More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4374 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  100 
 
 
246 aa  512  1e-144  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3140  regulatory protein LuxR  56.5 
 
 
246 aa  316  2e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  56 
 
 
251 aa  299  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  53.39 
 
 
251 aa  281  7.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  33.04 
 
 
243 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  31.42 
 
 
242 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
240 aa  105  5e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  32.46 
 
 
242 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  29.57 
 
 
242 aa  101  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
241 aa  99  7e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  28.09 
 
 
245 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  29.33 
 
 
240 aa  97.1  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  28.64 
 
 
240 aa  97.1  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  30.35 
 
 
243 aa  97.1  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  27.57 
 
 
265 aa  95.1  9e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  27.46 
 
 
242 aa  94  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
228 aa  92.8  4e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  28.19 
 
 
231 aa  92  8e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  27.78 
 
 
243 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  29.13 
 
 
237 aa  89  7e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  29.13 
 
 
237 aa  89  7e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  28.63 
 
 
244 aa  88.2  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  28.86 
 
 
244 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  28.21 
 
 
244 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.92 
 
 
240 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  27.86 
 
 
245 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.92 
 
 
240 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.92 
 
 
240 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.92 
 
 
240 aa  84.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.92 
 
 
240 aa  84.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.35 
 
 
234 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.84 
 
 
241 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2798  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.64 
 
 
237 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.675669  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  27.93 
 
 
248 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  25.32 
 
 
230 aa  83.2  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1686  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.64 
 
 
237 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0643903  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2371  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.84 
 
 
241 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.440892  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2915  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.64 
 
 
237 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.454836  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  27.93 
 
 
248 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.84 
 
 
241 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.84 
 
 
241 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  27.94 
 
 
242 aa  82.8  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.21 
 
 
240 aa  82.8  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.85 
 
 
240 aa  82.8  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  27.85 
 
 
240 aa  82.4  0.000000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.85 
 
 
240 aa  82  0.000000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.85 
 
 
240 aa  82  0.000000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.85 
 
 
240 aa  82.4  0.000000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.85 
 
 
240 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.85 
 
 
240 aa  82  0.000000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1817  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.44 
 
 
241 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.985291  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  25.81 
 
 
234 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  30.53 
 
 
243 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
248 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.81 
 
 
234 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.81 
 
 
236 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  27.31 
 
 
307 aa  80.1  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  30.53 
 
 
243 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  26.42 
 
 
246 aa  79.7  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  26.19 
 
 
240 aa  78.2  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  30.08 
 
 
236 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
235 aa  77.8  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1153  LuxR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
243 aa  77.4  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.446836 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
235 aa  77.4  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
260 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  23.85 
 
 
237 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  28.07 
 
 
247 aa  76.3  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  28.11 
 
 
235 aa  75.9  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  25.61 
 
 
246 aa  75.9  0.0000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  25.12 
 
 
237 aa  75.1  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  28.79 
 
 
235 aa  75.1  0.0000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  29.68 
 
 
239 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  25.89 
 
 
246 aa  74.3  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  29.68 
 
 
239 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.68 
 
 
239 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.68 
 
 
239 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.68 
 
 
239 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.68 
 
 
239 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.68 
 
 
239 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.68 
 
 
239 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
230 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.18 
 
 
230 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
230 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.18 
 
 
230 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.18 
 
 
230 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  27.18 
 
 
230 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  28.05 
 
 
224 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  25.21 
 
 
239 aa  72  0.000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  28.31 
 
 
239 aa  72  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  28.31 
 
 
239 aa  72  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  28.31 
 
 
239 aa  72  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  28.16 
 
 
230 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  28.05 
 
 
241 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
250 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  23.93 
 
 
247 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
234 aa  70.5  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  24.49 
 
 
229 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
237 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  27.85 
 
 
239 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
237 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.100011 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>