More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0965 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  100 
 
 		 248 aa  514  1.0000000000000001e-145  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  61.94 
 
 		 247 aa  313  1.9999999999999998e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 248 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 244 aa  151  8e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 247 aa  132  6e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.71 
 
 		 238 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.71 
 
 		 238 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.71 
 
 		 238 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.71 
 
 		 238 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.71 
 
 		 238 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.57 
 
 		 425 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  33.03 
 
 		 234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.9 
 
 		 394 aa  119  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 234 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 234 aa  119  6e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  29.96 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  29.96 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.17 
 
 		 234 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  34.72 
 
 		 253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  29.61 
 
 		 254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  29.69 
 
 		 236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.33 
 
 		 234 aa  108  6e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  28.33 
 
 		 234 aa  108  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.33 
 
 		 236 aa  108  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  27.85 
 
 		 237 aa  107  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  28.15 
 
 		 245 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  27.85 
 
 		 237 aa  107  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  31.36 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  31.36 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  31.36 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  31.36 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  31.36 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  31.36 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  31.36 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  27.2 
 
 		 243 aa  106  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  26.91 
 
 		 307 aa  106  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.36 
 
 		 239 aa  106  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 239 aa  105  6e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  27.2 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  27.2 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 239 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 239 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 239 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 239 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 239 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 260 aa  102  6e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 231 aa  102  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 321 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  26.36 
 
 		 237 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  23.95 
 
 		 235 aa  98.2  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.82 
 
 		 241 aa  97.8  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.97 
 
 		 240 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.97 
 
 		 240 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 228 aa  96.7  3e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 237 aa  96.3  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 237 aa  96.3  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 237 aa  96.3  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  25.63 
 
 		 237 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 242 aa  95.9  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.41 
 
 		 241 aa  95.5  7e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.41 
 
 		 241 aa  95.5  7e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 241 aa  95.5  7e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.41 
 
 		 241 aa  95.5  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  30.29 
 
 		 243 aa  95.5  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.41 
 
 		 241 aa  95.5  7e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 242 aa  95.1  8e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.41 
 
 		 237 aa  95.1  9e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.41 
 
 		 237 aa  95.1  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.41 
 
 		 237 aa  95.1  9e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  28.5 
 
 		 240 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  27.97 
 
 		 248 aa  94.7  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.5 
 
 		 240 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.5 
 
 		 240 aa  94.4  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  29.51 
 
 		 243 aa  94.4  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  25.31 
 
 		 244 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 242 aa  94.4  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.5 
 
 		 240 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 240 aa  93.2  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.5 
 
 		 240 aa  93.2  4e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  30.05 
 
 		 235 aa  92.8  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  27.42 
 
 		 246 aa  92  7e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 229 aa  92  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 235 aa  91.7  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  27.42 
 
 		 240 aa  90.5  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  30.89 
 
 		 230 aa  90.5  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 230 aa  90.5  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 230 aa  90.5  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 239 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 230 aa  90.5  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  30.89 
 
 		 230 aa  90.5  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.89 
 
 		 230 aa  90.5  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5910  LuxR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 237 aa  90.5  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0531603  decreased coverage  0.00148471 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  30.89 
 
 		 230 aa  90.5  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 235 aa  90.1  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 242 aa  89  6e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>