More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4435 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 231 aa  474  1e-133  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  94.3 
 
 		 228 aa  422  1e-117  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 240 aa  142  5e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 241 aa  141  7e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  30 
 
 		 243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  30.6 
 
 		 243 aa  124  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  30.17 
 
 		 243 aa  123  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  30.17 
 
 		 243 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  28.14 
 
 		 244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 245 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  33.01 
 
 		 240 aa  115  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  33.01 
 
 		 240 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 265 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 245 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  33.66 
 
 		 242 aa  105  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 248 aa  104  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 248 aa  104  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  33.64 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  29.57 
 
 		 246 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 245 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  29.31 
 
 		 307 aa  102  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  26.07 
 
 		 248 aa  102  5e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 242 aa  101  9e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.11 
 
 		 238 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.11 
 
 		 394 aa  99.8  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.11 
 
 		 238 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.11 
 
 		 238 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.11 
 
 		 238 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.11 
 
 		 238 aa  100  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  30.7 
 
 		 251 aa  99  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  27.85 
 
 		 247 aa  97.1  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 248 aa  96.7  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.87 
 
 		 425 aa  96.3  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  29.77 
 
 		 254 aa  96.3  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 244 aa  94.4  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 260 aa  92.8  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 247 aa  92.8  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  32.28 
 
 		 251 aa  92.4  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  28.11 
 
 		 246 aa  91.3  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 242 aa  90.9  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  33.84 
 
 		 253 aa  89.4  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3140  regulatory protein LuxR  29.24 
 
 		 246 aa  88.6  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  32.2 
 
 		 235 aa  87.4  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 321 aa  86.3  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  31.38 
 
 		 250 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  23.81 
 
 		 240 aa  83.6  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  27.98 
 
 		 236 aa  83.2  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  29.86 
 
 		 234 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 242 aa  82  0.000000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  31.35 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  31.35 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  31.35 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.35 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 234 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 241 aa  80.5  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  31.61 
 
 		 206 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  28.15 
 
 		 239 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  30.54 
 
 		 237 aa  79.3  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  30.54 
 
 		 237 aa  79.3  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  28.77 
 
 		 246 aa  79  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 262 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  27.92 
 
 		 239 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 268 aa  77.4  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  29.83 
 
 		 237 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  26.38 
 
 		 241 aa  76.6  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  27.14 
 
 		 250 aa  75.9  0.0000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  26.18 
 
 		 241 aa  75.9  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  32.61 
 
 		 235 aa  75.1  0.0000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 235 aa  73.9  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  29.54 
 
 		 237 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  31.32 
 
 		 320 aa  73.9  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2588  LuxR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 250 aa  73.9  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 243 aa  73.9  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 246 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 235 aa  73.2  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4641  LuxR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 235 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.226579  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  30.85 
 
 		 248 aa  72.4  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  24.31 
 
 		 242 aa  72.4  0.000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1833  LuxR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 238 aa  72.4  0.000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.873673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.78 
 
 		 236 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3796  LuxR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 237 aa  72  0.000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301827 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  27.78 
 
 		 234 aa  72  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.78 
 
 		 234 aa  72  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 229 aa  72  0.000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  26.19 
 
 		 230 aa  71.6  0.000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 234 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  27.72 
 
 		 213 aa  71.2  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.58 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  25.13 
 
 		 244 aa  70.5  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8140  transcriptional regulator TraR  25.54 
 
 		 227 aa  70.5  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.692827  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 245 aa  69.7  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 237 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 245 aa  69.7  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 237 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 237 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 245 aa  69.7  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>