More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3321 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
240 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  61.48 
 
 
241 aa  310  9e-84  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  62.08 
 
 
240 aa  295  6e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  62.08 
 
 
240 aa  294  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  39.26 
 
 
243 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  38.84 
 
 
243 aa  180  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  41.35 
 
 
242 aa  176  3e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  38.84 
 
 
243 aa  176  4e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  36.63 
 
 
244 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  37.45 
 
 
245 aa  152  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  36.78 
 
 
243 aa  152  5e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
231 aa  142  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  35.39 
 
 
265 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
242 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
228 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  32.22 
 
 
245 aa  126  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  32.34 
 
 
246 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  35.32 
 
 
243 aa  125  9e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  35.59 
 
 
242 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  35.39 
 
 
248 aa  122  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  35.39 
 
 
248 aa  122  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  33.73 
 
 
251 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  35.19 
 
 
251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  30.38 
 
 
240 aa  107  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
242 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  32.21 
 
 
246 aa  105  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
247 aa  105  5e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  29.95 
 
 
254 aa  99.8  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
242 aa  98.2  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  27.9 
 
 
245 aa  96.7  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
244 aa  96.3  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  35.52 
 
 
253 aa  95.5  7e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
248 aa  95.5  7e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3140  regulatory protein LuxR  27.69 
 
 
246 aa  94  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  27.48 
 
 
307 aa  93.2  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  27.2 
 
 
248 aa  93.2  4e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  29.72 
 
 
239 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  32.65 
 
 
244 aa  91.3  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  29.72 
 
 
239 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  32.43 
 
 
236 aa  90.9  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  31.86 
 
 
244 aa  90.1  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
239 aa  87.8  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 
235 aa  87.4  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
239 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
239 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
239 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
239 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  30.88 
 
 
286 aa  86.3  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.39 
 
 
239 aa  85.5  6e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  29.58 
 
 
235 aa  85.9  6e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
239 aa  85.5  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  28.17 
 
 
234 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
239 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  30.91 
 
 
239 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  30.91 
 
 
239 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  30.91 
 
 
239 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  30.91 
 
 
239 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
260 aa  84  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  30.91 
 
 
239 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  32.1 
 
 
235 aa  84  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2507  LuxR family transcriptional regulator  25.7 
 
 
239 aa  83.6  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.883175  normal  0.509717 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  30.91 
 
 
239 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  30.91 
 
 
239 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1153  LuxR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
243 aa  83.6  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.446836 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  26.58 
 
 
246 aa  82.8  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
268 aa  82.4  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.74 
 
 
234 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
234 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1575  transcriptional regulator, LuxR family  31.42 
 
 
234 aa  81.6  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.629023  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
230 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  27.65 
 
 
234 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  31.94 
 
 
237 aa  79.7  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  31.94 
 
 
237 aa  79.7  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  33.33 
 
 
235 aa  79.3  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  28.63 
 
 
247 aa  79  0.00000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
229 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  28.46 
 
 
234 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.46 
 
 
236 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.46 
 
 
234 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.66 
 
 
230 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  27.66 
 
 
230 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  27.66 
 
 
230 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 
246 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.66 
 
 
230 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.66 
 
 
230 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.66 
 
 
230 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  27.22 
 
 
321 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  31.35 
 
 
213 aa  77.4  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  28.88 
 
 
248 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  34.83 
 
 
236 aa  77  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  32.07 
 
 
228 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  32.6 
 
 
241 aa  77  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  32.07 
 
 
228 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  27.86 
 
 
230 aa  76.6  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0797  transcriptional regulator, LuxR family  25.97 
 
 
240 aa  77  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5012  regulatory protein, LuxR  28.75 
 
 
289 aa  76.6  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.136049 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.05 
 
 
238 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.05 
 
 
238 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.05 
 
 
238 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.05 
 
 
238 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>