More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5781 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5781  response regulator receiver protein  100 
 
 		 243 aa  499  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305702  hitchhiker  0.00700374 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2028  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 242 aa  199  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2210  LuxR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 240 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5194  LuxR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 242 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  33.92 
 
 		 233 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 233 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  33.92 
 
 		 233 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  31.95 
 
 		 236 aa  120  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3102  LuxR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.644499  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  30.17 
 
 		 241 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  30.71 
 
 		 241 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  33.18 
 
 		 244 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 268 aa  108  6e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 241 aa  107  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 260 aa  96.3  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  36.02 
 
 		 253 aa  94.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1559  regulatory protein LuxR  29.44 
 
 		 246 aa  94  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  28.16 
 
 		 307 aa  87.8  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 244 aa  84  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0694  transcriptional regulator, LuxR family  27.16 
 
 		 242 aa  83.6  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1709  transcriptional regulator, LuxR family  25.66 
 
 		 251 aa  82.4  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3348  transcriptional regulator, LuxR family  28.9 
 
 		 238 aa  79.3  0.00000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  27.83 
 
 		 213 aa  79  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  29.17 
 
 		 254 aa  74.7  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.72 
 
 		 236 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.72 
 
 		 234 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  28.72 
 
 		 234 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.19 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  25.96 
 
 		 246 aa  70.1  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 241 aa  69.3  0.00000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 248 aa  68.9  0.00000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  22.51 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  29.17 
 
 		 242 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 234 aa  67.4  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 242 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  22.51 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 243 aa  65.5  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  24.68 
 
 		 243 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  23.61 
 
 		 234 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3193  LuxR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 243 aa  64.3  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.800778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  29.41 
 
 		 243 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  22.36 
 
 		 237 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  22.37 
 
 		 237 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  28.75 
 
 		 243 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 242 aa  62.4  0.000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  24.37 
 
 		 230 aa  62.4  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 242 aa  62  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1890  transcriptional regulator LuxR family  27.89 
 
 		 246 aa  61.2  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.546749  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  25.88 
 
 		 320 aa  61.2  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.48 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4539  transcriptional regulator, LuxR family, autoinducer-regulated  30.57 
 
 		 254 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.48 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.48 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  30.48 
 
 		 243 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.48 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  21.43 
 
 		 248 aa  60.5  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.48 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  28.34 
 
 		 235 aa  60.1  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 247 aa  60.1  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 234 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 245 aa  59.7  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 245 aa  59.7  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 245 aa  59.7  0.00000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  24.69 
 
 		 246 aa  59.7  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4216  regulatory protein, LuxR  29.69 
 
 		 254 aa  59.3  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.48 
 
 		 394 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6196  transcriptional regulator, LuxR family  26.56 
 
 		 275 aa  59.3  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 228 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.26 
 
 		 425 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 247 aa  59.3  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 247 aa  59.3  0.00000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 228 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 247 aa  59.3  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  20.08 
 
 		 247 aa  58.9  0.00000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 240 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 321 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5493  transcriptional regulator, LuxR family  26.69 
 
 		 236 aa  57  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  25.42 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  25.42 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  25.96 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4889  autoinducer-binding domain-containing protein  24.66 
 
 		 233 aa  57.4  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70592  normal  0.843155 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  25.42 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.42 
 
 		 230 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  25.71 
 
 		 240 aa  57  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6376  transcriptional regulator, LuxR family  26.04 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.888984 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  30.51 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  25.71 
 
 		 240 aa  57  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0339  transcriptional regulator, LuxR family  32.24 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.872821  normal  0.0558568 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  31.41 
 
 		 241 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  25.77 
 
 		 236 aa  55.8  0.0000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.02 
 
 		 240 aa  55.5  0.0000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  27.37 
 
 		 242 aa  55.5  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.41 
 
 		 240 aa  55.1  0.0000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>