More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5810 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
228 aa  473  1e-133  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
228 aa  473  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  44.34 
 
 
248 aa  189  4e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 
239 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  38.53 
 
 
237 aa  178  4.999999999999999e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  39.91 
 
 
237 aa  178  7e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  40.35 
 
 
241 aa  177  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  39.91 
 
 
237 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  40.35 
 
 
241 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  40.35 
 
 
241 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  39.82 
 
 
239 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  39.82 
 
 
239 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  40.35 
 
 
241 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  39.82 
 
 
239 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  39.82 
 
 
239 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  39.82 
 
 
239 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  39.82 
 
 
239 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  39.82 
 
 
239 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  40.35 
 
 
241 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  40.35 
 
 
237 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  40.35 
 
 
237 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  40.35 
 
 
237 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  39.82 
 
 
239 aa  175  7e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  42.47 
 
 
239 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  41.67 
 
 
234 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.67 
 
 
236 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.67 
 
 
234 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  40.64 
 
 
239 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  40.64 
 
 
239 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  41.23 
 
 
234 aa  168  5e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  40.99 
 
 
239 aa  168  6e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  40.99 
 
 
239 aa  168  6e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  40.99 
 
 
239 aa  168  6e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  39.81 
 
 
239 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  39.09 
 
 
237 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  39.09 
 
 
237 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  38.43 
 
 
235 aa  160  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  37.79 
 
 
236 aa  158  7e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
237 aa  156  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
237 aa  156  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
237 aa  156  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  37.9 
 
 
224 aa  138  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5910  LuxR family transcriptional regulator  37.1 
 
 
237 aa  137  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0531603  decreased coverage  0.00148471 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  37.9 
 
 
241 aa  137  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  36.99 
 
 
240 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  36.7 
 
 
240 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  36.7 
 
 
240 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  36.7 
 
 
240 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  36.99 
 
 
240 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  35.45 
 
 
240 aa  132  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  33.63 
 
 
235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  33.19 
 
 
235 aa  129  5.0000000000000004e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  34.84 
 
 
240 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  34.84 
 
 
240 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  34.84 
 
 
240 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  34.84 
 
 
240 aa  126  3e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  34.84 
 
 
240 aa  126  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 
240 aa  124  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  33.33 
 
 
240 aa  124  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4647  LuxR family transcriptional regulator  33.48 
 
 
279 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  34.04 
 
 
244 aa  120  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  33.64 
 
 
235 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1681  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.35 
 
 
238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4641  LuxR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
235 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.226579  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  32.59 
 
 
235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.55 
 
 
238 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.55 
 
 
238 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.55 
 
 
238 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.55 
 
 
238 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.55 
 
 
238 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.55 
 
 
394 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0791  LuxR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
236 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0904596  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  38.34 
 
 
253 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.22 
 
 
425 aa  112  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  29.74 
 
 
248 aa  107  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  29.29 
 
 
307 aa  106  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
247 aa  103  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  33.16 
 
 
254 aa  103  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
248 aa  102  5e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1833  LuxR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
238 aa  102  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.873673  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  33.85 
 
 
247 aa  99  5e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4889  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
235 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.672367  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  36.02 
 
 
242 aa  97.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 
243 aa  96.3  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  34.01 
 
 
213 aa  95.1  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
260 aa  93.2  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  30.96 
 
 
234 aa  93.2  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  32.42 
 
 
230 aa  92.8  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  32.42 
 
 
230 aa  92.8  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
248 aa  92.8  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  32.42 
 
 
230 aa  92.8  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  32.42 
 
 
230 aa  92.8  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  32.42 
 
 
230 aa  92.8  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
248 aa  92.8  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  32.42 
 
 
230 aa  92.8  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  34.41 
 
 
242 aa  92.4  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
229 aa  92.4  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
242 aa  92  6e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  30.65 
 
 
234 aa  91.7  8e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
234 aa  90.9  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>