More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2330 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2330  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
240 aa  487  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20021  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2174  regulatory protein, LuxR  99.58 
 
 
240 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  62.08 
 
 
240 aa  305  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  53.72 
 
 
241 aa  275  4e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  38.56 
 
 
242 aa  186  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  36.59 
 
 
243 aa  170  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  36.59 
 
 
243 aa  170  2e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 
243 aa  167  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  32.92 
 
 
244 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  34.98 
 
 
243 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2311  LuxR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
265 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  35.27 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  33.47 
 
 
242 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  30.54 
 
 
245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  33.47 
 
 
242 aa  122  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
248 aa  115  6e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
248 aa  115  6e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  31.06 
 
 
246 aa  113  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
242 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  28.22 
 
 
245 aa  109  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
228 aa  108  8.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3840  transcriptional regulator, LuxR family  29.24 
 
 
251 aa  99.4  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4168  transcriptional regulator, LuxR family  30.25 
 
 
251 aa  99.4  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4374  transcriptional regulator LuxR family  28.64 
 
 
246 aa  97.1  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  27.92 
 
 
242 aa  95.1  8e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  30.49 
 
 
247 aa  94.7  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  25.7 
 
 
307 aa  94.4  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  30.13 
 
 
246 aa  89.4  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  27.43 
 
 
240 aa  89  6e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  29.38 
 
 
239 aa  89  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  29.38 
 
 
239 aa  88.2  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  28.39 
 
 
260 aa  87.8  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0505  transcriptional regulator, LuxR family  30.15 
 
 
244 aa  87.8  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  32.45 
 
 
253 aa  85.9  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
262 aa  85.1  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  29.46 
 
 
235 aa  84.3  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
239 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  33.02 
 
 
239 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
239 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  26.85 
 
 
254 aa  82.8  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  33.02 
 
 
239 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  33.02 
 
 
239 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  29.05 
 
 
235 aa  82.8  0.000000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
248 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
239 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  27.35 
 
 
229 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  27.04 
 
 
286 aa  81.3  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  26.34 
 
 
244 aa  81.3  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0548  transcriptional regulator, LuxR family  29.15 
 
 
244 aa  81.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216848  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  29.32 
 
 
247 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.35 
 
 
234 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  29.78 
 
 
248 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
239 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  29.86 
 
 
237 aa  78.6  0.00000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  29.86 
 
 
237 aa  78.6  0.00000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  30.05 
 
 
213 aa  78.6  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  29.77 
 
 
230 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
228 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
228 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.77 
 
 
230 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.77 
 
 
230 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  29.77 
 
 
230 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  29.77 
 
 
230 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  29.77 
 
 
230 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.77 
 
 
230 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  30.81 
 
 
247 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1153  LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 
243 aa  76.6  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.446836 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  28.14 
 
 
230 aa  76.3  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5910  LuxR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
237 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0531603  decreased coverage  0.00148471 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3140  regulatory protein LuxR  27.66 
 
 
246 aa  75.1  0.0000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  29.52 
 
 
237 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  29.52 
 
 
237 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  29.52 
 
 
237 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  26.51 
 
 
234 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
268 aa  72.8  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  28.15 
 
 
235 aa  73.2  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  27.62 
 
 
234 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.62 
 
 
234 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1819  putative transcriptional regulator  29.24 
 
 
243 aa  72.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0145412  normal  0.357363 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.62 
 
 
236 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  27.04 
 
 
246 aa  72  0.000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  29.71 
 
 
250 aa  71.6  0.000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
321 aa  72  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  24.28 
 
 
247 aa  71.2  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  29.86 
 
 
239 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.86 
 
 
239 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  29.86 
 
 
239 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.19 
 
 
240 aa  71.2  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.86 
 
 
239 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.86 
 
 
239 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0963  transcriptional regulator, LuxR family  24.47 
 
 
237 aa  70.5  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.27907  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2525  LuxR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
276 aa  70.9  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.853805  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.86 
 
 
239 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  26.37 
 
 
235 aa  70.5  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.86 
 
 
239 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  29.86 
 
 
239 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  28.77 
 
 
236 aa  70.1  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  22.62 
 
 
248 aa  69.7  0.00000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>