More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_5029 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
243 aa  498  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  93.42 
 
 
243 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  93 
 
 
243 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  45.78 
 
 
244 aa  220  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  42.5 
 
 
242 aa  205  6e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  42.97 
 
 
245 aa  198  7e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  38.84 
 
 
240 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  38.84 
 
 
241 aa  175  7e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 
240 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  36.36 
 
 
240 aa  159  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  33.33 
 
 
243 aa  154  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  33.61 
 
 
265 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  30.6 
 
 
231 aa  124  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
248 aa  123  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
248 aa  123  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  33.47 
 
 
243 aa  122  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 
245 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
228 aa  120  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
242 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  29.17 
 
 
245 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  37.93 
 
 
246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  32.05 
 
 
242 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  29.48 
 
 
307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  27.2 
 
 
248 aa  106  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
260 aa  106  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
247 aa  105  5e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  28.15 
 
 
242 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  31.67 
 
 
254 aa  102  5e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3140  regulatory protein LuxR  28.34 
 
 
246 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
243 aa  98.6  8e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  32.13 
 
 
244 aa  97.4  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  28.24 
 
 
251 aa  96.7  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  27.05 
 
 
247 aa  95.5  7e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  27.67 
 
 
251 aa  95.1  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  26.75 
 
 
248 aa  93.2  4e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  28.84 
 
 
234 aa  92.4  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  29.36 
 
 
234 aa  90.1  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  27.23 
 
 
234 aa  90.1  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2525  LuxR family transcriptional regulator  29.46 
 
 
276 aa  89.4  4e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.853805  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
242 aa  89.7  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  31.77 
 
 
253 aa  88.6  7e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2210  LuxR family transcriptional regulator  27.92 
 
 
240 aa  87.8  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  30.24 
 
 
246 aa  87.8  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  31.32 
 
 
250 aa  87  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
239 aa  86.3  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  27.8 
 
 
239 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  27.8 
 
 
239 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  28.33 
 
 
236 aa  85.5  7e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.1 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.1 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  29.1 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.1 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  29.1 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  31.67 
 
 
213 aa  85.1  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  27.97 
 
 
239 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.1 
 
 
230 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
229 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  27.97 
 
 
239 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  32.02 
 
 
321 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  27.97 
 
 
239 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  27.97 
 
 
239 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  27.97 
 
 
239 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
230 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
268 aa  82.8  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5493  transcriptional regulator, LuxR family  31.84 
 
 
236 aa  82  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 
241 aa  81.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  27.5 
 
 
235 aa  81.6  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
234 aa  81.3  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 
241 aa  81.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  27.2 
 
 
239 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.79 
 
 
238 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.79 
 
 
238 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.79 
 
 
238 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.79 
 
 
238 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.79 
 
 
238 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  28.45 
 
 
235 aa  79.3  0.00000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.79 
 
 
394 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  27.27 
 
 
239 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  27.27 
 
 
239 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.79 
 
 
425 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.27 
 
 
239 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.27 
 
 
239 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.27 
 
 
239 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.27 
 
 
239 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  32.8 
 
 
233 aa  78.6  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  27.27 
 
 
239 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
246 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.14 
 
 
239 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  28.03 
 
 
235 aa  77.8  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1212  LuxR family transcriptional regulator  26.92 
 
 
251 aa  77.8  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.51 
 
 
241 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.51 
 
 
237 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  28.57 
 
 
240 aa  77.4  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.51 
 
 
241 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.51 
 
 
237 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.51 
 
 
241 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.51 
 
 
237 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.51 
 
 
241 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.1 
 
 
241 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  31.55 
 
 
233 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>