More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0359 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 248 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  44.4 
 
 		 247 aa  219  3e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  35.15 
 
 		 248 aa  152  5.9999999999999996e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  32.64 
 
 		 247 aa  139  4.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  40.51 
 
 		 253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 244 aa  125  8.000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 247 aa  113  3e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 247 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 247 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 260 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  31.63 
 
 		 254 aa  112  4.0000000000000004e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.92 
 
 		 425 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  31.96 
 
 		 307 aa  106  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.65 
 
 		 238 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.65 
 
 		 238 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.65 
 
 		 238 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.65 
 
 		 238 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.65 
 
 		 238 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.54 
 
 		 394 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 243 aa  105  7e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 248 aa  104  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 248 aa  104  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  31.22 
 
 		 242 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  31.53 
 
 		 242 aa  102  5e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 228 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 228 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  30.54 
 
 		 245 aa  101  9e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  27.69 
 
 		 244 aa  101  9e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4428  transcriptional regulator, LuxR family  33.5 
 
 		 245 aa  101  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  31.03 
 
 		 245 aa  101  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 242 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  30.39 
 
 		 250 aa  99.8  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  29.95 
 
 		 239 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  32.12 
 
 		 245 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  29.47 
 
 		 239 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 228 aa  96.7  3e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 231 aa  96.7  3e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  30.42 
 
 		 243 aa  96.7  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  29.63 
 
 		 243 aa  96.3  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 240 aa  95.5  7e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 245 aa  94.7  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 268 aa  94.7  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 245 aa  94.7  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 234 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 245 aa  94.7  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 237 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  28.44 
 
 		 234 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 237 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 237 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.82 
 
 		 234 aa  93.6  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  26.75 
 
 		 243 aa  93.2  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  28.04 
 
 		 243 aa  92.8  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 246 aa  92.8  5e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 229 aa  92.4  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  26.98 
 
 		 243 aa  92  8e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0066  LuxR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 248 aa  92  9e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.961932  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  32.14 
 
 		 236 aa  91.7  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 242 aa  91.7  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 234 aa  90.9  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  31.41 
 
 		 213 aa  90.9  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  34.55 
 
 		 244 aa  90.1  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3796  LuxR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 237 aa  89.7  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301827 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0791  LuxR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 236 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0904596  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4647  LuxR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 279 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4641  LuxR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 235 aa  87  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.226579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  30.3 
 
 		 234 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.3 
 
 		 234 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.3 
 
 		 236 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  29.28 
 
 		 237 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 230 aa  86.3  4e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  27.27 
 
 		 235 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 262 aa  86.3  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  29.28 
 
 		 237 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  25.96 
 
 		 233 aa  85.5  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 245 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  28.79 
 
 		 251 aa  84  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3140  regulatory protein LuxR  25.39 
 
 		 246 aa  84.3  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 235 aa  83.6  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 321 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 242 aa  83.2  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.35 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 235 aa  82.8  0.000000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.35 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.35 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.35 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4359  regulatory protein, LuxR  24.21 
 
 		 301 aa  82.8  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  29.1 
 
 		 206 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  30.73 
 
 		 244 aa  82.4  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  30.69 
 
 		 237 aa  82  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 241 aa  82  0.000000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  30.69 
 
 		 237 aa  82  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  28.65 
 
 		 242 aa  82  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  24.89 
 
 		 233 aa  82  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 233 aa  82  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 242 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  27.24 
 
 		 241 aa  81.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  27.24 
 
 		 241 aa  80.5  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>