226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2028 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2028  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 242 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5194  LuxR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 242 aa  216  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2210  LuxR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 240 aa  204  7e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5781  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 243 aa  199  3e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305702  hitchhiker  0.00700374 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  32.91 
 
 		 236 aa  123  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 268 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  31.76 
 
 		 241 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  31.76 
 
 		 241 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 233 aa  108  6e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  31.16 
 
 		 233 aa  108  6e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  33.8 
 
 		 244 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3102  LuxR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 239 aa  105  6e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.644499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  31.69 
 
 		 233 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 241 aa  101  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1559  regulatory protein LuxR  27.96 
 
 		 246 aa  92.8  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  33.7 
 
 		 253 aa  91.3  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3348  transcriptional regulator, LuxR family  28.33 
 
 		 238 aa  91.3  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  30.53 
 
 		 213 aa  84.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1709  transcriptional regulator, LuxR family  27.35 
 
 		 251 aa  83.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0694  transcriptional regulator, LuxR family  25.32 
 
 		 242 aa  80.9  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  26.56 
 
 		 307 aa  73.9  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  26.04 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  25 
 
 		 239 aa  71.6  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  24.27 
 
 		 237 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 244 aa  70.5  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  27.13 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  28.65 
 
 		 254 aa  70.1  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 234 aa  69.7  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  26.21 
 
 		 235 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 260 aa  68.2  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  23.43 
 
 		 237 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.63 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  26.63 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  26.63 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  26.63 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 246 aa  66.2  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0791  LuxR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 236 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0904596  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4647  LuxR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 279 aa  65.1  0.0000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.41 
 
 		 238 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 228 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4889  autoinducer-binding domain-containing protein  26.77 
 
 		 233 aa  64.7  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70592  normal  0.843155 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 228 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.41 
 
 		 238 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.41 
 
 		 238 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.41 
 
 		 238 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.41 
 
 		 238 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  23.91 
 
 		 247 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4359  regulatory protein, LuxR  26.53 
 
 		 301 aa  63.9  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  26.73 
 
 		 234 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.8 
 
 		 394 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 242 aa  63.2  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4641  LuxR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 235 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.226579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  24.76 
 
 		 247 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 245 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0619  LuxR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 203 aa  60.8  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6196  transcriptional regulator, LuxR family  26.11 
 
 		 275 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 234 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  27.13 
 
 		 320 aa  59.7  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6376  transcriptional regulator, LuxR family  26.23 
 
 		 258 aa  59.7  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.888984 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.98 
 
 		 425 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 239 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  24.74 
 
 		 250 aa  59.7  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 242 aa  59.3  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  27.64 
 
 		 237 aa  59.3  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  27.64 
 
 		 237 aa  59.3  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  29.38 
 
 		 235 aa  58.9  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3193  LuxR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.800778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  25.26 
 
 		 234 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 242 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2976  LuxR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 255 aa  57.8  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.575225 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.26 
 
 		 234 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.32 
 
 		 236 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  22.69 
 
 		 241 aa  57.4  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2179  LuxR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 239 aa  57.4  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  27.37 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  23.58 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0119  LuxR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.608376  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0311  transcriptional regulator  31.66 
 
 		 203 aa  57  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.421668 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.26 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  19.65 
 
 		 248 aa  55.8  0.0000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0110  LuxR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 268 aa  56.2  0.0000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.514691  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4539  transcriptional regulator, LuxR family, autoinducer-regulated  25 
 
 		 254 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  21.43 
 
 		 236 aa  55.5  0.0000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 247 aa  55.5  0.0000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  27.37 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 247 aa  54.7  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 247 aa  54.7  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1890  transcriptional regulator LuxR family  28.03 
 
 		 246 aa  54.7  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.546749  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  27.37 
 
 		 241 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 247 aa  54.7  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4216  regulatory protein, LuxR  25.77 
 
 		 254 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  25.76 
 
 		 244 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.9 
 
 		 240 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>