90.1  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.46 
 
 
239 aa  90.1  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.46 
 
 
239 aa  90.1  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.57 
 
 
240 aa  89.7  4e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 
239 aa  89.4  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.22 
 
 
239 aa  88.6  8e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  29.24 
 
 
231 aa  88.6  8e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  29.34 
 
 
239 aa  88.6  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 
239 aa  88.2  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.13 
 
 
240 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.13 
 
 
240 aa  88.2  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 
239 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 
239 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 
239 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  29.07 
 
 
236 aa  86.7  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  25.42 
 
 
242 aa  85.9  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  26.25 
 
 
241 aa  85.5  7e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.62 
 
 
240 aa  83.6  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.62 
 
 
240 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.62 
 
 
240 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.62 
 
 
240 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.62 
 
 
240 aa  83.6  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  25.39 
 
 
248 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  28.51 
 
 
245 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  27.98 
 
 
237 aa  83.2  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  27.98 
 
 
237 aa  83.2  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  28.45 
 
 
239 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  27.23 
 
 
245 aa  82.4  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
228 aa  80.9  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  29.78 
 
 
224 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  25 
 
 
243 aa  80.9  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  26.27 
 
 
248 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
247 aa  80.1  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  26.27 
 
 
248 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  28.15 
 
 
241 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  28.88 
 
 
244 aa  79.7  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  28.34 
 
 
244 aa  79.7  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  26.86 
 
 
237 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  27.78 
 
 
230 aa  79.3  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
242 aa  79  0.00000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.55 
 
 
241 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.55 
 
 
237 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.55 
 
 
237 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.55 
 
 
241 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.55 
 
 
241 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.55 
 
 
237 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.55 
 
 
241 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  27.98 
 
 
254 aa  77.8  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  26.45 
 
 
237 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.15 
 
 
241 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  28.8 
 
 
307 aa  76.6  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  27.46 
 
 
265 aa  76.6  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  27.66 
 
 
240 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
228 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
228 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  25.31 
 
 
235 aa  74.7  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  27.66 
 
 
240 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  25.31 
 
 
235 aa  74.3  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  27.24 
 
 
235 aa  73.6  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  27.78 
 
 
246 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  25.32 
 
 
248 aa  73.2  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  23.97 
 
 
239 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.45 
 
 
234 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  24.69 
 
 
239 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  22.55 
 
 
247 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  24.19 
 
 
240 aa  70.5  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  21.7 
 
 
247 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  25 
 
 
234 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  24.69 
 
 
239 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25 
 
 
236 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  27.98 
 
 
235 aa  70.5  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25 
 
 
234 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  26.77 
 
 
244 aa  69.3  0.00000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  26.88 
 
 
250 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  25.62 
 
 
230 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  25.62 
 
 
230 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  25.62 
 
 
230 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>